馬芳（1517年—1581年），字德馨，別號蘭溪 ，山西蔚州（今張家口蔚縣）人。明朝嘉靖、隆慶、萬曆時期名將。
馬芳出身農家，八歲時曾被蒙古韃靼部落擄走，後於嘉靖十六年（1537年）逃回大同，在大同總兵周尚文手下為隊長，在與韃靼作戰中屢立功勳，累官宣府總兵、都指揮僉事、左都督等職。萬曆七年（1579年），因病解甲歸鄉。萬曆九年（1581年），馬芳去世，年六十四。
在明代鎮守邊陲的名將中，馬芳是一個傳奇式的人物，當時就有“勇不過馬芳”之說，同時代的詩人尹耕還留下“威名萬里馬將軍，白髮丹心天下聞”的詩句。《明史》稱其“大小百十接，身被數十創，以少擊眾，未嘗不大捷。擒部長數十人，斬馘無算，威名震邊陲，為一時將帥冠。”一些曲藝、戲曲作品也將他的故事搬上舞臺，如鼓詞《香蓮帕》、川劇《魚鱗陣》、京劇《馬芳困城》等。
芳生於正德十一年（1517年），籍貫山西蔚州（今河北張家口蔚縣），其家為宣化邊境農戶。
嘉靖四年（1525年），蒙古韃靼可汗巴圖蒙克出動騎兵十萬人，對宣府、大同邊鎮展開了大規模侵擾，明朝邊軍一觸即潰，史載“破城十餘座，擄掠人口數萬”。八歲的馬芳也成受害者，其家鄉村鎮盡成焦土，父母在逃難中被衝散，還是孩童的馬芳更慘遭蒙古騎兵擄掠，從此，開始了一段“堪比仲卿之寒微”的生活。年幼的馬芳流落蒙古草原，淪為一個替人放牧的騎奴，此後十餘年，馬芳過著任人驅使凌辱的奴隸生活。
但馬芳縱是身為異鄉賤奴，卻忍辱負重，此後馬芳小小年紀開始“曲木為弓”，精練騎射武藝，終練就了“箭無虛發”的本事，在崇尚勇士的蒙古軍營裡，他的地位也節節攀升，至青年時，一次隨阿勒坦汗狩獵，忽然突出一隻斑斕猛虎現身，直撲阿勒坦。眾人登時驚慌逃避，唯獨馬芳面不改色，彎弓搭箭，當場擊斃猛虎。阿勒坦對馬芳讚賞不已，贈予他“良弓矢，善馬”。此後馬芳成為阿勒坦的 “隨侍左右”。幾年來跟隨阿勒坦南征北戰，不但漸漸深諳阿勒坦的作戰之道，更漸對蒙古部落的活動規律和內部弱點了如指掌。馬芳雖然受到阿勒坦的重用，但是他心在明朝
嘉靖十六年（1537年），馬芳乘跟隨阿勒坦至臨近明朝邊鎮的大同外圍狩獵之機，趁夜盜馬逃出，連夜投奔至大同軍營。抵達大同後，馬芳先被衛兵逮捕，但總算運氣好，此時的大同總兵是周尚文，史載此人“多謀略，精騎射，優將才”，這位愛惜人才的名將見到馬芳後立刻“奇之”，任命他為隊長。不僅如此，周尚文更助馬芳尋到了失散多年的父母，接至大同團圓。感激涕零的馬芳立誓道：“願盡逐韃擄，求一死以報國恩。”
此後馬芳屢立戰功，從隊長開始，每戰奮勇衝殺。因他在蒙古生活多年，熟知蒙古騎兵的作戰特點，所以每戰皆能重創來敵。尤其是嘉靖二十八年（1549年），他獻計率精騎抄襲蒙古騎兵後路，迫使蒙古大軍北撤，周尚文大讚道：“汝他日必為能將。”
