001 雲霄飛車殺人事件 (黑衣組織—琴酒 、伏特加出場，工藤新一喝下APTX4869變小。大幕拉開，柯南登場)
002 董事長千金誘拐事件(阿笠博士知道其身份，工藤新一化名為江戶川柯南）
013 奇怪的尋親殺人事件（宮野明美初登場）
043 江戶川柯南誘拐事件(父母知道變小)
048 外交官殺人事件（上集）
049 外交官殺人事件（下集）(服部平次登場，工藤新一第一次恢復)
054 電玩公司殺人事件 (龍舌蘭出現，被炸死)
057 福爾摩斯迷殺人事件（上集）
058 福爾摩斯迷殺人事件（下集）(平次知道身份)
128 黑暗組織10億搶劫事件 （宮野明美死亡，黑衣組織浮出水面）
129 來自黑暗組織的女子 大學教授殺人事件 (灰原哀出場）
130 競技場無差別脅迫事件(前篇)(灰原說出了工藤新一與組織在半個世紀前就有了關係)
170 黑暗之中的死角 （上集）（重要人物新出醫生登場）
171 黑暗之中的死角 （下集）
176 與黑暗組織的再會（灰原篇）(皮斯克出場)
177 與黑暗組織的再會（柯南篇） （宮野志保第一次恢復）
178 與黑暗組織的再會（解決篇） （皮斯克被琴酒滅口，貝爾摩德出場）
188 性命交關的復活-洞窟內的偵探團
189 危命的復活_負傷的名偵探
190 危命的復活_第三種選擇 （工藤新一第二次恢復）
191 危命的復活_黑衣騎士
192 危命的復活_新一回來了
193 危命的復活_約定的場所
226 格鬥遊戲的陷阱（上集） （朱蒂出場）
227 格鬥遊戲的陷阱（下集）
230 謎一樣的乘客（上集） （赤井秀一出場，形勢複雜）
231 謎一樣的乘客（下集）
242 元太的災難（提到GIN是左撇子)
258 來自芝加哥的男子（上集） （詹姆斯·布萊克出場）
259 來自芝加哥的男子（下集）
269 犯罪的遺物 （上集） （毛利小五郎的卷宗被盜，目標直指柯南）
270 犯罪的遺物 （下集）
271 急忙掩飾的忽略（上集）
272 急忙掩飾的忽略（下集） （灰原被懷疑，形勢危急）
277 英語教師VS西部名偵探（上集） （柯南叫博士調查克里斯·賓亞德）
278 英語教師VS西部名偵探（下集）
279 迷宮的陰暗（上集）
280 迷宮的陰暗（下集）
286 工藤新一紐約事件（事件篇） （知道克里斯就是美國已故大明星莎隆.賓亞德的女兒。）
287 工藤新一紐約事件（推理篇）
288 工藤新一紐約事件（解決篇）（貝爾摩德扮成殺人魔登場，赤井秀一對其進行追蹤。蘭知道赤井秀一是FBI。）
307 無聲的證據（前篇）（再次抓住黑暗組織的尾巴）
308 無聲的證據（後篇）（下一集的引子）
309 與黑暗組織的接觸（交涉篇）
310 與黑暗組織的接觸（追蹤篇）
311 與黑暗組織的接觸（決死篇）（柯南得知組織在僱傭電腦工程師編寫一個神秘的系統軟體）
329金錢買不到的友情（上集）（本集中提到了灰原的父親：宮野厚司。是阿笠博士的舊識。)
330金錢買不到的友情（下集）
335 東京現影所的秘密（前篇） （灰原被跟蹤，山雨欲來）
336 東京現影所的秘密（後篇）
338 四輛保時捷（前篇）
339 四輛保時捷（後篇）（茱蒂、赤井發現灰原與黑衣組織有聯絡、貝爾摩德知道灰原的身份）
340 廁所裡隱藏的秘密（前篇）
