不同於中原王朝的嫡長子繼承製，蒙古人奉行幼子守灶，這種不成文的悠久傳統，在實際生活中儘管有著強大的慣性，但是往往執行得不徹底。蒙古人也沒有透過法律，將此制度明確固定下來，因此，它經常受到各種挑戰。
成吉思汗本人就沒有遵行它，他最終選擇了三子窩闊臺為繼承人，而不是幼子拖雷。由於成吉思汗的巨大權威，他的決定無人挑戰和質疑。但是，他直到最終，也沒有為後代建立起一套合理的繼承人制度。
成吉思汗晚年為諸子之間的矛盾所困擾，除了教導他們團結友愛，只好要求大家與其窩裡爭鬥，不如對外擴張。
擴張只能暫時淡化矛盾，並不能從根本上解決問題，何況擴張終有一天會停下來。窩闊臺和拖雷之爭，其實質就是大汗生前指定繼承人和幼子守灶傳統之間的較量。
拖雷死後，成吉思汗留下的繼承人制度缺陷並沒有消失，反而進一步激化了諸子的矛盾。窩闊臺也想效法成吉思汗，指定繼承人，遺憾的是他沒有成功，他指定的繼承人失列門，在他死後並沒有登上汗位，在乃馬真後的干預下，貴由以長子身份登上了大寶。
貴由死後，拖雷的長子蒙哥奪得大汗寶座，這次爭奪是窩闊臺和拖雷之爭的延伸，最終蒙哥脫穎而出，意味著幼子守灶傳統取得了勝利。
毫無疑問，蒙古人遵行的繼承製度並非是單一的，而是一種混合制度。除了大汗指定和幼子守灶之爭外，庫裡臺大會也是權力繼承中獨特的組成部分。
截至成吉思汗統一蒙古之時，蒙古人尚未完全走出傳統氏族部落的影響，它與金、宋、西夏等相比，政治、經濟、文化生態還很落後，一下子很難擺脫部落時代的傳統，庫裡臺大會這種部族議事會議就是典型代表。
新的大汗繼承，不論是先汗指定，還是幼子守灶，都必須透過庫裡臺大會確認才算合法。由於各種勢力的明爭暗鬥，在庫裡臺大會達成一致的繼承人選比較困難，因此蒙古帝國史上常出現一種奇特現象：大汗去世後，新汗即位前，往往有數年的空檔期。
君位久空，必會激發一些人的野心，圍繞汗位的爭奪會更加激烈。
每次權力交接的爭奪，勢必會加深蒙古帝國內部的裂痕，使其最終走向不可逆轉的分裂，直到龐大的蒙古帝國不復存在。
徹底導致蒙古分裂，是忽必烈和阿里不哥的汗位之爭。
1260年3月，忽必烈在開平（今內蒙古自治區錫林郭勒盟正藍旗境內）即汗位，建元中統。次月，忽必烈幼弟阿里不哥，在蒙古帝國都城哈拉和林即汗位。忽必烈自受命經營漢地以來，身邊圍繞著劉秉忠等一批漢臣，他開始有意識地學習和接受漢文化，引來蒙古傳統勢力的不滿，他們認為忽必烈背叛了成吉思汗以來的蒙古傳統。
圍繞汗位之爭，蒙古四大汗國出現了兩大陣營，伊利汗國旭烈兀站在忽必烈這一邊，欽察、察合臺、窩闊臺三大汗國支援阿里不哥。
最終忽必烈勝出，阿里不哥被擊潰。1264年8月21日，阿里不哥宣佈投降。忽必烈雖然取得了勝利，但汗位爭議一直困擾著他。察合臺汗國的海都汗以忽必烈得位不正為由發動叛亂，叛亂時斷時續，前後共歷經數十年才平息下去。
1271年，忽必烈正式改國號為大元，第二年，將統治中心南遷，遷都大都。
元朝時期，奉行兩京制，皇帝每年都要到草原上的上京住一段時間，但總體上說，自忽必烈起，元朝歷代皇帝都滿足於做漢式中原皇帝，將主要精力放在了經營中國本土上。
