一、收文制度
接收國家秘密檔案、資料，密件包裝應當由辦公室保密人員拆封。同時應單獨設薄登記，接收人員應及時履行清點、登記、編號、簽收等手續。
二、發文制度
分發國家秘密檔案、資料，必須嚴格按照規定的範圍發放，不得擅自擴大範圍。發文人員應履行登記、編號、簽收手續，並嚴格分發範圍，遵守相關規定;簽收時必須逐件清點、核對。
傳遞涉密檔案、資料應當透過保密員進行，檔案應包裝密封，嚴格按規定登記簽收。
三、製作(列印)制度
製作國家秘密檔案、資料，應當按照《保密法》規定，履行定密程式，標明密級和保密期限，註明發放範圍及製作數量，絕密級、機密級的應當編排順序號。使用計算機制作秘密檔案、資料的，該計算機不能與公共資訊網路聯接。密件應當在內部文印室印刷，嚴格按照批准的數量製作，不得多制、私留。
四、閱讀(傳閱)制度
涉密檔案、資料須按規定範圍傳達、閱讀，不得擅自擴大範圍，也不得向無關人員洩露檔案內容。傳閱涉密檔案，由辦公室保密員負責專夾專閱，並填寫“傳閱單”，記載夾內密件份數、編號和閱讀時間等，閱後簽字並主動退回，不得橫傳，對急辦的檔案，保密員要及時催辦。涉密檔案應在辦公室或機要室閱讀，絕密級檔案應當即閱即批即退，並有保密員在場。
五、借閱制度
閱讀和使用涉密檔案、資料應當在符合保密要求的辦公場所進行，確需在辦公場所外閱讀和使用的，要履行嚴格的借閱記錄手續。借閱人對檔案負有安全和保密的責任，自覺做到按期歸還，再用再借，嚴禁將涉密檔案資料帶回家或帶到其他公共場所。保密員對借出的檔案應按時限要求及時追回。
密級檔案資料，未經密級確定機關、單位或者上級機關批准，禁止複製、影印、摘抄、彙編。如影印、摘抄、彙編機密級和秘密級檔案，必須經批准並履行審批手續，同時不得改變其密級、保密期限和知悉範圍，並視同原件管理。
六、清退制度
按照規定應當清退的涉密檔案、資料，原則上應按要求退回原制發的機關、單位。特殊情況的，應說明原因並報經原制發機關同意。
七、銷燬制度
需要銷燬的涉密檔案、資料由保密員造冊，報辦公室領導審批，並履行清點、登記手續，不得擅自銷燬。送指定造紙廠銷燬的，要有保密員等二人以上押運和監銷。嚴禁將涉密載體作為廢品出售。
涉密檔案的管理方法
收文環節的管理
收文管理包括檢查、登記、批辦、傳遞等步驟。收到密件後，首先要檢查來文封皮的狀態，看是否有損壞或被竊的痕跡，在回執單或送文簿上籤署姓名、時間。其次，在專門的密件登記簿上登記收到的全部密件，除了常規的登記專案外，還應註明密級、編號、份數、製作日期。第三，將密件交由辦公室主任處理。與本企業有關的商業秘密檔案，辦公室主任應當認真進行擬辦，提出合理的利於保密的意見，再由分管領導根據擬辦意見對密件處理作出決定。由於擬辦意見關係到商業秘密的生死存亡，應當極為慎重，選擇的承辦部門、人員都要儘量認定為可靠的，而且知密的範圍要儘量小。辦理中由於需要其他部門及人員的協助而必須提供資訊時，要先向他們宣告保密原則，並儘可能地以最小的商業秘密資訊量得到他們最大的協助。第四，密件必須由專人傳遞並負責跟蹤密件的整個辦理過程，密件在同一個人手中停留的時間不能太長，傳遞檔案的文書人員應該做到及時送達，及時傳閱，並監督辦理過程。
發文環節的管理
