葡萄牙國旗顯示三種重要的象徵：國旗色彩、渾儀和盾。 國旗背景由綠色和紅色組成，其真正的含義比起通行的釋義更為模糊和神秘。通行的釋義出現於一黨獨大的新國家（Estado Novo）時期（1933年至1974年），聲稱綠色代表希望，紅色代表革命之血。有人認為這無非是一種宣傳策略，給其選擇提供一個體面的理由而已。

事實上這兩種顏色在1910年前都從未使用在國旗上。儘管如此，它們仍出現在幾種重要的歷史旗幟中：若昂一世的旗幟內在紅邊上有綠色的阿維什十字；地理大發現期間基督會的紅十字常出現在海軍的白底三角旗上；1640年葡萄牙從西班牙治下恢復獨立時，革命軍普遍使用綠色背景的旗幟；[10]然而沒有什麼可靠的證據表明以上就是國旗顏色的由來。另一種解釋是現在的國旗起源於1891年的革命期間懸掛在波爾圖大會堂的旗幟，紅底上有一個綠色圓盤和題詞『Centro Democrático Federal ？15 de Novembro？』（聯合民主中心，《十一月十五日》），代表一個受共濟會啟發的共和團體。[11]在隨後的20年中，紅色和綠色出現在了所有共和黨相關的東西上。[4]紅色，來自於1891年的旗幟，代表了共和黨領導的革命、民主運動和民眾運動；綠色，來自於奧古斯特·孔德指定的、實證主義者的旗幟，作為一個政治理想納入了共和國的政治基石。 渾儀在當時是在天文學和導航上相當重要的儀器；在地理大發現（或稱大航海時代）時期，葡萄牙船員常使用它來探索未知海域。渾儀在國家最重要的時期—葡萄牙航海時代—成為一種符號象徵，這也就是為何曼努埃爾一世要把渾儀使用在他的個人旗幟上。

它同時被航行於首府和巴西之間的船隻使用為旗幟，成為巴西象徵殖民地和fulcral的國旗。

加入渾儀的意義是其共用主要的風格：曼奴埃爾式的建築作品，例如熱羅尼莫斯修道院和貝倫塔。 葡萄牙盾牌目前的設計。從1640年開始沿用，但在1707和1830年的盾牌格式稍有變異。

《奧裡克的奇蹟》 多明哥斯·賽楷拉，作於1763年。在渾儀上面，安置著一個葡萄牙式盾牌。這種盾牌從桑喬一世開始就在歷史上每一種葡萄牙國旗上使用，是葡萄牙最主要且最古老的符號。

國旗上的葡萄牙盾最先開始是以桑喬一世的旗幟為基礎。在國旗的演變中，盾也有所變化。

在白色內盾內有五個Quinas（藍色的小盾牌），飾有五個白色圓形「bezants」（比佔），排成X形十字，這種盾牌可以從一個故事：「奧裡克的奇蹟」說起。

這故事環繞著奧裡克戰爭（1139年7月25日），一個老隱士認為阿方索·恩裡克斯（未來的阿方索一世）是神的信使。它預言阿方索的勝利，並向他保證上帝正眷顧著他和同伴。使者建議阿方索翌日晚上聽到附近的小教堂鳴鐘時離開營地。在這麼做時，他看到了耶穌在十字架上的Phantom，便大喜；阿方索聽到耶穌許諾這場和未來戰爭的勝利，神的意願透過阿方索和他的子孫建立一個獨立國家而聲名遠播，並選擇葡萄牙去履行任務。

眾人在這精神的經驗裡士氣大振，阿方索他們打敗了無數敵人。有傳阿方索打敗了塞維利亞、巴達喬茲、埃法斯、艾芙拉和貝雅泰法斯的五位摩爾人君主並消滅敵軍。因為為了感激，他合併五個盾（Quinas）排列成一個十字，表現神蹟讓他戰勝敵人的五君主。並以聖痕的形式排列銀色比佔。總和所有比佔有三十個，象徵加略人猶大的三十銀幣。

但是有證據指出，阿方索一世時期每個Quina上的比佔大於五。[15]實際上只有15世紀法南·洛佩斯有記錄，[17]幫助支援這種解釋。「奧裡克的奇蹟」作為一個純粹的神話，有準確性的問題和過分的愛國之情。 亨利伯爵 (1095).阿方索一世 (1143).桑喬一世 (1185).最初的紋章符號為葡萄牙伯爵勃艮第的亨利在與摩爾人戰爭期間所使用的白底藍十字。[20]這種設計沒有可靠來源，因為它是由重建而成，並因新國家政權（Estado Novo regime）被廣泛地接受。[7]這種旗和拉科魯尼亞的舊艦隊旗有相似之處，加利西亞自治區之旗來自於聖安德烈十字，現在以此為基礎的區旗仍在沿用。