343 便利店的陷阱（前篇）
344 便利店的陷阱（後篇）（小蘭發現茱蒂老師公寓牆後的照片，引起對朱蒂身份的懷疑）
345 直面黑色組織的對決!滿月之夜的二元神秘事件 （茱蒂、赤井、詹姆斯身份曝光）
346 尋找P股上的印記（前篇） （為上一集善後）
347 尋找P股上的印記（後篇）
361 帝丹高中的學校怪談（前篇）（真正的新出醫生迴歸）
362 帝丹高中的學校怪談（後篇）
374 星星和香菸的暗號（前篇）
375 星星和香菸的暗號（後篇）（柯南聽到山村警官給他奶奶打電話的按鍵音和貝爾摩的給Boss發簡訊時的按鍵音相似，推測boss在鳥取縣）
385 斯特拉迪瓦里小提琴的不和諧音(前奏曲)
386 斯特拉迪瓦里小提琴的不和諧音(間奏曲)
387 斯特拉迪瓦里小提琴的不和諧音(尾奏曲) (boss的手機號被發現，鬥爭新動向）
425 被組織的魔掌觸碰的瞬間 （水無憐奈、基安蒂、科恩出場，烽煙再起）
429 無法回到從前的兩人(前篇) （本堂瑛佑出場）
430 無法回到從前的兩人(後篇)
462 黑暗組織的影子 年幼的目擊者 （本堂瑛佑行事詭異，引起柯南注意）
463 黑暗組織的影子 奇妙的照明
464 黑暗組織的影子 謎樣的高額報酬
465 黑暗組織的影子 珍珠的流星
484 黑色照片的去向（前篇）
485 黑色照片的去向（後篇）
491 紅與黑的碰撞 開始 （最精彩的一個系列，不可不看）
492 紅與黑的碰撞 血緣
493 紅與黑的碰撞 絕叫
494 紅與黑的碰撞 冥土
495 紅與黑的碰撞 昏睡
496 紅與黑的碰撞 侵入
497 紅與黑的碰撞 覺醒
498 紅與黑的碰撞 攪亂
499 紅與黑的碰撞 偽裝
500 紅與黑的碰撞 遺言
501 紅與黑的碰撞 嫌疑
502 紅與黑的碰撞 潔白
503 紅與黑的碰撞 決死
504 紅與黑的碰撞 殉職 （第二次對決，赤井秀一疑似犧牲，水無憐奈CIA身份遭到組織懷疑）
507 卡拉OK包房的死角（前篇)
508 卡拉OK包房的死角（後篇）（本堂瑛佑知道柯南是工藤新一，柯南在得知FBI有人死了之後想：沒問題。這也成為赤井秀一沒有死的疑似證據之一）
509 紅白黃色與偵探團（水無憐奈給朱蒂傳遞資訊，組織派出一名代號為波本的成員專門調查雪莉。衝矢昴出場，灰原哀察覺出異樣）
510 柯南VS W暗號之謎
511 推理對決！新一VS衝矢昴
521 殺人犯 工藤新一
522 新一的真正身份和蘭的眼淚（工藤新一第三次恢復）
523 真正想問的事
524 令人憎恨的藍色火花（前篇）（最前面一部分，交代上一集的結果）
542 讓魚兒消失的一角巖(前篇)
543 讓魚兒消失的一角巖(後篇)（衝矢昴的言語直逼灰原）
563 偵探團VS強盜團(騷亂)
564 偵探團VS強盜團(沉默)（疑似赤井秀一的人登場) 柯南主線人物
578 召喚危機的紅色預兆
579 黑與13的暗示（疑似秀一的男子和衝矢昴同時出現，局勢再次混亂，赤井秀一身份再次遭人懷疑）
580 緊迫黑色的時限（水無憐奈被gin懷疑沒有殺掉赤井秀一，準備殺掉水無，並對赤井秀一進行狙擊。但事實上是波本假扮的赤井秀一，從貝爾摩得口中得知boss的命令後，波本與gin兩人發生分歧）
