１８７０年８月２３日，江寧今南京 將軍魁玉飛章入奏：兩江總督馬新貽遇刺身亡。慈禧太后驚問：“這事豈不甚奇”曾國藩誠惶誠恐地回答：“這事很奇。”由於案犯張汶詳供詞閃爍，主審大員奏案含糊，此案一拖半年之久不能結案，於是各種傳聞蜂起，使此案更加撲朔迷離，後人稱之為“清末四大奇案”之一。
魁玉擔綱初審魁玉的奏摺８月２８日到京，同治帝覽後“實深駭異”。兩江總督竟在督署重地被刺身亡，實在是對風雨飄搖的清王朝的一次衝擊。２９日，清廷連發四道諭旨：“務將因何行刺緣由及有無主使之人一一審出，據實奏聞。”
清廷一開始就意識到此案的嚴重性，現在又懷疑非張汶詳一人所為，因此連下諭旨，口氣越來越嚴厲。
魁玉審理刺馬案月餘，每次奏報幾乎不離“一味閃爍”，“語言顛倒”，“一味支離”。那麼張汶詳“閃爍”的是什麼“支離”的又是什麼呢魁玉沒有奏報。說穿了，恐怕不僅僅是張汶詳在支離，魁玉等承審大員也在支離吧張之萬馳赴江寧會審９月２５日，張之萬收到吏部諮文、赴江寧與魁玉會審。
連審數日，並沒用刑。馬新貽親信、參與會審的孫衣言、袁保慶十分不滿，要求嚴刑訊究。張之萬不軟不硬地說：“案情重大，不便徒事刑求。償未正典刑而瘐死，誰負其咎”老奸巨滑的張之萬很清楚，這個案子不管怎樣審，怎樣結，都是兩頭不落人。審不出主使人，馬家不願意，朝廷更不滿意。審出主使人，不是得罪的人更多嗎而且這些人也可能把自己“做掉”，豈不更悲於是他採取拖延戰術，慢慢地審，耐心等待調補兩江總督的曾國藩的到來。
１２月１２日，張之萬、魁玉奏道：“兇犯張汶詳曾從發捻，復通海盜，因馬新貽前在浙撫任內，剿辦南田海盜，戮伊夥黨甚多。又因伊妻羅氏為吳炳燮誘逃，曾於馬新貽閱邊至寧波時，攔輿呈控，未準審理，該犯心懷忿恨。適在逃海盜龍啟氵雲等復指使張汶詳為同夥報仇，即為自己洩恨，張汶詳被激允許。……本年七月二十六日，隨從混進督署，突出行兇，再三質訊，矢口不移其供，無另有主使各情，尚屬可信。”張之萬、魁玉的奏結看來還算順理成章，但最後露出了破綻。人命關天的法律文書，行文時竟用“尚屬可信”四字，不知是何用心。
上諭除令曾國藩速回江寧外，再派刑部尚書鄭敦謹作為欽差大臣攜隨員赴江寧複審。不僅主審大員撤換，就連司員也全部更換，既顯示出朝廷處理此案的決心，也反映出對前審案人員的不滿和失望。
曾國藩、鄭敦謹複審曾國藩磨磨蹭蹭，就是不起程，似乎對回任兩江毫無興趣。其實他一直密切關注江寧的事態發展，非常關心那個背後主使審出來沒有。
江蘇巡撫丁日昌每時每刻都在傳遞著江寧案審的訊息，且時論的發展對丁極為不利，有人說馬新貽被刺，是因為督撫不和。朝裡也是沸沸揚揚，太常寺少卿王家壁直指馬新貽被刺與丁日昌有關，他再次上奏說：“江蘇巡撫丁日昌之子被案，應歸馬新貽查辦，請託不行，致有此變。”