亨利之子阿方索·恩裡克斯繼承郡地並做出同樣式的盾牌。1139年在奧裡克戰爭戰勝穆拉位元的摩爾人軍隊，並自封「葡萄牙國王阿方索一世」。在1143年，卡斯蒂利亞承認葡萄牙獨立。阿方索改變他的盾牌以反映葡萄牙新的地位。訊息來源指出阿方索一世更換的紋章是白底藍十字加上五組十一個排成盾形的比佔（很可能是大頭銀釘），五組比佔一樣排成十字形，象徵阿方索可以發行代表葡萄牙的貨幣。

在阿方索一世統治時期，修復在戰爭中損傷的盾牌並非易事，所以對盾牌做的改變如漏失細節、變色或染色很常見。當桑喬一世在1185年接替王位時，被繼承一面非常舊的盾牌－藍染皮革製成的十字已經遺失，但是比佔仍完好無缺。這自然變成下一個國徽的基礎，把原來的十字轉換成照比佔排列的輪廓外型，也就是Quina盾。桑喬的個人盾牌（稱為「Portugal ancien」為白底和排列成十字形的五個quinas，每個quina盾有十一個比佔。縱向的盾為直線排列，左右兩個盾則為底朝中央。桑喬的兒子阿方索二世和孫子桑喬二世皆使用這種徽章，因為直系血親通常有家徽設計，是直接繼承的。當桑喬二世的弟弟阿方索三世在1248年成為國王后，徽章也更換成新的形式。 阿方索三世 (1248).

若昂一世 (1385).

若昂二世 (1485).阿方索三世不是長子（也就是桑喬二世的旁系血親），因此根據紋章學的作法，他不能完全繼承父親的紋章，必須加入個人變化。在成為國王之前，阿方索三世和布洛涅的瑪蒂爾達二世（Matilda II of Boulogne），但是因為阿方索三世登上葡萄牙王位，且瑪蒂爾達無力生育繼承人，他們在1253年離婚。阿方索三世接著娶卡斯蒂利亞的阿方索十世之私生女卡斯蒂利亞的布里特絲（Beatrice of Castile）為王后。阿方索三世的徽章設計很可能有關於他的家庭同卡斯蒂利亞有著密切聯絡（阿方索三世的母親也是卡斯蒂利亞人），新的紋章除了原來的皇室徽，多加了上面有若干黃色城堡的紅色花邊。

阿維什十字內部包含桑喬一世的紋章，雖然比佔數目可能是7、11或16，16為阿方索三世為布洛涅伯爵期間的個人旗幟使用的比佔數目。[20]這種設計用到1383年勃艮第王朝結束，繼承權危機使國家和卡斯蒂利亞戰爭並陷入無秩序狀態。

1385年，隨著阿勒祖巴洛特戰役，創立第二王朝；阿維什騎士團首領若昂繼承王位，成為若昂一世。若昂一世加入十字末端飾有百合花型紋章，代表騎士團的阿維什十字在紅邊上，因此城堡數目減少至十二個（三個各以L字型據一角），而每個藍色Quina盾上的比佔減少至七個。這面旗幟使用百年，直到1485年若昂一世的曾孫若昂二世改變了它的風格，其中重要的變化—移除阿維什十字，重新設計Quina讓它看起來平滑且寬，並確定把比佔的數目減到每個quina盾上五個，並排成聖安德魯十字形，花邊上城堡的數量則減至七個，並沿用到現在。[23]若昂二世的國旗是最後使用紋章旗幟作為「國旗」者。在1495年他去世後，繼承人徹底地改變了國旗的樣式。 曼努埃爾一世 (1495).

塞巴斯蒂昂 (1577).

費利佩二世 (1616).

若昂四世 (1640).

