主角在遊艇事件中大難不死，但是被關進了監獄，並且昏迷了好幾年...
《黑道聖徒2》發生在原來故事的幾年之後. 一批新來的自命不凡的黑幫粉墨登場把Stilwater攪得天翻地覆. 與此同時, 一個叫作Ultor財團的多國集團開始成為城市的政治軸心, 源源不斷的把百萬美元輸入大都會的重建之中.作為聖徒的領袖, 你將不得不不計代價的保護你的黑幫成員抵抗新的敵人, 包括Ultor財團和黑幫對頭
直到有一天主角突然醒過來，發現一個前3rd street saints的成員Carlos願意幫主角逃獄
兩人順利脫困後Carlos也對主角說明了目前整個城市的情況
3rd street saints在群龍無首的情況下被另外的三個黑幫瓜分，而城市的行政控制權則是落入了私人企業Ultor的手中
並且Ultor的執行長是個相當精明幹練的人，把城市管理的相當不錯
至於3rd street saints的狀況相當妻慘，Julius和Dex下落不明
Johnny則是和主角一樣深陷牢獄
所以當主角回覆自由之後，第一步就是把Johnny給救出來
並且招集以前3rd street saints的舊成員
除了舊成員之外，主角另外找了三個新人當幹部，分別是之前幫主角逃獄的Carlos、Shaundi和Pierce
‧Pierce和Johnny一樣，都是武鬥派成員
‧Shaundi則是瞭解毒品的運作
‧Carlos對於交通工具比較熟悉
現在城市則由Ronin、Sons of Samedi和Brotherhood掌握，玩家可以自由決定要先消滅哪一個勢力
Ronin(黃色)：
Ronin是一個日本幫派 (成員不一定是日本人)，老大Akuji本身在日本，留下自己的兒子和左右手管理幫派
Ronin是一個企業組織化的黑幫 (很像山口組)，擁有數間高階旅館以及飯店，並且和大企業都有密且往來
一開始主角和Johnny決定要去偷Ronin賭場裡面的錢，Pierce策劃了老半天，結果主角和Johnny卻決定來個正面突破...
當然憑著主角和Johnny的瘋狂殺人能力 (遊戲中最強的兩個人)，一下子就搶得不少鈔票，並且把錢運到Johnny和Aisha的住處
而得知賭場被搶的Ronin不甘心平白損失，派出殺手趁主角和Johnny不在的時候侵入屋子綁住Aisha，打算偷偷幹掉主角和Johnny
結果Aisha開口大叫警告Johnny，被Ronin的光頭佬殺手一刀殺害 (應該是斬首)
主角和Johnny無法拯救Aisha，還讓光頭佬殺手跑了，Johnny也重傷住院
主角發誓一定要替兄弟報仇，之後便殺入Ronin的地盤，手刃Ronin的光頭男
除了光頭殺手外，下命令的Akuji之子 (很白目的一個小鬼)Johnny也決定要幹掉他
沒想到Johnny出院後舉行Aisha喪禮的時候，白目小鬼為了要向父親證明自己的價值，自己出現在主角和Johnny的面前，下場當然非常慘...(被Johnny丟到棺材裡面活埋)
而隨著Ronin的失勢，本來和Ronin有密切往來的Ultor也決定要換邊站，改支援3rd street saints，並且執行長親自上門告訴主角Ronin的情報
最後在Mr.Wrong(主角的老朋友，中國老人，一代的刺客小任務的僱主)所舉辦的慶典中主角和Akuji正面對決，手刃了這個日本黑幫老大...
Sons of Samedi：
Sons of Samedi是一個類似非洲軍閥的黑幫，由一個自稱將軍的老大管理，手下信奉巫毒邪教，主要經營毒品市場
主角一開始是經由Shaundi的情報得知這個黑幫的運作和毒品交易，因為Sons of Samedi的一個幹部DJ Veteran Child以前是Shaundi的男朋友 (不過Shaundi本人說她有好幾個男朋友)
主角決定要把Sons of Samedi的毒品市場全部搶過來
這系列的劇情比較簡單，除了Shaundi被前男友DJ Veteran Child擄走主角去救回來之外，大部分都是打打殺殺，不過有兩個一代的熟面孔會出現 (毒販夫妻檔)
值得一提的是將軍有一個手下會用巫毒法術，殺不死，主角後來乾脆一刀把他的頭剁了...