所謂丁日昌之子案，即１８６９年１０月５日，太湖水師勇丁徐有得、劉步標陪同哨官王有明到蘇州看病。夜二更，徐、劉閒遊妓館，正遇丁日昌之子丁惠衡，侄丁繼祖，與家丁等同遊妓館，雙方發生爭執。遊擊薛蔭榜帶親兵胡家嶽、丁玉林丁日昌族人 巡夜，看其滋事，責徐有得４０軍棍。徐不服，又遭重責，４天后徐有得因傷死亡。丁日昌看到子侄閒遊妓館滋事，致勇丁被責釀命，不得不上奏，自請議處。上諭命馬新貽審理此案，丁繼祖投案，丁惠衡傳喚未到。據丁日昌說，丁惠衡夜裡越牆逃匿，不知去向。此案因丁惠衡拒不到案，一直拖到１８７０年７月６日才結案。此案結案後４０多天，馬新貽被刺，此時丁惠衡仍未歸案。故有太常寺少卿王家壁之奏。
丁日昌眼看大火要燒到自己身上，如坐針氈，他希望曾國藩回來主持江寧刺馬案的審理，曾國藩畢竟曾是自己的東家，許多問題自會由他擺平。１月２日曾國藩抵達江寧，１４日，接印視事。從清廷調他任兩江總督，到他正式上任，歷時３個多月。
第二天上午，張之萬急急忙忙交接案件，下午就匆匆跑回清江浦去了。曾國藩很沉得住氣，一直到鄭敦謹抵江寧，這兩個多月的時間裡，從未主持過審理案件。只在鄭敦謹來到的前一天，他才調閱案卷，記下有關案犯的名字。這段時間裡他在幹什麼呢一是接客聊天，二是看《閱微草堂筆記》。如果說這兩個多月有關於刺馬案的活動，那就是他給馬新貽作了一幅輓聯，前往弔唁了一番。他對這個案子為什麼一直採取拖延迴避的態度恐怕有深層次的原因。鄧之誠在《骨董三記》中說：“國藩不欲深求，必有不能深求者在。”
２月１８日，鄭敦謹抵江寧，隔一天即正式審案。鄭敦謹雄心勃勃，非要把這天下疑案審個水落石出不可，也不枉他那個“鐵面無私”的稱號。連訊１４天，該犯一味狡賴，毫無確供。與鄭敦謹並坐正堂的曾國藩，一直默默地聽著很少發問，最後對鄭敦謹淡淡地說：“將來只好仍照魁、張二公原奏之法奏結。”此時鄭敦謹一切都明白了，難怪自己連審１４天，終沒有結果，原來他們早已設計好了。他心裡涼了半截，原來這案子是不能深究的。他打定主意，熬審不用刑，堂威喊得震天響，那是做給別人看的。孫衣言、袁保慶可是坐不下去了。孫衣言看著吃得白白胖胖的張汶詳，對鄭敦謹說：“賊悍且狡，非酷刑不能得實。”鄭搬出魁、張的法寶堵孫的口，不過話說得更好聽一些。
３月１９日，鄭、曾聯銜上奏，奏結比張之萬、魁玉原來的定擬敘述更加詳細，取供、採證、行文更加縝密，但基本內容不出前者。所不同的是：第一，特別強調張汶詳“聽受海盜指使並挾私怨行刺”，“實無另有主使及知情同謀之人”。第二，對張汶詳量刑更加殘酷，除了“按謀反大逆律問擬，擬以凌遲處死”外，又增加了一條“摘心致祭”。
當鄭敦謹、曾國藩擬好奏結，要孫衣言、袁保慶簽字畫押的時候，這二位拿出了殺手鐧，拒絕在奏結上“書諾”簽字 。不過，鄭敦謹、曾國藩是何等人物，他們也有應對的辦法。他們在奏結中根本不提孫衣言、袁保慶參加會審一事，把朝廷矇在鼓裡。
在上奏的同時，把供招抄錄分送軍機處、刑部存案。鄭、曾這一手很厲害，首先存案，造成既定事實。意思很明白，這是最後定案。鄭、曾在另外的夾片中使用的措詞仍然是：“該犯供詞，尚屬可信。”這一措詞是張之萬、魁玉在原擬中使用的，為此清廷斥責他們，“不足以成信讞。”而今鄭、曾使用，倒不為過，人言人殊。