發文環節包括草擬、稽核、簽發、複核、繕印、用印、登記、分發等程式。草擬檔案時，有保密事項後應當馬上做標記，並劃定密級，限制秘密檔案的範圍。稽核、簽發與複核，是對檔案內容的把關，層層監控為的是使企業的商業秘密在產生階段就得到很好的保護，以減少後患。密件繕印要在專門的機要檔案繕印部門進行，商業秘密檔案的原稿與繕印稿都要注意保密，同時還要注意在繕印過程中留下來的一些印壞了的廢棄檔案，這些廢棄檔案要用碎紙機處理，不能隨意堆放或賣給廢品收購站。需要用印的檔案要加蓋發文機關或企業領導人的印章，一般應由負責人親自加蓋，企業有特殊規定的除外。要限制檔案的發放範圍和數量，待發的公文要進行封裝，負責密件工作的文書人員應當認真清點密件的印數，核對要發往的機關部門，裝封后加蓋密級章，貼上密封條加蓋密封章，透過機要交通或專人傳送。
涉密檔案的日常管理
首先，應根據資訊的敏感性和重要性將企業資訊劃分為不同等級，設定不同的知密範圍，限制資訊的傳播途徑，積極主動的防止競爭對手竊取或透過合法途徑獲取本企業的資訊。其次，企業應明確涉密人員的範圍、許可權和責任，嚴格控制商業秘密在本企業之中的傳播範圍，明確規定作為一項商業秘密，哪些人需要知道，哪些人不需要知道。否則人多口雜，一不留神就洩密，而且不利於責任的有效追究。第三，在庫房管理中，可確立多人負責和有限職責的原則，採用分割組合方法保管儲存商業秘密檔案。例如，可將商業秘密的關鍵部分分解，限定員工只接觸一部分，使每一涉密者不能擁有完整的商業秘密。庫房設施要可靠，有條件的企業可以設密碼門，只有檔案管理人員才有密碼通行證、定期更換密碼;密件平時應鎖入保險櫃。第四，在使用者利用管理中，要規定借閱範圍、時間和籤閱手續，管理者要跟蹤密件的流動，最好借閱者就在機要室或閱文室查閱該檔案，有特殊情況的也要當天借當天還。檔案的複製要有規定和限制，原則上不應允許複製。商業秘密檔案辦完要及時歸檔，妥善保管，以免發生商業秘密糾紛時無法舉證。
為確保敏感的公司檔案的安全，對於廢棄的檔案，不要將它們往廢物簍一扔完事，而應廣泛使用檔案粉碎機，將企業廢棄檔案徹底銷燬，使檔案無法復原，以免競爭對手從中分析出本企業的競爭動向。
一、收文制度
接收國家秘密檔案、資料，密件包裝應當由辦公室保密人員拆封。同時應單獨設薄登記，接收人員應及時履行清點、登記、編號、簽收等手續。
二、發文制度
分發國家秘密檔案、資料，必須嚴格按照規定的範圍發放，不得擅自擴大範圍。發文人員應履行登記、編號、簽收手續，並嚴格分發範圍，遵守相關規定;簽收時必須逐件清點、核對。
傳遞涉密檔案、資料應當透過保密員進行，檔案應包裝密封，嚴格按規定登記簽收。
三、製作(列印)制度
製作國家秘密檔案、資料，應當按照《保密法》規定，履行定密程式，標明密級和保密期限，註明發放範圍及製作數量，絕密級、機密級的應當編排順序號。使用計算機制作秘密檔案、資料的，該計算機不能與公共資訊網路聯接。密件應當在內部文印室印刷，嚴格按照批准的數量製作，不得多制、私留。
四、閱讀(傳閱)制度
涉密檔案、資料須按規定範圍傳達、閱讀，不得擅自擴大範圍，也不得向無關人員洩露檔案內容。傳閱涉密檔案，由辦公室保密員負責專夾專閱，並填寫“傳閱單”，記載夾內密件份數、編號和閱讀時間等，閱後簽字並主動退回，不得橫傳，對急辦的檔案，保密員要及時催辦。涉密檔案應在辦公室或機要室閱讀，絕密級檔案應當即閱即批即退，並有保密員在場。
五、借閱制度
閱讀和使用涉密檔案、資料應當在符合保密要求的辦公場所進行，確需在辦公場所外閱讀和使用的，要履行嚴格的借閱記錄手續。借閱人對檔案負有安全和保密的責任，自覺做到按期歸還，再用再借，嚴禁將涉密檔案資料帶回家或帶到其他公共場所。保密員對借出的檔案應按時限要求及時追回。
密級檔案資料，未經密級確定機關、單位或者上級機關批准，禁止複製、影印、摘抄、彙編。如影印、摘抄、彙編機密級和秘密級檔案，必須經批准並履行審批手續，同時不得改變其密級、保密期限和知悉範圍，並視同原件管理。