Brotherhood(紅色)：
Brotherhood(兄弟會)是少數比較單純的黑幫，裡面都是一些喜歡打殺的暴力份子，老大Maero是喜歡刺青的壯漢
Brotherhood主要幹部是老大Maero以及Maero的女友Jessica、還有刺青師以及修車工(修車工就是一代喜歡Lin的Donnie...)
一開始主角要求Carlos對付Brotherhood，而Carlos則表示Maero想和主角合作搞軍火生意
但是Maero要求八二分帳，結果最後兩人談不攏而翻臉
隨後主角想到了一個賤招 (真的滿賤的)，那就是拿核廢料去混在Maero的刺青顏料裡面，導致Maero的右臉毀容
但是這個舉動激怒了Brotherhood，尤其是Maero的女友Jessica為了報復主角，很殘忍的虐殺了Carlos (這段很震撼，Carlos是一開始幫主角越獄的朋友，對主角和3rd street saints忠心耿耿，並且主角曾說過很喜歡他，有一天會提拔他)
當主角看到Carlos的慘狀，但是卻無法救他，最後只能心痛的扣下版機幫Carlos解脫...[page]
因為Carlos的死讓主角意志消沉了一段時間，直到有一次Shaundi碰巧遇到Jessica
得知Jessica位置的主角神情冷漠的上車，到達Jessica所在的飯店後襬平所有警衛，並把Jessica塞到車後面的行李箱，開往Maero舉辦越野塞車的場地...
Maero和其他Brotherhood喜歡從事越野吉普車的比賽，當天剛好Maero壓軸上場，豪邁的把一排報廢的車子壓的粉碎
掌聲響起，主角現身在Maero面前，意氣風發的Maero便說要和主角單挑並殺了主角，只是主角冷冷的回了一句：“No, you don"t.”，便丟了一把車鑰匙給Maero
隨著主角的離去，Maero將會發現被他親手殺害女友的屍體...
事情發展至今Brotherhood和3rd street saints已經是不共戴天，而主角得知Maero將會海運一批軍火過來
便出發到Brotherhood的專屬刺青師的演唱會(刺青師本身玩樂團)刑求逼問情報，最後更殘忍的毀了刺青師的 一隻手...
而走投無路的Maero則是闖進Ultor的總部威脅執行長必須幫忙護送軍火，沒想到Ultor的執行長打算把這批軍火搶下來
直到最後主角經過一番血戰得到了Maero的軍火，但是也發現了Ultor在策劃一些事情
而Maero在失去了一切的情況之下，約主角在舉辦吉普越野的賽場見面決鬥，最後被主角槍殺...
二代結尾：
當主角帶領3rd street saints成功的消滅所有黑幫後，Ultor的執行長決定出手了
原來Ultor策劃讓城市中最大的幫派消滅其他黑幫後，在一舉消滅最大的幫派
這樣城市將不會在有黑幫的存在，而Ultor的執行長也認為黑幫絕對贏不過訓練有素的特種部隊
Ultor的執行長並開始下令暗殺3rd street saints的所有幹部，包括主角、Johnny、Pierce和Shaundi
可惜的是Ultor低估了主角的實力，不但暗殺沒有成功，主角和Johnny為了報復Ultor還到處搞破壞，甚至炸了Ultor的一棟大樓
但是Ultor的執行長老謀深算，反而利用主角把反對自己的人通通幹掉 (遊艇和商場那兩關)
只是對於主角而言沒有差別，因為Ultor的人全是敵人，所以最後主角和Johnny還是順利的把Ultor的執行長掛了...也正式宣佈城市從此由3rd street saints統治...