朝廷最終也不得不接受這一事實。３月２６日，諭旨下達，肯定了鄭、曾的奏結。４月４日，曾國藩奉旨監斬，將張汶詳凌遲處死，並摘心致祭。
孫衣言不爭一時爭千秋，他在給馬新貽寫的神道碑銘中，慷慨激昂，秉筆直書，“賊悍且狡，非酷刑不能得實，而叛逆遺孽，刺殺我大臣，非律所有，宜以經斷，用重典，使天下有所畏懼。而獄已具且結，衣言遂不書諾。嗚呼衣言之所以奮其愚戇為公力爭，亦豈獨為公一人也哉”孫衣言的文章一出，震驚朝野，輿論大譁，就連慈禧太后也知道其中大有隱情。但是，總不能為了一個死人，去動搖大清江山啊。斯人已作古，讓他去吧，無非加恩賜卹，以慰忠魂。
終覺疑案之未明時人傳言，張汶詳刺殺馬新貽的根本原因，是因為馬新貽漁色負友，張汶詳為友復仇。果真如此，孫衣言、袁保慶作為馬新貽的親信，自始至終都參加了審訊，那麼，魁玉、張之萬、給他設計了一個“海盜挾仇報復”的結案，不是更體面嗎何以苦苦追求，以得確供呢再說馬新貽的四弟馬新礻右自幼跟隨左右，直到馬新貽被刺身亡，馬新貽的事情他是再清楚不過了。如果馬新貽因漁色負友而遭刺殺，已經給他一個體面結局，馬新礻右為此應該感恩不盡，為什麼一直悲呼終覺疑案之莫明，希望時人和後人給以研討呢其實鄭敦謹心裡很明白，他只能以苦笑對之。未等聖旨下達，更沒等張汶詳正法，他憤然離開了江寧。曾國藩送他程儀，他分文不收，兩個隨行郎中伊勒通阿、顏士璋每人收了５００兩銀子。曾國藩和司道各員送他到江邊，他板著面孔，頭也不回地揚帆而去。
鄭敦謹的兩個助手回京後悄然而失。６月，顏士璋被放到蘭州，雖是給了一個沒有實缺的知府，與充軍流放所差無幾，不久回籍賦閒。伊勒通阿，８月１９日“給全俸以養餘年”也回老家去了。
所有這一切，都使人們感到背後有一股強大的勢力，有一雙無形的手在左右著這一切。有人說是慈禧太后。不，慈禧太后沒有理由殺一個既無兵權，又不屬於任何派系的馬新貽。正是她，同治七年召見馬新貽，密旨馬新貽調查湘軍攻陷天京後太平天國金銀財寶的去向。
太平天國經營１０年，各種糧餉自不必說，天王府金銀財寶堆積如山，其它王府、將軍府也有不少收藏。曾國荃攻陷天京，縱湘軍搶掠數天。為了滅跡，又放了一把火，大火燒了幾天幾夜不息。湘軍均飽私囊，大車小輛向湖南老家運送財物，幾年中，湘軍子弟搶購土地遍及湘鄂。朝野議論紛紛，恭親王頗有微詞，慈禧太后心中不快。尤其令朝廷坐臥不安的是，十幾年來湘軍的實力迅速膨脹。
太平天國失敗後，人們傳言曾國藩有野心，其實他的部下早就慫恿他謀取帝位。在與太平軍作戰時，清廷不得不依重湘軍，但是，如今太平軍被“蕩平”了，她能允許曾國藩在江南坐大嗎東南臥著一隻虎，她睡覺也不安心。於是她把曾國藩調離江寧，派馬新貽任兩江總督，迅速裁撤湘軍。
江寧是湘軍攻下來的，兩江一直被湘軍視為私地，他們在那裡經營了數年，豈能輕易讓給馬新貽。馬新貽幾十年來一直沒有自己的軍隊，瞭然一身來到江寧，如入龍潭虎穴。馬新貽被刺，朝廷心中明白，為了不致激起兵變，動搖清王朝的統治，趕緊調曾國藩回蒞江寧坐鎮。從此，兩江總督寶座長期掌握在湘系手中，其他人不敢問津。