581 紅色的搖擺目標（水無憐奈被琴酒懷疑沒有殺掉赤井秀一，琴酒準備讓基安蒂對疑似赤井秀一的人進行狙擊但並未成功)
710-711 迫近灰原秘密的身影
712-715 漆黑的特快列車(為抓sherry，黑衣組織在列車上設陷阱 知道波本真正身份：安室透)
716 密室裡的柯南
717 解開謎題的波本
699-700 世良問小蘭阿笠博士的車子顏色，假裝在群馬縣與柯南偶遇，並試圖讓柯南透過她的手機與灰原哀聯絡，而步美等人困在被兇手縱火的小木屋中，灰原為了幫助大家逃生而服下APTX4869解藥暫時恢復，世良對光彥拍下的影片中的宮野志保非常驚訝，另外此段影片也被安室透、衝矢昴透過網路看到。
701-704 黑衣組織得知宮野志保將乘坐神秘列車。貝爾摩德假扮成傷疤赤井潛入列車，確認雪莉已上車。灰原收到貝爾摩德發來的恐嚇郵件後離開包廂，受到侵入其手機的衝矢昴“到我的領地來”的邀請，後被工藤有希子保護。世良遇見了“赤井秀一”，喊了他“秀哥”後被電暈，但被衝矢昴帶回包廂。柯南揭穿怪盜基德身份後委託他假扮成宮野志保。貝爾摩德扔掉了有希子的變裝工具，並引發排煙裝置，安室透配合謊稱車上發生火災。柯南誤導貝爾摩德以為組織計劃進展順利。“宮野志保”逃到列車尾部，安室對其揭曉自己的波本身份，確認之前的傷疤赤井是波本為了調查赤井生死而假扮，他也確認了赤井的死亡。安室將“宮野志保”逼入最後一節車廂，身後突然出現的無疤赤井扔出手榴彈，車廂脫離後貝爾摩德引爆了炸彈，怪盜基德乘滑翔翼逃離。列車停靠後貝爾摩德發現雪莉未死，但沒有告訴其他組織成員。安室對赤井之死產生懷疑，準備重新調查。衝矢昴露出與赤井秀一相同的眼神。
706 安室透發現柯南使用麻醉針的動作。貝爾摩德勸安室離開毛利，安室拒絕並稱對“沉睡的小五郎”產生興趣。
723 安室透救少年偵探團於險境，衝矢昴透過樓上的窗戶目送他離開。
724-725 世良重提“神秘列車”上帽子丟失的事情，詢問小蘭有沒有見到“傷疤赤井”。
727-728 蘭在看著世良跑遠的背影不由自主地說出“波浪”，並說“看著世良跑走的背影，耳邊總會響起海浪漣漪的聲音”。柯南悄悄問世良：“你和我在哪裡見過嗎？”但世良未正面回答，並想：“很抱歉，現在還不能告訴你，因為還沒到時候……”
734 柯南告訴茱蒂傷疤赤井為波本假扮，拜託她調查安室未離開波洛咖啡廳的原因。波本竊聽柯南和朱蒂的對話，稱柯南為“可怕的男人”。
739 柯南透過與高木警官的對話發現神社事件中賞櫻遊客弁崎桐平和其“妻子”為波本和貝爾摩德假扮。
744-745 世良提到自己的二哥，世良與二哥似乎知曉柯南身份，二哥詢問世良是否見到了“魔法師”。
擴充套件資料：
高中生偵探工藤新一和青梅竹馬的同學毛利蘭一同去遊樂園玩的時候，目擊了黑衣男子的可疑交易現場。只顧偷看交易的工藤新一，卻忽略了從背後接近的另一名同夥。他被那名男子灌下了毒藥，當他醒來時，身體居然縮小了！
如果讓那些傢伙知道工藤新一還活著的話，不僅性命難保，還會危及身邊的人。在阿笠博士的建議下他決定隱瞞身份，在被小蘭問及名字時，化名江戶川柯南，為了蒐集那些傢伙的情報，寄住在父親以偵探為業的小蘭家中。
謎團重重的黑衣組織……他所瞭解的，就只有他們是以酒的名稱作為代號的。為了揭露那些傢伙的真面目，小小偵探江戶川柯南的活躍開始了！
