大豆蛋白中含有18種氨基酸，以穀氨酸含量最高，約佔17%～20%；其次為天門冬氨酸，約佔11%～14%；精氨酸、亮氨酸和賴氨酸分別佔6%～8%，其他氨基酸含量在5%以下，組氨酸、精氨酸、蛋氨酸和胱氨酸含量較低，尤其蛋氨酸含量僅佔蛋白總量的1.0%～1.5%。大豆蛋白的氨基酸組成相對比較合理。如果蛋白質所含氨基酸含量，尤其8種人體必需氨基酸的比例與人體必需氨基酸的含量比例相同，這種蛋白就可稱為全價蛋白。大豆蛋白除蛋氨酸含量略顯不足外，接近全價蛋白，是比較理想的植物蛋白。

由於大豆籽粒中的蛋白處於相對穩定的狀態，不同於代謝性和結構性蛋白，故稱其為貯藏蛋白，約佔種子蛋白的70%，佔籽粒重量的28%左右。貯藏蛋白按溶解性不同分為球蛋白、清蛋白、醇溶蛋白和谷蛋白，其中球蛋白約佔75%。大豆球蛋白微溶於水，溶於中性稀鹽溶液。大豆球蛋白又可以分為豆球蛋白和副大豆球蛋白，用蔗糖梯度離心，沉澱係數近似於11S和7S，11S含有酸性和鹼性亞基，酸性亞基A1～A4多為37kD，鹼性亞基B1～B4多為20kD，7S球蛋白有α、α′和β三種亞基。11S約為7S的1.5～2.5

大豆蛋白從包括大豆濃縮蛋白（蛋白含量65%以上）、功能性大豆濃縮蛋白（蛋白含量68%以上）、大豆分離蛋白（蛋白含量90%以上）、大豆組織蛋白（蛋白含量55%以上）、大豆拉絲蛋白。大豆蛋白有凝膠性、保水保油性、起起泡性、乳化性等特性。