康熙在朱元璋的明孝陵前三跪九叩去祭拜，不是因為康熙大帝有多麼的大度，完完全全是為了鞏固自己的統治而不得不為。

康熙六次南巡都遣使祭拜明孝陵，其中五次親自前往，而且施的是三跪九叩之大禮，康熙二十三年即1684年康熙帝首次祭拜，其謁陵態度之恭敬，禮數之崇敬，出乎大多數人的意料，父老從者數萬，皆感泣。康熙這個舉動將明朝之前的遺老遺少感動得一塌糊塗。

康熙三十八年即1699年，康熙帝再次南巡祭拜明孝陵，並親手寫下：治隆唐宋，對明太祖朱元璋真的高度肯定。

而之所以康熙大帝如此放下身段祭拜明孝陵，實際上是有很深的用意，目的只有一個，鞏固自己的統治。之所以這樣說有以下幾個方面的原因：

剛剛入主中原，為了推行自己的滿清文化控制中原，清朝統治者採取“薙髮令”，強迫中原人剃髮，而中原文化中，頭髮是不能隨便剃的，“身體髮膚,受之父母,不敢毀傷,孝之始也”，激起了民間的激烈反抗，於是清政府發動了“揚州十日”“嘉定三屠”等慘案，這更加激怒了江南人士，反清的意識越加的強烈，為了安撫江南人士，康熙才採取如此策略，收買人心。

中國歷史上不同朝代的更替中，清朝入關佔據天下，是少數民族政權統治漢族，這和元朝消滅宋朝入主中原一樣，從漢族的角度來看，這就是異族的入主中原，正所謂“非我族類，其心必異”，所以，漢族對清朝滿族的統治心中是充滿仇恨的，從中原文化來看，他們內心是瞧不起滿洲帝國的，但是現實是無情的，所以在民間，富庶的江南地區漢族更是對清朝統治不滿，心中充滿仇恨。康熙大帝透過這種公然祭拜明孝陵的方式，大加肯定和讚揚明太祖朱元璋，以尋求江南漢族人士的認可。

歷史的發展，不同朝代之間的更迭再正常不過了，但是在民間，很多百姓和文士對已經滅亡的王朝是充滿感情的，雖然那個王朝非常腐朽腐敗，但從內心來講，他們不想承認新王朝，所以將舊王朝的滅亡全部歸罪在新王朝身上。於是康熙帝透過這種方式，在對前朝充分肯定和尊重的基礎上，緩解江南人士對自己統治的敵對態度，獲取他們的認可和支援。康熙帝在祭拜明孝陵之前，在到曲阜後，他依舊是三跪九叩去祭拜孔廟，同樣是籠絡當地的漢族人士，以鞏固自己的統治。

在祭拜明孝陵後，康熙帝作《過金陵論》：闖賊以烏合之眾，唾手燕京，宗社不守。馬阮以囂偽之徒，託名恢復，儘快私仇，使有明艱難創造之基業，未三百年而為丘墟。強調明朝滅亡的罪魁禍首是李自成農民軍起義導致的，再加上南明政權無能，最終清朝才“受天眷命，紹纘丕基”，足可見康熙大帝的良苦用心。