元朝皇帝名義上依然還是蒙古帝國的大汗，但已無力干預其他汗國的內部政治。西北諸王的叛亂直到元成宗時才平定，而蒙古四大汗國之間也是矛盾重重，相互攻伐不止。
四大汗國都承認自己是成吉思汗的後裔，是蒙古帝國的一部分，但這些都無法阻止它們之間的戰爭。
四大汗國中，旭烈兀創立的伊爾汗國在忽必烈和阿里不哥汗位之爭中，堅定支援忽必烈。忽必烈宣佈將本屬於大汗直轄的阿姆河以西的地區劃分給他，同時下令，調回旭烈兀帶去西征的數萬西征軍，用來對付內部的挑戰。
四大汗國中，窩闊臺汗國最先滅亡，其領土被察合臺汗國和大元帝國瓜分。而伊利汗國和欽察汗國之間，也由於領土之爭多次大打出手，矛盾重重。
蒙古帝國可謂其興也勃，其衰也忽。成吉思汗帶領子孫們建立了空前遼闊的帝國，主要依靠蒙古人強悍的戰鬥力。但蒙古人以不過百萬左右的人口統治如此廣袤的國土，顯得力不從心。
蒙古人猶如一陣狂風，席捲諸國，所向無敵，可一旦離開馬背，他們就如一葉孤舟，立刻被當地居民包圍，猶如身陷汪洋大海之中。無論東方還是西方，農耕地區在政治文明、經濟、文化等各方面都顯然比蒙古人先進。
蒙古人除了向他們學習，實現本土化外，別無他法。在中國本土，儒家思想成為國家政治思想主流已達千年，至宋元之時，程朱理學的創立，使儒學的地位更加無法動搖，儒、釋、道三家並重格局已成為大多數知識分子的自覺意識，蒙古人是無力改變的。
在西方，蒙古人同樣面臨困境。伊利汗國最終被突厥化，接受了伊斯蘭教，欽察汗國接受了東正教，至於察合臺汗國，由於內部在保持蒙古傳統和接受伊斯蘭化之間發生爭論，最終導致了汗國的分裂。
忽必烈為保持蒙古帝國的統一做了努力，就在阿里不哥之亂被平息後，他派人通知四大汗國，想透過在蒙古本土舉行庫裡臺大會，爭取使自己汗位得到承認。
庫裡臺大會的時間定在1267年（元世祖至元四年），欽察汗國別兒哥汗、察合臺汗國阿魯忽汗、伊利汗國旭烈兀汗都表態將出席，不過，卻遭到了窩闊臺汗國海都汗的抵制。
誰也沒想到，旭烈兀汗、別兒哥汗、阿魯忽汗於1266年前後去世（旭烈兀汗死於1265年），導致庫裡臺大會無法如期舉行。1269年，欽察汗國、察合臺汗國、窩闊臺汗國召開塔剌思庫裡臺大會，結成同盟，發動對元朝的戰爭，戰爭直到1303年才結束，統一的蒙古帝國不復存在。
感到無力維護蒙古帝國的統一後，忽必烈開始全力經營中國本土。當時南宋王朝還殘喘於江南一隅，1276年2月，蒙古軍攻陷南宋首都臨安（今浙江杭州），宋恭帝和謝太后被俘。1279年4月，宋朝最後的殘餘力量在廣東崖山海戰中被摧毀，大臣陸秀夫揹著年幼的帝昺蹈海自殺，宋亡。
在這以前，蒙古人已經消滅了割據於雲南一帶的大理國。至此，所有中國境內政權，包括南宋、金、西夏、大理、西遼、吐蕃等全部被消滅，中國自唐末以來長達數百年的地方割據被終結，一個新的大一統王朝誕生，這也是中國境內第一次出現全國性的少數民族主導的王朝。
蒙古帝國各大汗國陷入內部鬥爭，無暇再對外擴張，但一統華夏的忽必烈無意停下對外擴張的腳步。