太平天國失敗後，湘軍的劣根性充分暴露出來，他們比土匪還要兇殘，明目張膽地肆疾搶掠。左宗棠直言不諱地批評湘軍，他認為這都是胡林翼為了一時對付太平天國，招募劇盜所致。曾國藩對湘軍的為非作歹也很清楚，他說：“餘設立水師，不能為長江除害，乃反為長江生害。”
清末施行裁勇改兵制度以後，幾萬湘軍士卒被裁撤，其中不乏將領。這些人並不回鄉務農，而是到處遊蕩擄掠。有些人參加了哥老會，有些人本來就是哥老會成員。湘軍裁撤擴大了黑勢力，散兵遊勇又與黑勢力結合，成為社會的一大公害。馬新貽在懲治散兵遊勇時非常嚴厲，尤其是他任命以剽悍著稱的袁保慶為營務處總管，抓到為害百姓、有非法行為的散兵遊勇即就地正法。散兵遊勇和黑勢力對他恨之入骨。
那個曾給孫衣言透過口風的顏士璋頗有心計，他寫了一本《南行日記》，記述了赴寧的全部過程。據他的曾孫顏牧皋說，日記中寫道：“刺馬案與湘軍有關。”“刺馬案背後有大人物主使。”
張汶詳刺殺馬新貽，在警衛森嚴的督署重地一撲而中。馬新貽被刺後，立即有“刺馬案”戲文上演，而且正值鄉試，安徽學政殷兆鏞出試題，竟然寓其譏諷，喬松年也來湊熱鬧，寫了一首歪詩作證，湘軍將領給張汶詳立碑等等。所有這一切都說明刺馬案是一件有計劃、有組織的政治謀殺事件。從案件的實施，到輿論的有力配合，以及對審案的精心策劃和對結案的精明設計，都說明它出自高人之手。
１８７０年８月２３日，江寧今南京 將軍魁玉飛章入奏：兩江總督馬新貽遇刺身亡。慈禧太后驚問：“這事豈不甚奇”曾國藩誠惶誠恐地回答：“這事很奇。”由於案犯張汶詳供詞閃爍，主審大員奏案含糊，此案一拖半年之久不能結案，於是各種傳聞蜂起，使此案更加撲朔迷離，後人稱之為“清末四大奇案”之一。
魁玉擔綱初審魁玉的奏摺８月２８日到京，同治帝覽後“實深駭異”。兩江總督竟在督署重地被刺身亡，實在是對風雨飄搖的清王朝的一次衝擊。２９日，清廷連發四道諭旨：“務將因何行刺緣由及有無主使之人一一審出，據實奏聞。”
清廷一開始就意識到此案的嚴重性，現在又懷疑非張汶詳一人所為，因此連下諭旨，口氣越來越嚴厲。
魁玉審理刺馬案月餘，每次奏報幾乎不離“一味閃爍”，“語言顛倒”，“一味支離”。那麼張汶詳“閃爍”的是什麼“支離”的又是什麼呢魁玉沒有奏報。說穿了，恐怕不僅僅是張汶詳在支離，魁玉等承審大員也在支離吧張之萬馳赴江寧會審９月２５日，張之萬收到吏部諮文、赴江寧與魁玉會審。
連審數日，並沒用刑。馬新貽親信、參與會審的孫衣言、袁保慶十分不滿，要求嚴刑訊究。張之萬不軟不硬地說：“案情重大，不便徒事刑求。償未正典刑而瘐死，誰負其咎”老奸巨滑的張之萬很清楚，這個案子不管怎樣審，怎樣結，都是兩頭不落人。審不出主使人，馬家不願意，朝廷更不滿意。審出主使人，不是得罪的人更多嗎而且這些人也可能把自己“做掉”，豈不更悲於是他採取拖延戰術，慢慢地審，耐心等待調補兩江總督的曾國藩的到來。
