一是宗教矛盾。亞美尼亞是基督教國家，國民大多信奉基督教和天主教。亞塞拜然則主要信奉伊斯蘭教。基督教同伊斯蘭教的衝突已經持續多年，矛盾很難調和。

二是納卡地區是個歷史遺留問題，已經存在多年，兩國為此多次爆發戰爭。這個問題十分複雜，亞塞拜然、亞美尼亞和納戈爾諾-卡拉巴赫都有悠久的歷史。納戈爾諾-卡拉巴赫多數為亞美尼亞人信奉基督教。1923年以前該地區屬亞美尼亞管轄。1923年7月7日，該地區成立自治州並由聯盟中央政府決定劃歸亞塞拜然管轄。

蘇聯時期，亞塞拜然、亞美尼亞都是加盟國，強大的中央政府使得納戈爾諾-卡拉巴赫問題弱化，蘇聯的影響力減弱後，1991年納卡宣佈獨立，除亞美尼亞以外未得到國際社會承認。1994年在俄羅斯調停下，兩國實現停火，但歸屬問題懸而未決。阿亞兩國多次爆發衝突。

三是土耳其的加入使矛盾激化。土耳其與亞塞拜然的文化、歷史和民族認同度較高，和亞美尼亞之間的歷史問題較多，還沒有建立外交關係，兩國邊界亦處於封閉狀態。來自亞塞拜然的穩定可靠的石油供應關係到土耳其的國家安全。歷史上，土耳其曾經對亞美尼亞的大屠殺，讓後者刻骨銘心。近年來，土耳其和亞塞拜然越走越近，引起亞美尼亞極度不滿。這次，土耳其直接加入衝突，這場戰爭短時間不會停止。