然而，忽必烈在東亞和東南亞發動的一系列戰爭，結果大多並不理想。除征服了北韓半島的王氏高麗，使之淪為大元的駙馬國外，對日本發起的三次戰爭，受海上颶風等自然因素的制約，均以慘敗收場。1281年，數萬遠征軍失敗，除了蒙古人裹挾而來的南宋漢人和高麗人被赦免外，大多數蒙古士兵被處死，令忽必烈蒙羞，但他直到去世，也無力再發起新的遠征日本戰爭。
在東南亞，忽必烈先後發動了對安南（今越南北部）、蒲甘王朝（今緬甸）、佔婆（今越南南部）、爪哇（今屬印度尼西亞）的一系列戰爭，大多以失敗而告終。
蒙古帝國興起於草原，蒙古人一旦到了靠近熱帶的雨林地區，炎熱潮溼的氣候就弱化了蒙古人的弓馬優勢，使之淪為強弩之末。因此，帝國的擴張已達到極致。
忽必烈是個高壽的帝王，足足活了八十歲，超過他以前的任何一位蒙古大汗，也使得他的子孫們難以企及。他是大元帝國的開國皇帝，也是蒙古帝國的末代大汗。忽必烈是成吉思汗之後最偉大的一位可汗，足以與乃祖齊名。
忽必烈死後，其孫鐵穆耳繼位（忽必烈立的太子真金早逝，鐵穆耳即為元成宗，蒙古尊號完澤篤可汗），他一度擊敗西北諸王，迫使四大汗國再度承認大元帝國的宗主國地位，維護了元朝皇帝為成吉思汗合法繼承人的地位以及整個蒙古帝國大汗的名分。
然而，元成宗死後，元朝就陷入後宮干政、權臣專權的惡性迴圈，政變不斷。元帝國再也無力駕馭整個蒙古帝國，直到1368年被朱元璋逐出中原。
蒙古人勢力退出中原後，儘管遭受了朱元璋、朱棣父子北伐的沉重打擊，但並沒有徹底消亡。蒙古與明始終南北對峙，對明朝構成了很大威脅。在明英宗正統年間，蒙古瓦剌部還俘虜了明英宗，一度攻入長城，圍困北京。
然而，蒙古內部不斷分裂，紛爭不斷，成吉思汗的後裔差點被殺光。當年的風光不再，一切似乎恢復到了成吉思汗以前部落林立、攻伐不休的年代。
明朝末年，努爾哈赤率領的女真人在遼東崛起，為避免兩線作戰，集中精力對付南方大明帝國，努爾哈赤初期採取與蒙古聯姻的方式，儘量避免與蒙古產生衝突。
1618年，努爾哈赤取得了對明關鍵性的勝利——薩爾滸大捷。此後數年間，逐漸攻陷遼東諸城。1625年定都盛京（今遼寧瀋陽），基本佔領了遼東全境，然後開始盯上蒙古諸部。
其時，在蒙古草原出現了一位傳奇人物，他是最後一位被公認的蒙古大汗林丹汗。林丹汗雄心壯志，一心想恢復成吉思汗昔時的榮光。
為了削弱林丹汗，努爾哈赤不斷採取離間分化蒙古諸部的策略，爭取了不少蒙古部族的歸附。努爾哈赤死後，其子皇太極即位，繼續採取軟硬兼施的手段，在拉攏同時，數次發動對蒙古的戰爭，征服了不少部族，在蒙古地區的影響力越來越大。
1632年春，皇太極召集歸順的蒙古諸部，共集結了十萬大軍，宣佈遠征察哈爾的林丹汗。林丹汗得知訊息後，為避其鋒芒，想前往漠北喀爾喀，卻遭到喀爾喀三部的阻絕。他只好帶領人馬西行，渡過黃河，在鄂爾多斯成吉思汗陵前宣誓，自稱為全蒙古的林丹巴圖魯汗，隨後攜帶八白室至甘肅大草灘，以待時機，東山再起。兩年後，林丹汗病死在那裡。
林丹汗死後，其寡妻囊囊福晉帶領幼子額哲及部族回到鄂爾多斯。1635年，皇太極得知林丹汗已死，立刻派人去鄂爾多斯草原尋找他們，迎娶了囊囊福晉，並將自己的女兒嫁給額哲，並封他為親王。