１２月１２日，張之萬、魁玉奏道：“兇犯張汶詳曾從發捻，復通海盜，因馬新貽前在浙撫任內，剿辦南田海盜，戮伊夥黨甚多。又因伊妻羅氏為吳炳燮誘逃，曾於馬新貽閱邊至寧波時，攔輿呈控，未準審理，該犯心懷忿恨。適在逃海盜龍啟氵雲等復指使張汶詳為同夥報仇，即為自己洩恨，張汶詳被激允許。……本年七月二十六日，隨從混進督署，突出行兇，再三質訊，矢口不移其供，無另有主使各情，尚屬可信。”張之萬、魁玉的奏結看來還算順理成章，但最後露出了破綻。人命關天的法律文書，行文時竟用“尚屬可信”四字，不知是何用心。
上諭除令曾國藩速回江寧外，再派刑部尚書鄭敦謹作為欽差大臣攜隨員赴江寧複審。不僅主審大員撤換，就連司員也全部更換，既顯示出朝廷處理此案的決心，也反映出對前審案人員的不滿和失望。
曾國藩、鄭敦謹複審曾國藩磨磨蹭蹭，就是不起程，似乎對回任兩江毫無興趣。其實他一直密切關注江寧的事態發展，非常關心那個背後主使審出來沒有。
江蘇巡撫丁日昌每時每刻都在傳遞著江寧案審的訊息，且時論的發展對丁極為不利，有人說馬新貽被刺，是因為督撫不和。朝裡也是沸沸揚揚，太常寺少卿王家壁直指馬新貽被刺與丁日昌有關，他再次上奏說：“江蘇巡撫丁日昌之子被案，應歸馬新貽查辦，請託不行，致有此變。”
所謂丁日昌之子案，即１８６９年１０月５日，太湖水師勇丁徐有得、劉步標陪同哨官王有明到蘇州看病。夜二更，徐、劉閒遊妓館，正遇丁日昌之子丁惠衡，侄丁繼祖，與家丁等同遊妓館，雙方發生爭執。遊擊薛蔭榜帶親兵胡家嶽、丁玉林丁日昌族人 巡夜，看其滋事，責徐有得４０軍棍。徐不服，又遭重責，４天后徐有得因傷死亡。丁日昌看到子侄閒遊妓館滋事，致勇丁被責釀命，不得不上奏，自請議處。上諭命馬新貽審理此案，丁繼祖投案，丁惠衡傳喚未到。據丁日昌說，丁惠衡夜裡越牆逃匿，不知去向。此案因丁惠衡拒不到案，一直拖到１８７０年７月６日才結案。此案結案後４０多天，馬新貽被刺，此時丁惠衡仍未歸案。故有太常寺少卿王家壁之奏。
丁日昌眼看大火要燒到自己身上，如坐針氈，他希望曾國藩回來主持江寧刺馬案的審理，曾國藩畢竟曾是自己的東家，許多問題自會由他擺平。１月２日曾國藩抵達江寧，１４日，接印視事。從清廷調他任兩江總督，到他正式上任，歷時３個多月。
第二天上午，張之萬急急忙忙交接案件，下午就匆匆跑回清江浦去了。曾國藩很沉得住氣，一直到鄭敦謹抵江寧，這兩個多月的時間裡，從未主持過審理案件。只在鄭敦謹來到的前一天，他才調閱案卷，記下有關案犯的名字。這段時間裡他在幹什麼呢一是接客聊天，二是看《閱微草堂筆記》。如果說這兩個多月有關於刺馬案的活動，那就是他給馬新貽作了一幅輓聯，前往弔唁了一番。他對這個案子為什麼一直採取拖延迴避的態度恐怕有深層次的原因。鄧之誠在《骨董三記》中說：“國藩不欲深求，必有不能深求者在。”