嘉靖二十九年（1550年）六月，“庚戌之變”爆發，阿勒坦率軍犯大同，總兵官張達和副總兵林椿皆戰死。宣大總兵的仇鸞惶懼無策，竟以重金賄賂俺答，使移寇他塞，勿犯大同。八月，阿勒坦自古北口入，殺掠無數。九月，已是千戶的馬芳先在懷柔遭遇了阿勒坦，馬芳身先士卒，當場陣斬阿勒坦部將。迫使阿勒坦暫退，但對整個戰局於事無補。兩個月後，蒙古騎兵入侵山西威遠，馬芳率部迎敵，他先是看穿了對手用孱弱騎兵引誘明軍中伏的把戲，接著反將蒙古軍引入明軍伏擊圈，於一場激戰中大敗之。得勝後，部將們以為敵人已退，紛紛鬆一口氣，馬芳卻冷靜判斷出敵人必然捲土重來，立刻在Mustang川佈防，果見大隊蒙古騎兵殺來，敵眾我寡下馬芳毫無懼色，命部將先撤退，自己親率精壯勇士斷後，一場惡戰竟打得優勢兵力的蒙古軍潰逃，馬芳立刻轉守為攻，追擊至山西泥河再次大破敵人。同年，馬芳先升任宣府遊擊將軍，繼而破格提升為正二品都督僉事，至年末又加封為正一品左都督。
馬芳駐守宣府時，與嚴嵩同黨仇鸞不睦，曾因此坐連鎮山敦之敗而遭罰俸，其奇襲蒙古軍迫其退兵的戰果更被仇鸞竊取。
馬芳初歸大同被委任為“隊長”後，即每每身先士卒，浴血殺敵，袍澤們背地取外號叫“瘋子馬”。馬芳任宣府遊擊時，重立“軍戰連坐法”，規定臨戰畏敵不前者，後隊斬前隊，將領畏敵不前者，士兵斬將領，每戰依舊率先衝殺敵陣，引得屬下殊死效命。但馬芳更要“治本”，嘉靖三十一年（1552年）馬芳向兵部上奏，提出“盡遣宣府客兵，以鄉人守鄉土，可得虎師。”朝廷採納此議，在山西當地徵募青壯從軍，馬芳更認定“兵之優劣，重在選練之效”，不但在軍中制定嚴格的賞罰管理訓練條例，招募當地拳師以及蒙古降兵為教官，更常在訓練中“親執械示範格殺”。對明朝軍中將官刻薄虐待士卒的陋習，馬芳也痛心疾首，調任宣府遊擊時便曾命親兵在軍中秘查，先後懲治虐待士兵剋扣軍餉的將官二十多人，一時間“軍紀大振”。升任總兵後，馬芳更頒佈嚴格條令，規定將官有虐待士卒者，要處以至少八十軍棍的刑罰，有剋扣軍糧者，不但大刑伺候，財產更要充公。為阻止當地權貴擅調士兵充奴婢，馬芳竟對山西某權貴“拔刀怒向”，終迫使其歸還被徵調計程車卒三百餘人。馬芳還從麾下計程車兵裡挑出數十名最精壯的人，組成“家兵”，這支部隊，在以後的數場戰爭中發揮了巨大的作用。
但馬芳同樣明白，僅僅依靠拼命，是無法戰勝阿勒坦及其麾下的蒙古精騎的。如他曾對兵部尚書趙錦言道，明軍較之蒙古軍，有三“不可比”，一為蒙古軍“天生騎射，弓馬嫻熟”，二為“來去迅即，顧此失彼”。三為“居無定所，進退自由”，為解決這三“不可比”，馬芳並非像當時其他邊將那樣建議以守為主，靠修築邊牆來阻遏敵人進攻，相反卻創造性思維，提出了“以騎制騎”的作戰思路。即先是結合南宋吳階的“疊陣法”，發揮明軍在火器技術上的優勢，為邊鎮騎兵大規模裝配火器，作戰中火槍騎兵，騎射兵，刀兵相互配合，反覆衝殺，以此“可補騎射之短也”。明朝騎兵大規模裝備“三眼銃”“五眼銃”等連發火器，正是從此時開始。而在作戰思路上，馬芳更將“以快制快”發揮到極致，主張每年冬春之季，派遣精銳騎兵組成小分隊對蒙古草原進行反突擊，以劫掠馬匹和焚燒草場為作戰目標，最大限度摧毀蒙古人的作戰資源，而當蒙古軍南下侵擾時，切忌閉關消極防守，而是要以長途奔襲，斷絕蒙古軍後路，聚殲蒙古軍有生力量為目的。誠如他自己所言：“克擄之道，重在料敵先發，敵欲動我先動，以我火器騎射之長，克敵弓弩騎射之短，重創敵於塞上，方為制勝之法也。”