001 雲霄飛車殺人事件 (黑衣組織—琴酒 、伏特加出場，工藤新一喝下APTX4869變小。大幕拉開，柯南登場)
002 董事長千金誘拐事件(阿笠博士知道其身份，工藤新一化名為江戶川柯南）
013 奇怪的尋親殺人事件（宮野明美初登場）
043 江戶川柯南誘拐事件(父母知道變小)
048 外交官殺人事件（上集）
049 外交官殺人事件（下集）(服部平次登場，工藤新一第一次恢復)
054 電玩公司殺人事件 (龍舌蘭出現，被炸死)
057 福爾摩斯迷殺人事件（上集）
058 福爾摩斯迷殺人事件（下集）(平次知道身份)
128 黑暗組織10億搶劫事件 （宮野明美死亡，黑衣組織浮出水面）
129 來自黑暗組織的女子 大學教授殺人事件 (灰原哀出場）
130 競技場無差別脅迫事件(前篇)(灰原說出了工藤新一與組織在半個世紀前就有了關係)
170 黑暗之中的死角 （上集）（重要人物新出醫生登場）
171 黑暗之中的死角 （下集）
176 與黑暗組織的再會（灰原篇）(皮斯克出場)
177 與黑暗組織的再會（柯南篇） （宮野志保第一次恢復）
178 與黑暗組織的再會（解決篇） （皮斯克被琴酒滅口，貝爾摩德出場）
188 性命交關的復活-洞窟內的偵探團
189 危命的復活_負傷的名偵探
190 危命的復活_第三種選擇 （工藤新一第二次恢復）
191 危命的復活_黑衣騎士
192 危命的復活_新一回來了
193 危命的復活_約定的場所
226 格鬥遊戲的陷阱（上集） （朱蒂出場）
227 格鬥遊戲的陷阱（下集）
230 謎一樣的乘客（上集） （赤井秀一出場，形勢複雜）
231 謎一樣的乘客（下集）
242 元太的災難（提到GIN是左撇子)
258 來自芝加哥的男子（上集） （詹姆斯·布萊克出場）
259 來自芝加哥的男子（下集）
269 犯罪的遺物 （上集） （毛利小五郎的卷宗被盜，目標直指柯南）
270 犯罪的遺物 （下集）
271 急忙掩飾的忽略（上集）
272 急忙掩飾的忽略（下集） （灰原被懷疑，形勢危急）
277 英語教師VS西部名偵探（上集） （柯南叫博士調查克里斯·賓亞德）
278 英語教師VS西部名偵探（下集）
279 迷宮的陰暗（上集）
280 迷宮的陰暗（下集）
286 工藤新一紐約事件（事件篇） （知道克里斯就是美國已故大明星莎隆.賓亞德的女兒。）
287 工藤新一紐約事件（推理篇）
288 工藤新一紐約事件（解決篇）（貝爾摩德扮成殺人魔登場，赤井秀一對其進行追蹤。蘭知道赤井秀一是FBI。）
307 無聲的證據（前篇）（再次抓住黑暗組織的尾巴）
308 無聲的證據（後篇）（下一集的引子）
309 與黑暗組織的接觸（交涉篇）
310 與黑暗組織的接觸（追蹤篇）
311 與黑暗組織的接觸（決死篇）（柯南得知組織在僱傭電腦工程師編寫一個神秘的系統軟體）
329金錢買不到的友情（上集）（本集中提到了灰原的父親：宮野厚司。是阿笠博士的舊識。)
330金錢買不到的友情（下集）
335 東京現影所的秘密（前篇） （灰原被跟蹤，山雨欲來）
336 東京現影所的秘密（後篇）
338 四輛保時捷（前篇）
339 四輛保時捷（後篇）（茱蒂、赤井發現灰原與黑衣組織有聯絡、貝爾摩德知道灰原的身份）
