我有靈魂，所以我才質疑靈魂的存在，靈魂的存在是我質疑的原因，我的質疑並不能否定我的靈魂存在的客觀事實。笛卡爾透過思考的行動確定了他自己這個能夠思想的人是不容置疑的存在的。能不能因此推匯出因為我能思考，所以我就有靈魂呢？理性的活動確實是不可見的靈魂的可明確感知的存在證據。人之所以為人，與動物最本質的區別之一就是人有理性的靈魂。

靈魂不是一個空洞的概念，而是存在的實體，和身體的存在一樣真實，但比身體更加恆久真實。靈魂和身體的結合是最奇妙的創造！看不見的靈魂指揮著看得見的身體，微小得需要用顯微鏡才能看得見的各種神經元負責接收靈魂發給身體的各種指令，然後這些複雜的神經系統就負責把靈魂發出的指令藉著血肉之軀表達出來。當人逐漸衰老或者在各種各樣的病患或者身體受到了傷損時，對靈魂的指令就反應遲鈍或者失靈了。但這卻並不影響靈魂本身的活躍性，即使人奄奄一息之際，靈魂也依然充滿活力。當肉體的生命停止，也就是所謂的蛋白質代謝停止時，靈魂就離開了身體，這時候就是人們常見的死亡現象。

當人們連靈魂的存在都質疑時，和身體分開的靈魂會去哪裡就更無所謂了。但如果人確定靈魂的存在，又確定當靈魂和身體分開之後還會繼續存在，那麼靈魂將去到哪裡，就會成為最最關心的問題了。

笛卡爾是在論真理，上帝，意識，思維，靈魂和物體，自我，概念，肉體，存在的關係，最後得出了和羅素悖論一樣的無我無存在結論。

笛卡爾還沒有腦電科學，對生命的神奇引發的一場二元論哲學浪潮，正式開啟了理性哲學和現代哲學的大門。

笛卡爾的觀點是正確的，但是是不全面的，宇宙是運動變化的，有一天，人消失了，宇宙仍然會繼續運轉。但人類的意識也消散了，世界就不存在了。

靈魂不過是資訊的疊加。

肉體是能量，靈魂是資訊。物質意識是相互並存的。

做為著名哲學家、數學家、物理學家和神學家於一身的笛卡爾，他在《沉思錄》裡的‘我思故我在’與莊子的‘莊周夢蝶’雖在概念理解上有所區別，但又有相似之處，同是以夢的這一現象或形式出現，透過對夢的聯想予事物加以解釋。‘莊周夢蝶’莊子解釋為事物的一種物化作用的反映結果，而不是‘莊’與‘蝶’的本身，而笛卡爾的‘我思故我在’雖具有對事物的理性分析，但在事物的邏輯關係上甚至懷疑自身（肉身）的存在，因為‘懷疑’的本身是無法做到‘懷疑’的，這顯然是不符合一般事物自身邏輯關係的，並且他假設沒有肉體的存在，心靈可以做到獨立的存在，而沒有心靈的存在肉體卻做不到，他認為意識與思考不需要物質與空間，這把物質與意識二元化了，否認了人與物質關係上人的自身同一性和與物質的統一性，形成了同一事物的二元互為矛盾與不統一，是種主觀唯心與唯意識論。

人的意識與思維是否與化學的某種作用有關我無法給以準確判斷與證明，但我認為，人的意識與心理情緒作用有關，又與所對應事物的資訊背動地接受和主觀意識能動對事物所做出的反映或主動意識作用、作為有關。

我思故我在’是種主觀意識認識的思維方法，也是人的主觀能動的積極作用意識，所主張的是人應該用一種理性思維看待一切，這比人的感覺、感觀看待事物更加可信和可靠，是種理性的認識和分析方法，我認為這是人的意識靈魂存在的結果，是種具有物質能量意識的真實存在，這種具有能量和抽象的靈魂意識可以在更為廣闊的時空範圍上得以傳播，從而開啟另一個全新的宇宙世界，科學將可以證明靈魂意識的真實存在，從而達到物質世界與靈魂意識存在的相對和統一。