馬芳的提議引起朝野的紛紛側目。早在任參將的時候，御史夏陽就曾彈劾他“驕兵悍將，邀功貪戰。”對其“以騎制騎”的戰法，兵部侍郎趙應奎更斥為“沽名釣譽，不識邊務。”論為官，馬芳卻頗為清廉，宣大總兵仇鸞在任時，山西當地將官每逢過年都要按慣例送禮，美其名曰“冬禮”，馬芳非但不參與，更常找藉口遠避之。仇鸞獲罪後，繼任的宣大總督楊順每逢蒙古騎兵侵擾時，只會閉關求太平，只在敵人退走後才作態追擊，而且他時常命部下屠戮逃難的漢族百姓，割頭後剃髮冒充蒙古兵以充邊功，對此行為，馬芳憤然抵制，嚴令屬下“敢有隨之殺良冒功者立斬”。因他清廉不冒功，仇鸞在時，曾奪他奇襲阿勒坦之功，楊順在時，也曾牽連他因“坐連戰敗”而罰俸。馬芳雖看似不懂人情，實際上頗有見識。他不“孝敬”仇鸞，因他深知仇鸞“性桀驁貪暴，勢難長久也。”抵制楊順“殺良”，更因他明白此舉“必招怨怒，從之亦難免罪”。事實上都御史方逢時、幾任的兵部尚書王邦瑞、趙錦等皆與他交好，後來擔任宣大總督的名將王崇古更將馬芳“引以為知交”。馬芳每鎮守一地，除悉心練兵防禦外，更留心蒐集當地珍奇土特產，用以饋贈各位“上級領導”，苦心總算有回報，馬芳此後選將練兵，整飭軍備，從經費到武器都皆得上級支援，每次都“精兵良械優給之”。嚴嵩之子嚴世蕃同樣頗為忌憚馬芳，曾告誡楊順道：“（馬芳）雖表面憨魯，實心細如髮，更兼胸懷韜略，不可引之為仇也。”
而在此時，阿勒坦自嘉靖三十年（1551年）戰端重開後，連年侵擾明朝邊境，摧毀明朝邊鎮堡壘無數，特別是嘉靖三十二年（1553年），他竟從二月至十月，連續對明朝宣府，大同，延綏，寧夏，甘肅五大軍事防區進行掠奪式侵擾，所過之處“軍堡盡毀，府庫盡遭掠，黎民流離被擄者無數”。期間，明軍總兵、參將、指揮等大小各級軍官戰死者數十人，軍隊損失慘重。
然而與此同時，馬芳卻開始反擊。嘉靖三十四年（1555年），阿勒坦故伎重演，繞過宣大防線，率騎兵再次閃擊至明朝京城外圍的懷柔地區，一時間“京城大警”，數萬援軍畏懼阿勒坦兵威，紛紛觀望不敢戰。危急之下，還是參將的馬芳慨然出擊，率麾下兩千精騎在保安（河北逐鹿）與阿勒坦軍血戰，是役馬芳軍“奮勇跳蕩，生猛敢戰”，殺得阿勒坦部後退十數里。橫遭重擊的阿勒坦不知明軍虛實，立刻下令全軍北撤。此戰中馬芳身負五處刀傷，坐騎也被射殺，可謂以命相搏，明世宗朱厚熜聽聞後感嘆道：“勇不過馬芳。”而蒙古軍中也深知馬芳威名，尊稱他為“馬太師”。馬芳之勇猛，從此一戰成名。
嘉靖三十六年（1557年），屢立戰功的馬芳暫離山西，升任薊鎮副總兵，這次他的主要對手，換成了長期侵擾明朝東部邊陲的蒙古土蠻部，馬芳剛一到任，土蠻即發動十萬騎兵南下侵擾，馬芳一面命他的“家兵”從側翼打擊蒙古軍，一面與總兵歐陽安一道在界嶺口迎敵，一番激戰，殺得土蠻前鋒暫退且俘獲多人，審訊時有蒙古俘虜盯著馬芳道“馬太師也！”馬芳聞言立刻“免冑示之”。得悉對手正是數度重創蒙古騎兵的“馬太師”，十幾萬土蠻騎兵立馬倉皇北撤。土蠻剛撤軍，阿勒坦又捲土重來。同年六月，阿勒坦侵擾河北地區，因時任薊遼總督的王杼指揮無方，導致明軍全線崩潰，遵化、玉田等重鎮相繼淪陷，馬芳率領騎兵長途奔襲，在金山寺一戰裡重創蒙古騎兵，再次迫使阿勒坦北撤，但戰後追究敗因，馬芳又受牽連，以“抗敵不力”的罪名被剝奪副總兵一職，貶為都督僉事。