340 廁所裡隱藏的秘密（前篇）
343 便利店的陷阱（前篇）
344 便利店的陷阱（後篇）（小蘭發現茱蒂老師公寓牆後的照片，引起對朱蒂身份的懷疑）
345 直面黑色組織的對決!滿月之夜的二元神秘事件 （茱蒂、赤井、詹姆斯身份曝光）
346 尋找P股上的印記（前篇） （為上一集善後）
347 尋找P股上的印記（後篇）
361 帝丹高中的學校怪談（前篇）（真正的新出醫生迴歸）
362 帝丹高中的學校怪談（後篇）
374 星星和香菸的暗號（前篇）
375 星星和香菸的暗號（後篇）（柯南聽到山村警官給他奶奶打電話的按鍵音和貝爾摩的給Boss發簡訊時的按鍵音相似，推測boss在鳥取縣）
385 斯特拉迪瓦里小提琴的不和諧音(前奏曲)
386 斯特拉迪瓦里小提琴的不和諧音(間奏曲)
387 斯特拉迪瓦里小提琴的不和諧音(尾奏曲) (boss的手機號被發現，鬥爭新動向）
425 被組織的魔掌觸碰的瞬間 （水無憐奈、基安蒂、科恩出場，烽煙再起）
429 無法回到從前的兩人(前篇) （本堂瑛佑出場）
430 無法回到從前的兩人(後篇)
462 黑暗組織的影子 年幼的目擊者 （本堂瑛佑行事詭異，引起柯南注意）
463 黑暗組織的影子 奇妙的照明
464 黑暗組織的影子 謎樣的高額報酬
465 黑暗組織的影子 珍珠的流星
484 黑色照片的去向（前篇）
485 黑色照片的去向（後篇）
491 紅與黑的碰撞 開始 （最精彩的一個系列，不可不看）
492 紅與黑的碰撞 血緣
493 紅與黑的碰撞 絕叫
494 紅與黑的碰撞 冥土
495 紅與黑的碰撞 昏睡
496 紅與黑的碰撞 侵入
497 紅與黑的碰撞 覺醒
498 紅與黑的碰撞 攪亂
499 紅與黑的碰撞 偽裝
500 紅與黑的碰撞 遺言
501 紅與黑的碰撞 嫌疑
502 紅與黑的碰撞 潔白
503 紅與黑的碰撞 決死
504 紅與黑的碰撞 殉職 （第二次對決，赤井秀一疑似犧牲，水無憐奈CIA身份遭到組織懷疑）
507 卡拉OK包房的死角（前篇)
508 卡拉OK包房的死角（後篇）（本堂瑛佑知道柯南是工藤新一，柯南在得知FBI有人死了之後想：沒問題。這也成為赤井秀一沒有死的疑似證據之一）
509 紅白黃色與偵探團（水無憐奈給朱蒂傳遞資訊，組織派出一名代號為波本的成員專門調查雪莉。衝矢昴出場，灰原哀察覺出異樣）
510 柯南VS W暗號之謎
511 推理對決！新一VS衝矢昴
521 殺人犯 工藤新一
522 新一的真正身份和蘭的眼淚（工藤新一第三次恢復）
523 真正想問的事
524 令人憎恨的藍色火花（前篇）（最前面一部分，交代上一集的結果）
542 讓魚兒消失的一角巖(前篇)
543 讓魚兒消失的一角巖(後篇)（衝矢昴的言語直逼灰原）
563 偵探團VS強盜團(騷亂)
564 偵探團VS強盜團(沉默)（疑似赤井秀一的人登場) 柯南主線人物
578 召喚危機的紅色預兆
579 黑與13的暗示（疑似秀一的男子和衝矢昴同時出現，局勢再次混亂，赤井秀一身份再次遭人懷疑）
580 緊迫黑色的時限（水無憐奈被gin懷疑沒有殺掉赤井秀一，準備殺掉水無，並對赤井秀一進行狙擊。但事實上是波本假扮的赤井秀一，從貝爾摩得口中得知boss的命令後，波本與gin兩人發生分歧）