２月１８日，鄭敦謹抵江寧，隔一天即正式審案。鄭敦謹雄心勃勃，非要把這天下疑案審個水落石出不可，也不枉他那個“鐵面無私”的稱號。連訊１４天，該犯一味狡賴，毫無確供。與鄭敦謹並坐正堂的曾國藩，一直默默地聽著很少發問，最後對鄭敦謹淡淡地說：“將來只好仍照魁、張二公原奏之法奏結。”此時鄭敦謹一切都明白了，難怪自己連審１４天，終沒有結果，原來他們早已設計好了。他心裡涼了半截，原來這案子是不能深究的。他打定主意，熬審不用刑，堂威喊得震天響，那是做給別人看的。孫衣言、袁保慶可是坐不下去了。孫衣言看著吃得白白胖胖的張汶詳，對鄭敦謹說：“賊悍且狡，非酷刑不能得實。”鄭搬出魁、張的法寶堵孫的口，不過話說得更好聽一些。
３月１９日，鄭、曾聯銜上奏，奏結比張之萬、魁玉原來的定擬敘述更加詳細，取供、採證、行文更加縝密，但基本內容不出前者。所不同的是：第一，特別強調張汶詳“聽受海盜指使並挾私怨行刺”，“實無另有主使及知情同謀之人”。第二，對張汶詳量刑更加殘酷，除了“按謀反大逆律問擬，擬以凌遲處死”外，又增加了一條“摘心致祭”。
當鄭敦謹、曾國藩擬好奏結，要孫衣言、袁保慶簽字畫押的時候，這二位拿出了殺手鐧，拒絕在奏結上“書諾”簽字 。不過，鄭敦謹、曾國藩是何等人物，他們也有應對的辦法。他們在奏結中根本不提孫衣言、袁保慶參加會審一事，把朝廷矇在鼓裡。
在上奏的同時，把供招抄錄分送軍機處、刑部存案。鄭、曾這一手很厲害，首先存案，造成既定事實。意思很明白，這是最後定案。鄭、曾在另外的夾片中使用的措詞仍然是：“該犯供詞，尚屬可信。”這一措詞是張之萬、魁玉在原擬中使用的，為此清廷斥責他們，“不足以成信讞。”而今鄭、曾使用，倒不為過，人言人殊。
朝廷最終也不得不接受這一事實。３月２６日，諭旨下達，肯定了鄭、曾的奏結。４月４日，曾國藩奉旨監斬，將張汶詳凌遲處死，並摘心致祭。
孫衣言不爭一時爭千秋，他在給馬新貽寫的神道碑銘中，慷慨激昂，秉筆直書，“賊悍且狡，非酷刑不能得實，而叛逆遺孽，刺殺我大臣，非律所有，宜以經斷，用重典，使天下有所畏懼。而獄已具且結，衣言遂不書諾。嗚呼衣言之所以奮其愚戇為公力爭，亦豈獨為公一人也哉”孫衣言的文章一出，震驚朝野，輿論大譁，就連慈禧太后也知道其中大有隱情。但是，總不能為了一個死人，去動搖大清江山啊。斯人已作古，讓他去吧，無非加恩賜卹，以慰忠魂。
終覺疑案之未明時人傳言，張汶詳刺殺馬新貽的根本原因，是因為馬新貽漁色負友，張汶詳為友復仇。果真如此，孫衣言、袁保慶作為馬新貽的親信，自始至終都參加了審訊，那麼，魁玉、張之萬、給他設計了一個“海盜挾仇報復”的結案，不是更體面嗎何以苦苦追求，以得確供呢再說馬新貽的四弟馬新礻右自幼跟隨左右，直到馬新貽被刺身亡，馬新貽的事情他是再清楚不過了。如果馬新貽因漁色負友而遭刺殺，已經給他一個體面結局，馬新礻右為此應該感恩不盡，為什麼一直悲呼終覺疑案之莫明，希望時人和後人給以研討呢其實鄭敦謹心裡很明白，他只能以苦笑對之。未等聖旨下達，更沒等張汶詳正法，他憤然離開了江寧。曾國藩送他程儀，他分文不收，兩個隨行郎中伊勒通阿、顏士璋每人收了５００兩銀子。曾國藩和司道各員送他到江邊，他板著面孔，頭也不回地揚帆而去。