1636年3月，漠南二十六部諸汗、王公、臺吉齊聚盛京，上皇太極尊號“博格達車臣汗”（皇太極又被稱作阿巴亥汗，因在位時年號為天聰，故亦稱作天聰汗），至此，黃金家族蒙古大汗的傳承斷絕。
清太宗皇太極又名黑還勃烈，蒙古語中“黑還”意為黃，“勃烈”意為蒼狼，蒙古有祖先來自於蒼狼白鹿的傳說，而最終的大汗稱號歸於皇太極，或許是冥冥中的巧合吧。
隨後數十年間，清朝逐漸征服漠南蒙古諸部、漠北喀爾喀蒙古，平定漠西衛拉特蒙古和青海和碩特蒙古，將蒙古所有諸部置於清朝的統治之下。
清康熙初，原明降將吳三桂等發動三藩之亂，清廷主要精銳之師皆南下平亂，京城空虛，林丹汗孫子布林尼和羅布藏（其父乃額哲之弟察哈爾親王阿布奈）覺得此時為最佳時機，遂舉兵反清，察哈爾左翼四旗也在宣府（河北宣化）發動兵變，鑿穿邊牆，投奔布林尼和羅布藏。
阿布奈因拒絕朝覲，此時被清廷關押在盛京。布林尼和羅布藏搶奪了張家口的皇家馬場的馬匹，想攻打盛京，解救阿布奈。
訊息傳來，京城內一片譁然，形勢驟然緊張。當時，京城已無兵可派，幸好康熙帝沉穩應對，他號令將京城所有滿蒙王府的家奴召集起來，臨時拼湊了一支隊伍，前去討伐布林尼和羅布藏亂軍，結果叛軍一戰即潰，布林尼和羅布藏兄弟二人也在戰鬥中被亂箭射死。
如果成吉思汗在天有靈，看到不肖子孫不武如斯，不知作何感想。亂軍平定後，康熙帝下令將囚禁在盛京的阿布奈絞殺。
至此，曾經縱橫歐亞五百年的成吉思汗、忽必烈黃金家族一脈絕嗣，徹底退出了歷史舞臺。
不同於中原王朝的嫡長子繼承製，蒙古人奉行幼子守灶，這種不成文的悠久傳統，在實際生活中儘管有著強大的慣性，但是往往執行得不徹底。蒙古人也沒有透過法律，將此制度明確固定下來，因此，它經常受到各種挑戰。
成吉思汗本人就沒有遵行它，他最終選擇了三子窩闊臺為繼承人，而不是幼子拖雷。由於成吉思汗的巨大權威，他的決定無人挑戰和質疑。但是，他直到最終，也沒有為後代建立起一套合理的繼承人制度。
成吉思汗晚年為諸子之間的矛盾所困擾，除了教導他們團結友愛，只好要求大家與其窩裡爭鬥，不如對外擴張。
擴張只能暫時淡化矛盾，並不能從根本上解決問題，何況擴張終有一天會停下來。窩闊臺和拖雷之爭，其實質就是大汗生前指定繼承人和幼子守灶傳統之間的較量。
拖雷死後，成吉思汗留下的繼承人制度缺陷並沒有消失，反而進一步激化了諸子的矛盾。窩闊臺也想效法成吉思汗，指定繼承人，遺憾的是他沒有成功，他指定的繼承人失列門，在他死後並沒有登上汗位，在乃馬真後的干預下，貴由以長子身份登上了大寶。
貴由死後，拖雷的長子蒙哥奪得大汗寶座，這次爭奪是窩闊臺和拖雷之爭的延伸，最終蒙哥脫穎而出，意味著幼子守灶傳統取得了勝利。
毫無疑問，蒙古人遵行的繼承製度並非是單一的，而是一種混合制度。除了大汗指定和幼子守灶之爭外，庫裡臺大會也是權力繼承中獨特的組成部分。
截至成吉思汗統一蒙古之時，蒙古人尚未完全走出傳統氏族部落的影響，它與金、宋、西夏等相比，政治、經濟、文化生態還很落後，一下子很難擺脫部落時代的傳統，庫裡臺大會這種部族議事會議就是典型代表。