嘉靖四十年（1561年），馬芳移守宣府，再次與阿勒坦正面對抗。
嘉靖四十年（1561年）八月，阿勒坦南下侵擾，與以往分散式騷擾不同，這次他改為“重點打擊”，兵鋒直逼山西地區。明軍當地部隊卻紛紛潰退，身在宣府的馬芳卻決心“先發制人”，在阿勒坦部南下之初，即偵之其部隊動向，經反覆籌謀，終定下從宣府奔襲至山西，給阿勒坦以重擊的方略。副將趙勇擔憂此舉風險太大，且山西並非宣府防區，“觀望”可免責，一旦失敗即罪不容赦，馬芳慨然道：“今敵寇兇猛，避之必敗，擊之方有勝機，況身為朝廷之兵，即有守土之責，又何來分彼此，大丈夫身受國恩多年，正當殺敵報國，縱是此役必敗，拼得我等性命一條，卻要叫敵寇知我大明兵威，雖死又何妨。”儘管如此，馬芳也知此戰兇險，行前對三軍放話，有兄弟同在軍中的，弟弟留下；父子同在軍中的，兒子留下。結果卻是眾將士“群情激昂爭先從之”。馬芳隨即率軍連夜急行軍五百里，抵達大同外圍，終於捕捉到了阿勒坦主力，此時正是凌晨，馬芳並不急於進攻，還是先以其精銳“家兵健兒”為先導，趁夜色潛入蒙古軍營中放火，然後趁蒙古軍營混亂時拼命高呼“馬太師來了”。接著馬芳軍奮勇衝殺，在正面對蒙古軍發起強攻，猝不及防的阿勒坦果然大潰，明軍前仆後繼，以死相拼，是役蒙古軍“驚慌失措，相互踩踏死者無數”。但面臨突發局面，阿勒坦卻果斷應對，他冷靜的整合兵馬，命令部隊交替掩護撤退，且親自留隊斷後，經殊死搏殺，終於成功的頂住馬芳的強攻，安然抽身北退。不甘心的阿勒坦小退二十里，與馬芳相持。
馬芳（1517年—1581年），字德馨，別號蘭溪 ，山西蔚州（今張家口蔚縣）人。明朝嘉靖、隆慶、萬曆時期名將。
馬芳出身農家，八歲時曾被蒙古韃靼部落擄走，後於嘉靖十六年（1537年）逃回大同，在大同總兵周尚文手下為隊長，在與韃靼作戰中屢立功勳，累官宣府總兵、都指揮僉事、左都督等職。萬曆七年（1579年），因病解甲歸鄉。萬曆九年（1581年），馬芳去世，年六十四。
在明代鎮守邊陲的名將中，馬芳是一個傳奇式的人物，當時就有“勇不過馬芳”之說，同時代的詩人尹耕還留下“威名萬里馬將軍，白髮丹心天下聞”的詩句。《明史》稱其“大小百十接，身被數十創，以少擊眾，未嘗不大捷。擒部長數十人，斬馘無算，威名震邊陲，為一時將帥冠。”一些曲藝、戲曲作品也將他的故事搬上舞臺，如鼓詞《香蓮帕》、川劇《魚鱗陣》、京劇《馬芳困城》等。
芳生於正德十一年（1517年），籍貫山西蔚州（今河北張家口蔚縣），其家為宣化邊境農戶。
嘉靖四年（1525年），蒙古韃靼可汗巴圖蒙克出動騎兵十萬人，對宣府、大同邊鎮展開了大規模侵擾，明朝邊軍一觸即潰，史載“破城十餘座，擄掠人口數萬”。八歲的馬芳也成受害者，其家鄉村鎮盡成焦土，父母在逃難中被衝散，還是孩童的馬芳更慘遭蒙古騎兵擄掠，從此，開始了一段“堪比仲卿之寒微”的生活。年幼的馬芳流落蒙古草原，淪為一個替人放牧的騎奴，此後十餘年，馬芳過著任人驅使凌辱的奴隸生活。