曼努埃爾一世在1495年繼承王位。曼努埃爾一世首次把傳統的正方形紋章旗幟換成寬高比2：3的矩形旗幟，紋章則放在中央。具體地說，旗幟是白色矩形底，中央的紋章輪廓改成尖頂拱盾形，紅色花邊的城堡增至十一個，盾形紋章的頂上則置著開放式的CROWN。[20]這面旗幟專門使用為代表王國的旗幟；因為曼努埃爾一世有自己個人的旗幟，其中的設計包括渾儀。

1577年，塞巴斯蒂昂統治期間，在致命戰役三國王戰爭（Battle of Alcácer Quibir）前夕，旗再次被修改：將城堡減回七個，並把CROWN改成封閉式的三拱冠，象徵一個強大皇權。隨著塞巴斯蒂昂「失蹤」，他的大伯父恩裡克主教替代他進行短暫的統治。1580年，西班牙國王費利佩二世（或稱腓力二世）強行合併葡萄牙，成為葡萄牙國王菲利佩一世。而在腓力二世屬下個人聯盟的情況下，葡萄牙仍是獨立的國家，不是西班牙屬下的行政區。所以基於這一類行政的情形，葡萄牙使用以塞巴斯蒂昂的旗幟為基礎的國旗，西班牙則使用自己原來的旗幟。哈布斯堡王朝作為葡萄牙的執政內閣，他們的旗幟也加入葡萄牙的紋章。

1640年，國家重獲獨立，一場政變使布拉幹薩公爵若昂即位為若昂四世，他把旗幟上的尖頂拱盾稍作改變為圓弧形，也就是「葡萄牙式盾」。這項改變使皇室徽和王國徽分成獨立的旗幟。 佩德羅二世 (1667).

若昂五世 (1707).

若昂六世 (1816).

1667年，當葡萄牙國旗的弟弟佩德羅二世取代王位，佩德羅二世改變了國旗上的CROWN以適應當前的趨勢，他把CROWN改成五拱冠。新國旗使用時間並不久，佩德羅二世的兒子若昂五世在1707年即位後隨即翻新旗幟。深受強調「豪華顯眼」庭院風格的法國國王路易十四和當時法國在歐洲的政治和文化影響，若昂五世把紋章換成這樣的風格—在CROWN內加上紅色貝雷帽，而原本的圓弧形盾牌也以方形、底部有小尖頂的Samnitic（法國式）盾牌取代。這種旗幟在「君即國」的專制時期被使用，這段時期的君主包括若昂五世（1707年至1750年）、若塞一世（1750年至1777年）和瑪莉亞一世（1777年至1816年）。

當瑪莉亞一世去世，王室正在巴西，因為1807年拿破崙帶領的法軍入侵葡萄牙，布拉幹薩王室不得不遷都里約熱內盧。1815年，巴西的殖民地被提升為巴西帝國，而葡萄牙和巴西的聯合即稱「葡萄牙、巴西和阿爾加維聯合王國」（Reino Unido de Portugal， Brasil e Algarves）。瑪利亞一世的兒子若昂六世改變國旗以反映並代表新的聯合王國—盾改回葡萄牙式的圓弧形盾，並在盾的下層放置藍色填充的黃色渾儀（當時的巴西國徽），CROWN樣式則相同—內建紅色貝雷帽的五拱冠。除了CROWN和白色背景，這種國旗和現在的國旗較相似。 瑪莉亞二世 (1830)

1826年，若昂六世在里斯本去世。他的長子佩德羅曾經宣佈巴西獨立，1822年即位為巴西皇帝佩德羅一世；而若昂六世去世，身為長子的佩德羅理所當然即位為葡萄牙和阿爾加維國王佩德羅四世。由於巴西新憲法不允許巴西和葡萄牙的君主為同一人，於是佩德羅把葡萄牙的王位讓給自己7歲的長女瑪莉亞·達·格洛里亞，即瑪莉亞二世。而佩德羅之弟米格爾成為攝政，並且要娶瑪利亞·達·格洛里亞為妻。但是1828年，米格爾廢黜瑪莉亞二世自封國王，並取消1822年的自由憲法，成為專制統治君主。此事引發了自由戰爭。

自由派組成獨立的政府，流亡在亞速群島的特塞拉島上。正是這一政府頒佈了兩項法令制定修正的國旗。米格爾一世則繼續使用若昂六世的旗幟。自由主義者在旗幟上面作重大的變化：新旗幟背景分為藍色和白色，徽章放在色彩交界處；徽章的改變則是取下渾儀與恢復使用若昂五世時期的「法國式」盾牌。這面旗幟專門作為陸上使用並代表國家的國旗；海上使用的旗則是藍色佔三分之一，其餘為白色，而徽章仍在交界處；因此徽章會偏向旗杆方。

1834年，隨著米格爾戰敗流亡，瑪莉亞二世得以復位，並將新設計的藍白旗幟懸掛在里斯本作為新的國旗。這面旗幟陪伴葡萄牙度過最後八十年的君主制時期，直到1910年被目前的綠紅旗幟取代。