新的大汗繼承，不論是先汗指定，還是幼子守灶，都必須透過庫裡臺大會確認才算合法。由於各種勢力的明爭暗鬥，在庫裡臺大會達成一致的繼承人選比較困難，因此蒙古帝國史上常出現一種奇特現象：大汗去世後，新汗即位前，往往有數年的空檔期。
君位久空，必會激發一些人的野心，圍繞汗位的爭奪會更加激烈。
每次權力交接的爭奪，勢必會加深蒙古帝國內部的裂痕，使其最終走向不可逆轉的分裂，直到龐大的蒙古帝國不復存在。
徹底導致蒙古分裂，是忽必烈和阿里不哥的汗位之爭。
1260年3月，忽必烈在開平（今內蒙古自治區錫林郭勒盟正藍旗境內）即汗位，建元中統。次月，忽必烈幼弟阿里不哥，在蒙古帝國都城哈拉和林即汗位。忽必烈自受命經營漢地以來，身邊圍繞著劉秉忠等一批漢臣，他開始有意識地學習和接受漢文化，引來蒙古傳統勢力的不滿，他們認為忽必烈背叛了成吉思汗以來的蒙古傳統。
圍繞汗位之爭，蒙古四大汗國出現了兩大陣營，伊利汗國旭烈兀站在忽必烈這一邊，欽察、察合臺、窩闊臺三大汗國支援阿里不哥。
最終忽必烈勝出，阿里不哥被擊潰。1264年8月21日，阿里不哥宣佈投降。忽必烈雖然取得了勝利，但汗位爭議一直困擾著他。察合臺汗國的海都汗以忽必烈得位不正為由發動叛亂，叛亂時斷時續，前後共歷經數十年才平息下去。
1271年，忽必烈正式改國號為大元，第二年，將統治中心南遷，遷都大都。
元朝時期，奉行兩京制，皇帝每年都要到草原上的上京住一段時間，但總體上說，自忽必烈起，元朝歷代皇帝都滿足於做漢式中原皇帝，將主要精力放在了經營中國本土上。
元朝皇帝名義上依然還是蒙古帝國的大汗，但已無力干預其他汗國的內部政治。西北諸王的叛亂直到元成宗時才平定，而蒙古四大汗國之間也是矛盾重重，相互攻伐不止。
四大汗國都承認自己是成吉思汗的後裔，是蒙古帝國的一部分，但這些都無法阻止它們之間的戰爭。
四大汗國中，旭烈兀創立的伊爾汗國在忽必烈和阿里不哥汗位之爭中，堅定支援忽必烈。忽必烈宣佈將本屬於大汗直轄的阿姆河以西的地區劃分給他，同時下令，調回旭烈兀帶去西征的數萬西征軍，用來對付內部的挑戰。
四大汗國中，窩闊臺汗國最先滅亡，其領土被察合臺汗國和大元帝國瓜分。而伊利汗國和欽察汗國之間，也由於領土之爭多次大打出手，矛盾重重。
蒙古帝國可謂其興也勃，其衰也忽。成吉思汗帶領子孫們建立了空前遼闊的帝國，主要依靠蒙古人強悍的戰鬥力。但蒙古人以不過百萬左右的人口統治如此廣袤的國土，顯得力不從心。
蒙古人猶如一陣狂風，席捲諸國，所向無敵，可一旦離開馬背，他們就如一葉孤舟，立刻被當地居民包圍，猶如身陷汪洋大海之中。無論東方還是西方，農耕地區在政治文明、經濟、文化等各方面都顯然比蒙古人先進。
蒙古人除了向他們學習，實現本土化外，別無他法。在中國本土，儒家思想成為國家政治思想主流已達千年，至宋元之時，程朱理學的創立，使儒學的地位更加無法動搖，儒、釋、道三家並重格局已成為大多數知識分子的自覺意識，蒙古人是無力改變的。
在西方，蒙古人同樣面臨困境。伊利汗國最終被突厥化，接受了伊斯蘭教，欽察汗國接受了東正教，至於察合臺汗國，由於內部在保持蒙古傳統和接受伊斯蘭化之間發生爭論，最終導致了汗國的分裂。