但馬芳縱是身為異鄉賤奴，卻忍辱負重，此後馬芳小小年紀開始“曲木為弓”，精練騎射武藝，終練就了“箭無虛發”的本事，在崇尚勇士的蒙古軍營裡，他的地位也節節攀升，至青年時，一次隨阿勒坦汗狩獵，忽然突出一隻斑斕猛虎現身，直撲阿勒坦。眾人登時驚慌逃避，唯獨馬芳面不改色，彎弓搭箭，當場擊斃猛虎。阿勒坦對馬芳讚賞不已，贈予他“良弓矢，善馬”。此後馬芳成為阿勒坦的 “隨侍左右”。幾年來跟隨阿勒坦南征北戰，不但漸漸深諳阿勒坦的作戰之道，更漸對蒙古部落的活動規律和內部弱點了如指掌。馬芳雖然受到阿勒坦的重用，但是他心在明朝
嘉靖十六年（1537年），馬芳乘跟隨阿勒坦至臨近明朝邊鎮的大同外圍狩獵之機，趁夜盜馬逃出，連夜投奔至大同軍營。抵達大同後，馬芳先被衛兵逮捕，但總算運氣好，此時的大同總兵是周尚文，史載此人“多謀略，精騎射，優將才”，這位愛惜人才的名將見到馬芳後立刻“奇之”，任命他為隊長。不僅如此，周尚文更助馬芳尋到了失散多年的父母，接至大同團圓。感激涕零的馬芳立誓道：“願盡逐韃擄，求一死以報國恩。”
此後馬芳屢立戰功，從隊長開始，每戰奮勇衝殺。因他在蒙古生活多年，熟知蒙古騎兵的作戰特點，所以每戰皆能重創來敵。尤其是嘉靖二十八年（1549年），他獻計率精騎抄襲蒙古騎兵後路，迫使蒙古大軍北撤，周尚文大讚道：“汝他日必為能將。”
嘉靖二十九年（1550年）六月，“庚戌之變”爆發，阿勒坦率軍犯大同，總兵官張達和副總兵林椿皆戰死。宣大總兵的仇鸞惶懼無策，竟以重金賄賂俺答，使移寇他塞，勿犯大同。八月，阿勒坦自古北口入，殺掠無數。九月，已是千戶的馬芳先在懷柔遭遇了阿勒坦，馬芳身先士卒，當場陣斬阿勒坦部將。迫使阿勒坦暫退，但對整個戰局於事無補。兩個月後，蒙古騎兵入侵山西威遠，馬芳率部迎敵，他先是看穿了對手用孱弱騎兵引誘明軍中伏的把戲，接著反將蒙古軍引入明軍伏擊圈，於一場激戰中大敗之。得勝後，部將們以為敵人已退，紛紛鬆一口氣，馬芳卻冷靜判斷出敵人必然捲土重來，立刻在Mustang川佈防，果見大隊蒙古騎兵殺來，敵眾我寡下馬芳毫無懼色，命部將先撤退，自己親率精壯勇士斷後，一場惡戰竟打得優勢兵力的蒙古軍潰逃，馬芳立刻轉守為攻，追擊至山西泥河再次大破敵人。同年，馬芳先升任宣府遊擊將軍，繼而破格提升為正二品都督僉事，至年末又加封為正一品左都督。
馬芳駐守宣府時，與嚴嵩同黨仇鸞不睦，曾因此坐連鎮山敦之敗而遭罰俸，其奇襲蒙古軍迫其退兵的戰果更被仇鸞竊取。
馬芳初歸大同被委任為“隊長”後，即每每身先士卒，浴血殺敵，袍澤們背地取外號叫“瘋子馬”。馬芳任宣府遊擊時，重立“軍戰連坐法”，規定臨戰畏敵不前者，後隊斬前隊，將領畏敵不前者，士兵斬將領，每戰依舊率先衝殺敵陣，引得屬下殊死效命。但馬芳更要“治本”，嘉靖三十一年（1552年）馬芳向兵部上奏，提出“盡遣宣府客兵，以鄉人守鄉土，可得虎師。”朝廷採納此議，在山西當地徵募青壯從軍，馬芳更認定“兵之優劣，重在選練之效”，不但在軍中制定嚴格的賞罰管理訓練條例，招募當地拳師以及蒙古降兵為教官，更常在訓練中“親執械示範格殺”。對明朝軍中將官刻薄虐待士卒的陋習，馬芳也痛心疾首，調任宣府遊擊時便曾命親兵在軍中秘查，先後懲治虐待士兵剋扣軍餉的將官二十多人，一時間“軍紀大振”。升任總兵後，馬芳更頒佈嚴格條令，規定將官有虐待士卒者，要處以至少八十軍棍的刑罰，有剋扣軍糧者，不但大刑伺候，財產更要充公。為阻止當地權貴擅調士兵充奴婢，馬芳竟對山西某權貴“拔刀怒向”，終迫使其歸還被徵調計程車卒三百餘人。馬芳還從麾下計程車兵裡挑出數十名最精壯的人，組成“家兵”，這支部隊，在以後的數場戰爭中發揮了巨大的作用。