鄭敦謹的兩個助手回京後悄然而失。６月，顏士璋被放到蘭州，雖是給了一個沒有實缺的知府，與充軍流放所差無幾，不久回籍賦閒。伊勒通阿，８月１９日“給全俸以養餘年”也回老家去了。
所有這一切，都使人們感到背後有一股強大的勢力，有一雙無形的手在左右著這一切。有人說是慈禧太后。不，慈禧太后沒有理由殺一個既無兵權，又不屬於任何派系的馬新貽。正是她，同治七年召見馬新貽，密旨馬新貽調查湘軍攻陷天京後太平天國金銀財寶的去向。
太平天國經營１０年，各種糧餉自不必說，天王府金銀財寶堆積如山，其它王府、將軍府也有不少收藏。曾國荃攻陷天京，縱湘軍搶掠數天。為了滅跡，又放了一把火，大火燒了幾天幾夜不息。湘軍均飽私囊，大車小輛向湖南老家運送財物，幾年中，湘軍子弟搶購土地遍及湘鄂。朝野議論紛紛，恭親王頗有微詞，慈禧太后心中不快。尤其令朝廷坐臥不安的是，十幾年來湘軍的實力迅速膨脹。
太平天國失敗後，人們傳言曾國藩有野心，其實他的部下早就慫恿他謀取帝位。在與太平軍作戰時，清廷不得不依重湘軍，但是，如今太平軍被“蕩平”了，她能允許曾國藩在江南坐大嗎東南臥著一隻虎，她睡覺也不安心。於是她把曾國藩調離江寧，派馬新貽任兩江總督，迅速裁撤湘軍。
江寧是湘軍攻下來的，兩江一直被湘軍視為私地，他們在那裡經營了數年，豈能輕易讓給馬新貽。馬新貽幾十年來一直沒有自己的軍隊，瞭然一身來到江寧，如入龍潭虎穴。馬新貽被刺，朝廷心中明白，為了不致激起兵變，動搖清王朝的統治，趕緊調曾國藩回蒞江寧坐鎮。從此，兩江總督寶座長期掌握在湘系手中，其他人不敢問津。
太平天國失敗後，湘軍的劣根性充分暴露出來，他們比土匪還要兇殘，明目張膽地肆疾搶掠。左宗棠直言不諱地批評湘軍，他認為這都是胡林翼為了一時對付太平天國，招募劇盜所致。曾國藩對湘軍的為非作歹也很清楚，他說：“餘設立水師，不能為長江除害，乃反為長江生害。”
清末施行裁勇改兵制度以後，幾萬湘軍士卒被裁撤，其中不乏將領。這些人並不回鄉務農，而是到處遊蕩擄掠。有些人參加了哥老會，有些人本來就是哥老會成員。湘軍裁撤擴大了黑勢力，散兵遊勇又與黑勢力結合，成為社會的一大公害。馬新貽在懲治散兵遊勇時非常嚴厲，尤其是他任命以剽悍著稱的袁保慶為營務處總管，抓到為害百姓、有非法行為的散兵遊勇即就地正法。散兵遊勇和黑勢力對他恨之入骨。
那個曾給孫衣言透過口風的顏士璋頗有心計，他寫了一本《南行日記》，記述了赴寧的全部過程。據他的曾孫顏牧皋說，日記中寫道：“刺馬案與湘軍有關。”“刺馬案背後有大人物主使。”
張汶詳刺殺馬新貽，在警衛森嚴的督署重地一撲而中。馬新貽被刺後，立即有“刺馬案”戲文上演，而且正值鄉試，安徽學政殷兆鏞出試題，竟然寓其譏諷，喬松年也來湊熱鬧，寫了一首歪詩作證，湘軍將領給張汶詳立碑等等。所有這一切都說明刺馬案是一件有計劃、有組織的政治謀殺事件。從案件的實施，到輿論的有力配合，以及對審案的精心策劃和對結案的精明設計，都說明它出自高人之手。