581 紅色的搖擺目標（水無憐奈被琴酒懷疑沒有殺掉赤井秀一，琴酒準備讓基安蒂對疑似赤井秀一的人進行狙擊但並未成功)
710-711 迫近灰原秘密的身影
712-715 漆黑的特快列車(為抓sherry，黑衣組織在列車上設陷阱 知道波本真正身份：安室透)
716 密室裡的柯南
717 解開謎題的波本
699-700 世良問小蘭阿笠博士的車子顏色，假裝在群馬縣與柯南偶遇，並試圖讓柯南透過她的手機與灰原哀聯絡，而步美等人困在被兇手縱火的小木屋中，灰原為了幫助大家逃生而服下APTX4869解藥暫時恢復，世良對光彥拍下的影片中的宮野志保非常驚訝，另外此段影片也被安室透、衝矢昴透過網路看到。
701-704 黑衣組織得知宮野志保將乘坐神秘列車。貝爾摩德假扮成傷疤赤井潛入列車，確認雪莉已上車。灰原收到貝爾摩德發來的恐嚇郵件後離開包廂，受到侵入其手機的衝矢昴“到我的領地來”的邀請，後被工藤有希子保護。世良遇見了“赤井秀一”，喊了他“秀哥”後被電暈，但被衝矢昴帶回包廂。柯南揭穿怪盜基德身份後委託他假扮成宮野志保。貝爾摩德扔掉了有希子的變裝工具，並引發排煙裝置，安室透配合謊稱車上發生火災。柯南誤導貝爾摩德以為組織計劃進展順利。“宮野志保”逃到列車尾部，安室對其揭曉自己的波本身份，確認之前的傷疤赤井是波本為了調查赤井生死而假扮，他也確認了赤井的死亡。安室將“宮野志保”逼入最後一節車廂，身後突然出現的無疤赤井扔出手榴彈，車廂脫離後貝爾摩德引爆了炸彈，怪盜基德乘滑翔翼逃離。列車停靠後貝爾摩德發現雪莉未死，但沒有告訴其他組織成員。安室對赤井之死產生懷疑，準備重新調查。衝矢昴露出與赤井秀一相同的眼神。
706 安室透發現柯南使用麻醉針的動作。貝爾摩德勸安室離開毛利，安室拒絕並稱對“沉睡的小五郎”產生興趣。
723 安室透救少年偵探團於險境，衝矢昴透過樓上的窗戶目送他離開。
724-725 世良重提“神秘列車”上帽子丟失的事情，詢問小蘭有沒有見到“傷疤赤井”。
727-728 蘭在看著世良跑遠的背影不由自主地說出“波浪”，並說“看著世良跑走的背影，耳邊總會響起海浪漣漪的聲音”。柯南悄悄問世良：“你和我在哪裡見過嗎？”但世良未正面回答，並想：“很抱歉，現在還不能告訴你，因為還沒到時候……”
734 柯南告訴茱蒂傷疤赤井為波本假扮，拜託她調查安室未離開波洛咖啡廳的原因。波本竊聽柯南和朱蒂的對話，稱柯南為“可怕的男人”。
739 柯南透過與高木警官的對話發現神社事件中賞櫻遊客弁崎桐平和其“妻子”為波本和貝爾摩德假扮。
744-745 世良提到自己的二哥，世良與二哥似乎知曉柯南身份，二哥詢問世良是否見到了“魔法師”。
擴充套件資料：
高中生偵探工藤新一和青梅竹馬的同學毛利蘭一同去遊樂園玩的時候，目擊了黑衣男子的可疑交易現場。只顧偷看交易的工藤新一，卻忽略了從背後接近的另一名同夥。他被那名男子灌下了毒藥，當他醒來時，身體居然縮小了！
如果讓那些傢伙知道工藤新一還活著的話，不僅性命難保，還會危及身邊的人。在阿笠博士的建議下他決定隱瞞身份，在被小蘭問及名字時，化名江戶川柯南，為了蒐集那些傢伙的情報，寄住在父親以偵探為業的小蘭家中。
謎團重重的黑衣組織……他所瞭解的，就只有他們是以酒的名稱作為代號的。為了揭露那些傢伙的真面目，小小偵探江戶川柯南的活躍開始了！