靈魂是自明的，推理、類比恰恰是靈魂的運作演示，靈觀照認識一切，而不為一切所觀照認識。

“大腦”之映像不能離開感知者而獨立存在，“化學反應”是人類共同無始以來積澱的性格傾向及習得思維定式之投影外現。

（笛卡爾用機械反射和小管子裡流淌的“生命力”解釋疼痛。關於意識，他認為是大腦裡的松果體和身體連線）

問題包含著兩問——第一問，笛卡爾的“我思故我在”能不能推理出靈魂的存在？能呀，在自己的哲學體系裡，他就是這麼推理的。但是我想，題主可能問的是另一個意思——能不能現實中，就是拋開笛卡爾的體系，推理出靈魂的存在，如果是在“思維”的意義上理解笛卡爾的“cogito”，當然也能。第二問，思維是不是大腦裡的的化學反應一類的活動，答案可能要複雜許多。 一，笛卡爾是西方近代哲學的開山鼻祖，他既是哲學家，也是數學家和科學家。他面臨的問題，是要發現一些確實和自明的真理，這種真理，每個具有常識和推理能力的人都會承認。他認為，經院哲學不能提供這種知識，在其基礎上探討這樣的問題是徒勞的。所以，一方面要確定知識的標準，另一方面必須思考獲得知識的方法。笛卡爾關於哲學的基礎知識，來自拉夫賴士的教會學校；而他的數學科學素養及愛好，則是全新的時代帶給他的。所以，從一開始，他的哲學，就是試圖使他掌握的經院哲學符合新科學的要求——因而也必定是走到調和唯物機械論與上帝、靈魂和自由的道路上去。 （關於意識，心理學界盛行“笛卡爾劇院”的說法，明顯體現笛卡爾二元論的思想）

二，笛卡爾有兩本最重要的書——《方法論》和《沉思錄》。這兩本書，一開始都是講的被人們稱作“笛卡爾式懷疑”的方法。還原到17世紀上半葉，千萬不要小看了笛卡爾的這個懷疑，這等於是公開把《聖經》的神聖徹底拋到了腦後。笛卡爾從對各種的感覺入手。他說，我能不能懷疑我正穿著晨衣坐在爐火旁邊？能，因為有時候我實際是裸睡在床上——那個時代的歐洲還沒發明也不時興睡衣睡褲。他說，可是我夢見了我坐在爐火旁——看來夢境和精神病人的幻覺是不可靠的。夢，好像畫家，帶給我們一些貌似真實的東西，其實未必真實。即便是算術和幾何，仍可以懷疑，因為在運算中可能出錯，原因可能在我也可能在某個神通廣大的惡魔。 （20世紀80年代，心理學家巴爾斯提出了“全域性工作空間”的理論解釋意識活動，他受到了“笛卡爾劇院”的影響，但大大向前邁進了一步）

三，笛卡爾接著說，不過，總還有我不能懷疑的事情。如果我真的不存在，再狡猾的惡魔也無法欺騙我。我可能不具有肉體，或者我的肉體只是錯覺。然而，思維這件事就不一樣了——“當我要把一切事物都想成是虛假的時候，這個進行思維的‘我’必然非是某種東西不可；我認識到‘我思故我在’這條真理十分牢靠、十分確實，懷疑論者的所有最狂妄的假定都無法把它推翻，於是我斷定我能夠毫不猶疑地承認它是我所探求的哲學中的第一原理。”笛卡爾的“我思故我在（cogito ergo sum）”，也被通稱為笛卡爾的“cogito（我思）”；推匯出這個論點的方法，叫“笛卡爾式懷疑”。其實，笛卡爾的“cogito”概念，來自4世紀聖奧古斯丁，就是寫了《懺悔錄》的那位。在這位被基督教稱為聖人的宗教思想家那裡，“cogito”不是一個很重要的概念，但在笛卡爾這裡，則是他一切哲學的基石。 （腦的活動，存在雙通路，腹側負責感知；背側負責視覺-運動控制）

四，“cogito”，在笛卡爾的哲學裡，可以譯作“靈魂”，也可以譯作“思維”。“笛卡爾式懷疑”，已經推理出了它的存在。按照他自己的說法，cogito可以和肉體無關。就是說，精神或者思維，比物質確實；而（對我來講）我的精神又比他人的精神確實。也就是說，他偏向把物質看成是唯有從我們對於精神的所知、透過推理才可以認識的東西。關於以上兩點，羅素曾說，“歐洲大陸的唯心論與英國的經驗論雙方都存在這兩種傾向；前者以此自鳴得意，後者為這感到遺憾。最近年來，稱作工具主義的那派哲學，一直打算擺脫這種主觀主義，……除工具主義是例外，近代哲學對問題的提法有極多是從笛卡爾接受過來的”——這也足見笛卡爾的影響之大。 （笛卡爾認為，除了人，其他動物都是“無感覺的自動體”。科學證明，他的觀點是不準確的——動物首先有感覺，其次有疼痛感，然後有趨利避害的本能。不過，感覺確實不等同意識）