復仇：
當主角來到警局之後，會意外的聽到Dex和Troy的對話錄音帶
主角之前已經知道Troy是臥底警察 (救Johnny出獄後Johnny告訴主角，電視也有在播)
而錄音帶是主角在一代遊艇事件之前的錄音
內容是Dex那時已經知道Troy是臥底的事實，但是Dex並不打算告訴主角和Johnny
因為那時候Julius被綁架，Dex已經打算要離開3rd street saints了，而且Dex竟然說他在Ultor找到了一份工作...
而另一卷錄音帶則是Troy和Julius的對話，Troy勸Julius像Dex一樣放棄黑幫生活，Troy保證Julius不會因為以前的犯罪被起訴，另外Troy也希望Julius能夠說服主角，結果Julius答應了...
到了最後一卷錄音帶，只聽到Troy大吼說我是要你說服，不是用炸彈!
聽到這裡主角大概心理已經知道當年真的是Julius為了求得安穩的引退生活而出賣了主角，而且Troy並不想要主角死，是Julius自己決定的(至於為什麼要炸死市長，個人猜測是Ultor為了要接管城市，決定暗殺市長)
之後在警局內找到了Dex的電話，一撥過去，聽到了好久不見的聲音
Dex說主角你到現在應該也知道Julius當年是陷害你的真兇，並且Dex答應會幫主角找到Julius
等到主角到了約定的地點(一代的舊教堂)，發現一個瘦小的老人，一看之下才發現是Julius本人而不是Dex
而且教堂本身還被Ultor的軍隊團團包圍，看來Dex在Ultor工作是真的了，而且Dex還打算一口氣幹掉主角和Julius
結果主角和Julius突破重圍，順利的來到了安全的地方
Julius認為主角應該已經原諒他了，沒想到一轉身，主角一槍貫穿了Julius的腹部
Julius充滿怨恨的對主角說我以為你經過遊艇事件後可以學到一些事情，並認為主角應該離開黑幫生活，而且要不是Julius，主角早就死在無名的街道上了...
只是主角淡淡的對Julius說你的時代已經過去了，並且開槍完成了他的復仇...
主角在遊艇事件中大難不死，但是被關進了監獄，並且昏迷了好幾年...
《黑道聖徒2》發生在原來故事的幾年之後. 一批新來的自命不凡的黑幫粉墨登場把Stilwater攪得天翻地覆. 與此同時, 一個叫作Ultor財團的多國集團開始成為城市的政治軸心, 源源不斷的把百萬美元輸入大都會的重建之中.作為聖徒的領袖, 你將不得不不計代價的保護你的黑幫成員抵抗新的敵人, 包括Ultor財團和黑幫對頭
直到有一天主角突然醒過來，發現一個前3rd street saints的成員Carlos願意幫主角逃獄
兩人順利脫困後Carlos也對主角說明了目前整個城市的情況
3rd street saints在群龍無首的情況下被另外的三個黑幫瓜分，而城市的行政控制權則是落入了私人企業Ultor的手中
並且Ultor的執行長是個相當精明幹練的人，把城市管理的相當不錯
至於3rd street saints的狀況相當妻慘，Julius和Dex下落不明
Johnny則是和主角一樣深陷牢獄
所以當主角回覆自由之後，第一步就是把Johnny給救出來
並且招集以前3rd street saints的舊成員
除了舊成員之外，主角另外找了三個新人當幹部，分別是之前幫主角逃獄的Carlos、Shaundi和Pierce
‧Pierce和Johnny一樣，都是武鬥派成員
‧Shaundi則是瞭解毒品的運作
‧Carlos對於交通工具比較熟悉
現在城市則由Ronin、Sons of Samedi和Brotherhood掌握，玩家可以自由決定要先消滅哪一個勢力
Ronin(黃色)：
Ronin是一個日本幫派 (成員不一定是日本人)，老大Akuji本身在日本，留下自己的兒子和左右手管理幫派
Ronin是一個企業組織化的黑幫 (很像山口組)，擁有數間高階旅館以及飯店，並且和大企業都有密且往來
一開始主角和Johnny決定要去偷Ronin賭場裡面的錢，Pierce策劃了老半天，結果主角和Johnny卻決定來個正面突破...