但馬芳同樣明白，僅僅依靠拼命，是無法戰勝阿勒坦及其麾下的蒙古精騎的。如他曾對兵部尚書趙錦言道，明軍較之蒙古軍，有三“不可比”，一為蒙古軍“天生騎射，弓馬嫻熟”，二為“來去迅即，顧此失彼”。三為“居無定所，進退自由”，為解決這三“不可比”，馬芳並非像當時其他邊將那樣建議以守為主，靠修築邊牆來阻遏敵人進攻，相反卻創造性思維，提出了“以騎制騎”的作戰思路。即先是結合南宋吳階的“疊陣法”，發揮明軍在火器技術上的優勢，為邊鎮騎兵大規模裝配火器，作戰中火槍騎兵，騎射兵，刀兵相互配合，反覆衝殺，以此“可補騎射之短也”。明朝騎兵大規模裝備“三眼銃”“五眼銃”等連發火器，正是從此時開始。而在作戰思路上，馬芳更將“以快制快”發揮到極致，主張每年冬春之季，派遣精銳騎兵組成小分隊對蒙古草原進行反突擊，以劫掠馬匹和焚燒草場為作戰目標，最大限度摧毀蒙古人的作戰資源，而當蒙古軍南下侵擾時，切忌閉關消極防守，而是要以長途奔襲，斷絕蒙古軍後路，聚殲蒙古軍有生力量為目的。誠如他自己所言：“克擄之道，重在料敵先發，敵欲動我先動，以我火器騎射之長，克敵弓弩騎射之短，重創敵於塞上，方為制勝之法也。”
馬芳的提議引起朝野的紛紛側目。早在任參將的時候，御史夏陽就曾彈劾他“驕兵悍將，邀功貪戰。”對其“以騎制騎”的戰法，兵部侍郎趙應奎更斥為“沽名釣譽，不識邊務。”論為官，馬芳卻頗為清廉，宣大總兵仇鸞在任時，山西當地將官每逢過年都要按慣例送禮，美其名曰“冬禮”，馬芳非但不參與，更常找藉口遠避之。仇鸞獲罪後，繼任的宣大總督楊順每逢蒙古騎兵侵擾時，只會閉關求太平，只在敵人退走後才作態追擊，而且他時常命部下屠戮逃難的漢族百姓，割頭後剃髮冒充蒙古兵以充邊功，對此行為，馬芳憤然抵制，嚴令屬下“敢有隨之殺良冒功者立斬”。因他清廉不冒功，仇鸞在時，曾奪他奇襲阿勒坦之功，楊順在時，也曾牽連他因“坐連戰敗”而罰俸。馬芳雖看似不懂人情，實際上頗有見識。他不“孝敬”仇鸞，因他深知仇鸞“性桀驁貪暴，勢難長久也。”抵制楊順“殺良”，更因他明白此舉“必招怨怒，從之亦難免罪”。事實上都御史方逢時、幾任的兵部尚書王邦瑞、趙錦等皆與他交好，後來擔任宣大總督的名將王崇古更將馬芳“引以為知交”。馬芳每鎮守一地，除悉心練兵防禦外，更留心蒐集當地珍奇土特產，用以饋贈各位“上級領導”，苦心總算有回報，馬芳此後選將練兵，整飭軍備，從經費到武器都皆得上級支援，每次都“精兵良械優給之”。嚴嵩之子嚴世蕃同樣頗為忌憚馬芳，曾告誡楊順道：“（馬芳）雖表面憨魯，實心細如髮，更兼胸懷韜略，不可引之為仇也。”
而在此時，阿勒坦自嘉靖三十年（1551年）戰端重開後，連年侵擾明朝邊境，摧毀明朝邊鎮堡壘無數，特別是嘉靖三十二年（1553年），他竟從二月至十月，連續對明朝宣府，大同，延綏，寧夏，甘肅五大軍事防區進行掠奪式侵擾，所過之處“軍堡盡毀，府庫盡遭掠，黎民流離被擄者無數”。期間，明軍總兵、參將、指揮等大小各級軍官戰死者數十人，軍隊損失慘重。