忽必烈為保持蒙古帝國的統一做了努力，就在阿里不哥之亂被平息後，他派人通知四大汗國，想透過在蒙古本土舉行庫裡臺大會，爭取使自己汗位得到承認。
庫裡臺大會的時間定在1267年（元世祖至元四年），欽察汗國別兒哥汗、察合臺汗國阿魯忽汗、伊利汗國旭烈兀汗都表態將出席，不過，卻遭到了窩闊臺汗國海都汗的抵制。
誰也沒想到，旭烈兀汗、別兒哥汗、阿魯忽汗於1266年前後去世（旭烈兀汗死於1265年），導致庫裡臺大會無法如期舉行。1269年，欽察汗國、察合臺汗國、窩闊臺汗國召開塔剌思庫裡臺大會，結成同盟，發動對元朝的戰爭，戰爭直到1303年才結束，統一的蒙古帝國不復存在。
感到無力維護蒙古帝國的統一後，忽必烈開始全力經營中國本土。當時南宋王朝還殘喘於江南一隅，1276年2月，蒙古軍攻陷南宋首都臨安（今浙江杭州），宋恭帝和謝太后被俘。1279年4月，宋朝最後的殘餘力量在廣東崖山海戰中被摧毀，大臣陸秀夫揹著年幼的帝昺蹈海自殺，宋亡。
在這以前，蒙古人已經消滅了割據於雲南一帶的大理國。至此，所有中國境內政權，包括南宋、金、西夏、大理、西遼、吐蕃等全部被消滅，中國自唐末以來長達數百年的地方割據被終結，一個新的大一統王朝誕生，這也是中國境內第一次出現全國性的少數民族主導的王朝。
蒙古帝國各大汗國陷入內部鬥爭，無暇再對外擴張，但一統華夏的忽必烈無意停下對外擴張的腳步。
然而，忽必烈在東亞和東南亞發動的一系列戰爭，結果大多並不理想。除征服了北韓半島的王氏高麗，使之淪為大元的駙馬國外，對日本發起的三次戰爭，受海上颶風等自然因素的制約，均以慘敗收場。1281年，數萬遠征軍失敗，除了蒙古人裹挾而來的南宋漢人和高麗人被赦免外，大多數蒙古士兵被處死，令忽必烈蒙羞，但他直到去世，也無力再發起新的遠征日本戰爭。
在東南亞，忽必烈先後發動了對安南（今越南北部）、蒲甘王朝（今緬甸）、佔婆（今越南南部）、爪哇（今屬印度尼西亞）的一系列戰爭，大多以失敗而告終。
蒙古帝國興起於草原，蒙古人一旦到了靠近熱帶的雨林地區，炎熱潮溼的氣候就弱化了蒙古人的弓馬優勢，使之淪為強弩之末。因此，帝國的擴張已達到極致。
忽必烈是個高壽的帝王，足足活了八十歲，超過他以前的任何一位蒙古大汗，也使得他的子孫們難以企及。他是大元帝國的開國皇帝，也是蒙古帝國的末代大汗。忽必烈是成吉思汗之後最偉大的一位可汗，足以與乃祖齊名。
忽必烈死後，其孫鐵穆耳繼位（忽必烈立的太子真金早逝，鐵穆耳即為元成宗，蒙古尊號完澤篤可汗），他一度擊敗西北諸王，迫使四大汗國再度承認大元帝國的宗主國地位，維護了元朝皇帝為成吉思汗合法繼承人的地位以及整個蒙古帝國大汗的名分。
然而，元成宗死後，元朝就陷入後宮干政、權臣專權的惡性迴圈，政變不斷。元帝國再也無力駕馭整個蒙古帝國，直到1368年被朱元璋逐出中原。
蒙古人勢力退出中原後，儘管遭受了朱元璋、朱棣父子北伐的沉重打擊，但並沒有徹底消亡。蒙古與明始終南北對峙，對明朝構成了很大威脅。在明英宗正統年間，蒙古瓦剌部還俘虜了明英宗，一度攻入長城，圍困北京。