六、清退制度
按照規定應當清退的涉密檔案、資料，原則上應按要求退回原制發的機關、單位。特殊情況的，應說明原因並報經原制發機關同意。
七、銷燬制度
需要銷燬的涉密檔案、資料由保密員造冊，報辦公室領導審批，並履行清點、登記手續，不得擅自銷燬。送指定造紙廠銷燬的，要有保密員等二人以上押運和監銷。嚴禁將涉密載體作為廢品出售。
涉密檔案的管理方法
收文環節的管理
收文管理包括檢查、登記、批辦、傳遞等步驟。收到密件後，首先要檢查來文封皮的狀態，看是否有損壞或被竊的痕跡，在回執單或送文簿上籤署姓名、時間。其次，在專門的密件登記簿上登記收到的全部密件，除了常規的登記專案外，還應註明密級、編號、份數、製作日期。第三，將密件交由辦公室主任處理。與本企業有關的商業秘密檔案，辦公室主任應當認真進行擬辦，提出合理的利於保密的意見，再由分管領導根據擬辦意見對密件處理作出決定。由於擬辦意見關係到商業秘密的生死存亡，應當極為慎重，選擇的承辦部門、人員都要儘量認定為可靠的，而且知密的範圍要儘量小。辦理中由於需要其他部門及人員的協助而必須提供資訊時，要先向他們宣告保密原則，並儘可能地以最小的商業秘密資訊量得到他們最大的協助。第四，密件必須由專人傳遞並負責跟蹤密件的整個辦理過程，密件在同一個人手中停留的時間不能太長，傳遞檔案的文書人員應該做到及時送達，及時傳閱，並監督辦理過程。
發文環節的管理
發文環節包括草擬、稽核、簽發、複核、繕印、用印、登記、分發等程式。草擬檔案時，有保密事項後應當馬上做標記，並劃定密級，限制秘密檔案的範圍。稽核、簽發與複核，是對檔案內容的把關，層層監控為的是使企業的商業秘密在產生階段就得到很好的保護，以減少後患。密件繕印要在專門的機要檔案繕印部門進行，商業秘密檔案的原稿與繕印稿都要注意保密，同時還要注意在繕印過程中留下來的一些印壞了的廢棄檔案，這些廢棄檔案要用碎紙機處理，不能隨意堆放或賣給廢品收購站。需要用印的檔案要加蓋發文機關或企業領導人的印章，一般應由負責人親自加蓋，企業有特殊規定的除外。要限制檔案的發放範圍和數量，待發的公文要進行封裝，負責密件工作的文書人員應當認真清點密件的印數，核對要發往的機關部門，裝封后加蓋密級章，貼上密封條加蓋密封章，透過機要交通或專人傳送。
涉密檔案的日常管理
首先，應根據資訊的敏感性和重要性將企業資訊劃分為不同等級，設定不同的知密範圍，限制資訊的傳播途徑，積極主動的防止競爭對手竊取或透過合法途徑獲取本企業的資訊。其次，企業應明確涉密人員的範圍、許可權和責任，嚴格控制商業秘密在本企業之中的傳播範圍，明確規定作為一項商業秘密，哪些人需要知道，哪些人不需要知道。否則人多口雜，一不留神就洩密，而且不利於責任的有效追究。第三，在庫房管理中，可確立多人負責和有限職責的原則，採用分割組合方法保管儲存商業秘密檔案。例如，可將商業秘密的關鍵部分分解，限定員工只接觸一部分，使每一涉密者不能擁有完整的商業秘密。庫房設施要可靠，有條件的企業可以設密碼門，只有檔案管理人員才有密碼通行證、定期更換密碼;密件平時應鎖入保險櫃。第四，在使用者利用管理中，要規定借閱範圍、時間和籤閱手續，管理者要跟蹤密件的流動，最好借閱者就在機要室或閱文室查閱該檔案，有特殊情況的也要當天借當天還。檔案的複製要有規定和限制，原則上不應允許複製。商業秘密檔案辦完要及時歸檔，妥善保管，以免發生商業秘密糾紛時無法舉證。
為確保敏感的公司檔案的安全，對於廢棄的檔案，不要將它們往廢物簍一扔完事，而應廣泛使用檔案粉碎機，將企業廢棄檔案徹底銷燬，使檔案無法復原，以免競爭對手從中分析出本企業的競爭動向。