然而與此同時，馬芳卻開始反擊。嘉靖三十四年（1555年），阿勒坦故伎重演，繞過宣大防線，率騎兵再次閃擊至明朝京城外圍的懷柔地區，一時間“京城大警”，數萬援軍畏懼阿勒坦兵威，紛紛觀望不敢戰。危急之下，還是參將的馬芳慨然出擊，率麾下兩千精騎在保安（河北逐鹿）與阿勒坦軍血戰，是役馬芳軍“奮勇跳蕩，生猛敢戰”，殺得阿勒坦部後退十數里。橫遭重擊的阿勒坦不知明軍虛實，立刻下令全軍北撤。此戰中馬芳身負五處刀傷，坐騎也被射殺，可謂以命相搏，明世宗朱厚熜聽聞後感嘆道：“勇不過馬芳。”而蒙古軍中也深知馬芳威名，尊稱他為“馬太師”。馬芳之勇猛，從此一戰成名。
嘉靖三十六年（1557年），屢立戰功的馬芳暫離山西，升任薊鎮副總兵，這次他的主要對手，換成了長期侵擾明朝東部邊陲的蒙古土蠻部，馬芳剛一到任，土蠻即發動十萬騎兵南下侵擾，馬芳一面命他的“家兵”從側翼打擊蒙古軍，一面與總兵歐陽安一道在界嶺口迎敵，一番激戰，殺得土蠻前鋒暫退且俘獲多人，審訊時有蒙古俘虜盯著馬芳道“馬太師也！”馬芳聞言立刻“免冑示之”。得悉對手正是數度重創蒙古騎兵的“馬太師”，十幾萬土蠻騎兵立馬倉皇北撤。土蠻剛撤軍，阿勒坦又捲土重來。同年六月，阿勒坦侵擾河北地區，因時任薊遼總督的王杼指揮無方，導致明軍全線崩潰，遵化、玉田等重鎮相繼淪陷，馬芳率領騎兵長途奔襲，在金山寺一戰裡重創蒙古騎兵，再次迫使阿勒坦北撤，但戰後追究敗因，馬芳又受牽連，以“抗敵不力”的罪名被剝奪副總兵一職，貶為都督僉事。
嘉靖四十年（1561年），馬芳移守宣府，再次與阿勒坦正面對抗。
嘉靖四十年（1561年）八月，阿勒坦南下侵擾，與以往分散式騷擾不同，這次他改為“重點打擊”，兵鋒直逼山西地區。明軍當地部隊卻紛紛潰退，身在宣府的馬芳卻決心“先發制人”，在阿勒坦部南下之初，即偵之其部隊動向，經反覆籌謀，終定下從宣府奔襲至山西，給阿勒坦以重擊的方略。副將趙勇擔憂此舉風險太大，且山西並非宣府防區，“觀望”可免責，一旦失敗即罪不容赦，馬芳慨然道：“今敵寇兇猛，避之必敗，擊之方有勝機，況身為朝廷之兵，即有守土之責，又何來分彼此，大丈夫身受國恩多年，正當殺敵報國，縱是此役必敗，拼得我等性命一條，卻要叫敵寇知我大明兵威，雖死又何妨。”儘管如此，馬芳也知此戰兇險，行前對三軍放話，有兄弟同在軍中的，弟弟留下；父子同在軍中的，兒子留下。結果卻是眾將士“群情激昂爭先從之”。馬芳隨即率軍連夜急行軍五百里，抵達大同外圍，終於捕捉到了阿勒坦主力，此時正是凌晨，馬芳並不急於進攻，還是先以其精銳“家兵健兒”為先導，趁夜色潛入蒙古軍營中放火，然後趁蒙古軍營混亂時拼命高呼“馬太師來了”。接著馬芳軍奮勇衝殺，在正面對蒙古軍發起強攻，猝不及防的阿勒坦果然大潰，明軍前仆後繼，以死相拼，是役蒙古軍“驚慌失措，相互踩踏死者無數”。但面臨突發局面，阿勒坦卻果斷應對，他冷靜的整合兵馬，命令部隊交替掩護撤退，且親自留隊斷後，經殊死搏殺，終於成功的頂住馬芳的強攻，安然抽身北退。不甘心的阿勒坦小退二十里，與馬芳相持。