當然憑著主角和Johnny的瘋狂殺人能力 (遊戲中最強的兩個人)，一下子就搶得不少鈔票，並且把錢運到Johnny和Aisha的住處
而得知賭場被搶的Ronin不甘心平白損失，派出殺手趁主角和Johnny不在的時候侵入屋子綁住Aisha，打算偷偷幹掉主角和Johnny
結果Aisha開口大叫警告Johnny，被Ronin的光頭佬殺手一刀殺害 (應該是斬首)
主角和Johnny無法拯救Aisha，還讓光頭佬殺手跑了，Johnny也重傷住院
主角發誓一定要替兄弟報仇，之後便殺入Ronin的地盤，手刃Ronin的光頭男
除了光頭殺手外，下命令的Akuji之子 (很白目的一個小鬼)Johnny也決定要幹掉他
沒想到Johnny出院後舉行Aisha喪禮的時候，白目小鬼為了要向父親證明自己的價值，自己出現在主角和Johnny的面前，下場當然非常慘...(被Johnny丟到棺材裡面活埋)
而隨著Ronin的失勢，本來和Ronin有密切往來的Ultor也決定要換邊站，改支援3rd street saints，並且執行長親自上門告訴主角Ronin的情報
最後在Mr.Wrong(主角的老朋友，中國老人，一代的刺客小任務的僱主)所舉辦的慶典中主角和Akuji正面對決，手刃了這個日本黑幫老大...
Sons of Samedi：
Sons of Samedi是一個類似非洲軍閥的黑幫，由一個自稱將軍的老大管理，手下信奉巫毒邪教，主要經營毒品市場
主角一開始是經由Shaundi的情報得知這個黑幫的運作和毒品交易，因為Sons of Samedi的一個幹部DJ Veteran Child以前是Shaundi的男朋友 (不過Shaundi本人說她有好幾個男朋友)
主角決定要把Sons of Samedi的毒品市場全部搶過來
這系列的劇情比較簡單，除了Shaundi被前男友DJ Veteran Child擄走主角去救回來之外，大部分都是打打殺殺，不過有兩個一代的熟面孔會出現 (毒販夫妻檔)
值得一提的是將軍有一個手下會用巫毒法術，殺不死，主角後來乾脆一刀把他的頭剁了...
Brotherhood(紅色)：
Brotherhood(兄弟會)是少數比較單純的黑幫，裡面都是一些喜歡打殺的暴力份子，老大Maero是喜歡刺青的壯漢
Brotherhood主要幹部是老大Maero以及Maero的女友Jessica、還有刺青師以及修車工(修車工就是一代喜歡Lin的Donnie...)
一開始主角要求Carlos對付Brotherhood，而Carlos則表示Maero想和主角合作搞軍火生意
但是Maero要求八二分帳，結果最後兩人談不攏而翻臉
隨後主角想到了一個賤招 (真的滿賤的)，那就是拿核廢料去混在Maero的刺青顏料裡面，導致Maero的右臉毀容
但是這個舉動激怒了Brotherhood，尤其是Maero的女友Jessica為了報復主角，很殘忍的虐殺了Carlos (這段很震撼，Carlos是一開始幫主角越獄的朋友，對主角和3rd street saints忠心耿耿，並且主角曾說過很喜歡他，有一天會提拔他)
當主角看到Carlos的慘狀，但是卻無法救他，最後只能心痛的扣下版機幫Carlos解脫...[page]
因為Carlos的死讓主角意志消沉了一段時間，直到有一次Shaundi碰巧遇到Jessica
得知Jessica位置的主角神情冷漠的上車，到達Jessica所在的飯店後襬平所有警衛，並把Jessica塞到車後面的行李箱，開往Maero舉辦越野塞車的場地...