五，那麼，笛卡爾講的cogito，真的是一種完全可以脫離肉體獨立存在的“靈魂”嗎？好像又不是。他含含糊糊地說，cogito存在於人腦的松果腺（體）裡。後世的不少心理學家，仍然按照笛卡爾的這一說法，對“靈魂”或“意識”或“思維”展開研究。羅素說，笛卡爾哲學“它完成了、或者說極近乎完成了由柏拉圖開端而主要因為宗教上的理由經基督教哲學發展起來的精神、物質二元論”。笛卡爾提出精神界和物質界兩個平行而彼此獨立的世界，研究其中之一能夠不牽涉另一個。那麼，如果肉體感到渴的時候為什麼精神覺得“難過”呢？《沉思錄》中有不少議論——大意是說，肉體和精神好似兩個鍾，當一個鐘指示出“渴”，另一個鐘就指示出“難過”。其實，笛卡爾哲學在關於物質界的全部理論，是嚴格的機械唯物論——活的有機體完全和死物一樣受物理定律支配。羅素說：“笛卡爾身上有著一種動搖不決的兩面性：一面是他從當時代的科學學來的東西，另一面是拉夫賴士學校傳授給他的經院哲學。這種兩面性讓他陷入自相矛盾，但是也使他富於豐碩的思想，非任何完全邏輯的哲學家所能及。自圓其說也許會讓他僅僅成為一派新經院哲學的創始者，然而自相矛盾，倒把他造就成兩個重要而背馳的哲學流派的源泉”——很高的評價。 （鏡子自我認知實驗，用以檢查自我意識。黑猩猩透過鏡子發現了自己頭上的疤痕。但黑猩猩與人的區別在於，沒有“社會洞察力”、沒有心理理論、沒有語言）

六，關於本題的第二問，嚴格來說，到目前為止，科學還無法對“靈魂”、“意識”、“思維”給出一個完全令人信服的回答。但是，邊界是比較清楚的。英國心理學家蘇珊.布萊克莫爾說：現在，關於意識，有三類解釋：第一類是宗教，“基督教和穆斯林相信永恆、非物質的靈魂，而印度教教徒則相信阿特曼（可以譯成靈魂）或心中神聖的自我。在宗教中，僅有佛教否認存在連續的內在自我或靈魂”。第二類是“二元論”，她舉了笛卡爾的例子，說現在的很多人仍然持此種觀點。第三類是“唯物主義”，她說，“目前這在當今的科學家中是最受歡迎的。唯物論者認為物質是最根本的”，他們必須面對的是，“完全由物質構成的大腦如何產生出意識體驗或不可言喻的感質”。所以，科學家們首先需要“界定意識”，比較一致的意見，是贊同人的意識與所有動物抑或生物的“意識”是有質的區別的。第二個重要問題，是不僅僅在哲學層面上，而是在自然科學的機理上揭示人的意識的活動本質及過程。這一方面，有許許多多的實驗和成果，至少證明了意識是是生物的活動，也是物理（電）化學（肽）的活動，研究已經進入分子尺度，但還遠未到揭示全貌的地步。

首先“我思故我在”並不能推得出靈魂的存在。

原因很簡單的，迪卡爾的這句話只是想說人類的意義是因為能夠思考，或者說人類存在的意義就是因為能夠思考，因為人類如果不能夠思考，那就跟動物沒有什麼區別了。所以從我思故我在，在推測出靈魂的存在是不合適的，因為沒有直接的強邏輯關係。如果要推測出靈魂的存在，那麼必須要證明身體是身體，靈魂是靈魂，他們兩個不相同。比如證靈魂可以單獨存貨，不需要身體提供能量，但事實是脫離了身體，大腦會腦死亡！

因為思維和意識，這個事情是非常複雜，並不是一個簡單的化學反應就可以得出的。比如說我們能走能跳，那是因為大腦內有控制運動的神經。也就是說，是有無數的神經網路系統構成了我們能夠思考，事實上，大腦內部是不可能僅靠單純的化學作用就可以思考的！思維主要還是靠大腦內部得神經網路！