然而，蒙古內部不斷分裂，紛爭不斷，成吉思汗的後裔差點被殺光。當年的風光不再，一切似乎恢復到了成吉思汗以前部落林立、攻伐不休的年代。
明朝末年，努爾哈赤率領的女真人在遼東崛起，為避免兩線作戰，集中精力對付南方大明帝國，努爾哈赤初期採取與蒙古聯姻的方式，儘量避免與蒙古產生衝突。
1618年，努爾哈赤取得了對明關鍵性的勝利——薩爾滸大捷。此後數年間，逐漸攻陷遼東諸城。1625年定都盛京（今遼寧瀋陽），基本佔領了遼東全境，然後開始盯上蒙古諸部。
其時，在蒙古草原出現了一位傳奇人物，他是最後一位被公認的蒙古大汗林丹汗。林丹汗雄心壯志，一心想恢復成吉思汗昔時的榮光。
為了削弱林丹汗，努爾哈赤不斷採取離間分化蒙古諸部的策略，爭取了不少蒙古部族的歸附。努爾哈赤死後，其子皇太極即位，繼續採取軟硬兼施的手段，在拉攏同時，數次發動對蒙古的戰爭，征服了不少部族，在蒙古地區的影響力越來越大。
1632年春，皇太極召集歸順的蒙古諸部，共集結了十萬大軍，宣佈遠征察哈爾的林丹汗。林丹汗得知訊息後，為避其鋒芒，想前往漠北喀爾喀，卻遭到喀爾喀三部的阻絕。他只好帶領人馬西行，渡過黃河，在鄂爾多斯成吉思汗陵前宣誓，自稱為全蒙古的林丹巴圖魯汗，隨後攜帶八白室至甘肅大草灘，以待時機，東山再起。兩年後，林丹汗病死在那裡。
林丹汗死後，其寡妻囊囊福晉帶領幼子額哲及部族回到鄂爾多斯。1635年，皇太極得知林丹汗已死，立刻派人去鄂爾多斯草原尋找他們，迎娶了囊囊福晉，並將自己的女兒嫁給額哲，並封他為親王。
1636年3月，漠南二十六部諸汗、王公、臺吉齊聚盛京，上皇太極尊號“博格達車臣汗”（皇太極又被稱作阿巴亥汗，因在位時年號為天聰，故亦稱作天聰汗），至此，黃金家族蒙古大汗的傳承斷絕。
清太宗皇太極又名黑還勃烈，蒙古語中“黑還”意為黃，“勃烈”意為蒼狼，蒙古有祖先來自於蒼狼白鹿的傳說，而最終的大汗稱號歸於皇太極，或許是冥冥中的巧合吧。
隨後數十年間，清朝逐漸征服漠南蒙古諸部、漠北喀爾喀蒙古，平定漠西衛拉特蒙古和青海和碩特蒙古，將蒙古所有諸部置於清朝的統治之下。
清康熙初，原明降將吳三桂等發動三藩之亂，清廷主要精銳之師皆南下平亂，京城空虛，林丹汗孫子布林尼和羅布藏（其父乃額哲之弟察哈爾親王阿布奈）覺得此時為最佳時機，遂舉兵反清，察哈爾左翼四旗也在宣府（河北宣化）發動兵變，鑿穿邊牆，投奔布林尼和羅布藏。
阿布奈因拒絕朝覲，此時被清廷關押在盛京。布林尼和羅布藏搶奪了張家口的皇家馬場的馬匹，想攻打盛京，解救阿布奈。
訊息傳來，京城內一片譁然，形勢驟然緊張。當時，京城已無兵可派，幸好康熙帝沉穩應對，他號令將京城所有滿蒙王府的家奴召集起來，臨時拼湊了一支隊伍，前去討伐布林尼和羅布藏亂軍，結果叛軍一戰即潰，布林尼和羅布藏兄弟二人也在戰鬥中被亂箭射死。
如果成吉思汗在天有靈，看到不肖子孫不武如斯，不知作何感想。亂軍平定後，康熙帝下令將囚禁在盛京的阿布奈絞殺。
至此，曾經縱橫歐亞五百年的成吉思汗、忽必烈黃金家族一脈絕嗣，徹底退出了歷史舞臺。