Maero和其他Brotherhood喜歡從事越野吉普車的比賽，當天剛好Maero壓軸上場，豪邁的把一排報廢的車子壓的粉碎
掌聲響起，主角現身在Maero面前，意氣風發的Maero便說要和主角單挑並殺了主角，只是主角冷冷的回了一句：“No, you don"t.”，便丟了一把車鑰匙給Maero
隨著主角的離去，Maero將會發現被他親手殺害女友的屍體...
事情發展至今Brotherhood和3rd street saints已經是不共戴天，而主角得知Maero將會海運一批軍火過來
便出發到Brotherhood的專屬刺青師的演唱會(刺青師本身玩樂團)刑求逼問情報，最後更殘忍的毀了刺青師的 一隻手...
而走投無路的Maero則是闖進Ultor的總部威脅執行長必須幫忙護送軍火，沒想到Ultor的執行長打算把這批軍火搶下來
直到最後主角經過一番血戰得到了Maero的軍火，但是也發現了Ultor在策劃一些事情
而Maero在失去了一切的情況之下，約主角在舉辦吉普越野的賽場見面決鬥，最後被主角槍殺...
二代結尾：
當主角帶領3rd street saints成功的消滅所有黑幫後，Ultor的執行長決定出手了
原來Ultor策劃讓城市中最大的幫派消滅其他黑幫後，在一舉消滅最大的幫派
這樣城市將不會在有黑幫的存在，而Ultor的執行長也認為黑幫絕對贏不過訓練有素的特種部隊
Ultor的執行長並開始下令暗殺3rd street saints的所有幹部，包括主角、Johnny、Pierce和Shaundi
可惜的是Ultor低估了主角的實力，不但暗殺沒有成功，主角和Johnny為了報復Ultor還到處搞破壞，甚至炸了Ultor的一棟大樓
但是Ultor的執行長老謀深算，反而利用主角把反對自己的人通通幹掉 (遊艇和商場那兩關)
只是對於主角而言沒有差別，因為Ultor的人全是敵人，所以最後主角和Johnny還是順利的把Ultor的執行長掛了...也正式宣佈城市從此由3rd street saints統治...
復仇：
當主角來到警局之後，會意外的聽到Dex和Troy的對話錄音帶
主角之前已經知道Troy是臥底警察 (救Johnny出獄後Johnny告訴主角，電視也有在播)
而錄音帶是主角在一代遊艇事件之前的錄音
內容是Dex那時已經知道Troy是臥底的事實，但是Dex並不打算告訴主角和Johnny
因為那時候Julius被綁架，Dex已經打算要離開3rd street saints了，而且Dex竟然說他在Ultor找到了一份工作...
而另一卷錄音帶則是Troy和Julius的對話，Troy勸Julius像Dex一樣放棄黑幫生活，Troy保證Julius不會因為以前的犯罪被起訴，另外Troy也希望Julius能夠說服主角，結果Julius答應了...
到了最後一卷錄音帶，只聽到Troy大吼說我是要你說服，不是用炸彈!
聽到這裡主角大概心理已經知道當年真的是Julius為了求得安穩的引退生活而出賣了主角，而且Troy並不想要主角死，是Julius自己決定的(至於為什麼要炸死市長，個人猜測是Ultor為了要接管城市，決定暗殺市長)
之後在警局內找到了Dex的電話，一撥過去，聽到了好久不見的聲音
Dex說主角你到現在應該也知道Julius當年是陷害你的真兇，並且Dex答應會幫主角找到Julius
等到主角到了約定的地點(一代的舊教堂)，發現一個瘦小的老人，一看之下才發現是Julius本人而不是Dex
而且教堂本身還被Ultor的軍隊團團包圍，看來Dex在Ultor工作是真的了，而且Dex還打算一口氣幹掉主角和Julius
結果主角和Julius突破重圍，順利的來到了安全的地方
Julius認為主角應該已經原諒他了，沒想到一轉身，主角一槍貫穿了Julius的腹部
Julius充滿怨恨的對主角說我以為你經過遊艇事件後可以學到一些事情，並認為主角應該離開黑幫生活，而且要不是Julius，主角早就死在無名的街道上了...
只是主角淡淡的對Julius說你的時代已經過去了，並且開槍完成了他的復仇...