正德十六年（1521年）三月，明武宗朱厚照駕崩，因其無子無兄弟，導致明孝宗朱佑樘一脈絕嗣，其母張太后與首輔楊廷和商議後，迎立明武宗堂弟、興獻王朱佑杬之子朱厚熜為帝，是為明世宗，也稱嘉靖帝。朱厚熜即位之後不久，便開始了為父親正名之路，為此他與大臣們相互博弈長達二十四年，最終於嘉靖二十四年（1545）六月將父親成功抬入了太廟。那麼，朱厚熜是如何將父親升祔太廟的呢？其目的僅僅是為了盡孝道嗎？
正德十六年（1521年）五月七日，就在朱厚熜即位後不久，太子太傅、禮部尚書毛澄遵照內閣首輔楊廷和的意思，率領文武大臣上奏，認為朱厚熜乃是入嗣即位，因此應該遵照漢朝定陶王、宋朝濮王的先例，尊明孝宗朱佑樘為皇考（父親），以興獻王朱佑杬為皇叔考（叔父）。結果惹怒朱厚熜，“大禮儀之爭”就此爆發。
毛澄的建議可以說引起了朱厚熜母子的極大牴觸，其母蔣氏怒道，“安得以吾子為他人子！”朱厚熜更是要辭去天子之位，侍奉母親蔣氏返回安陸。
雖然內閣首輔楊廷和明確表示，誰持有不同意見便將被視為“奸邪”，應該“當斬”或黜為外官。但偏偏有人不信邪，剛剛考中進士的張璁當即表示反對，認為漢哀帝、宋英宗雖為定陶王、濮王之子，但卻因漢成帝和宋仁宗無子而早早被養在宮中、立為皇嗣，而明孝宗不僅有朱厚照這個兒子，且朱厚照此前也曾在位，因此並不符合舊制。
不過，由於朱厚熜剛剛即位不久，而張璁也才剛剛踏入仕途，兩人很快便敗下陣來，此次交鋒最終以張璁貶至南京告終。嘉靖二年（1523年）十一月，南京刑部主事上疏，重提大禮儀之事，明世宗於是決定於次年正月再度廷議，並召張璁、桂萼入京，但行至鳳陽便又接到了“不必來京”旨意。
糊里糊塗返回南京的張璁、桂萼，得知嘉靖帝已經下詔稱明孝宗為皇考，興獻帝為本生皇考恭穆獻皇帝后，立即再度上書，認為應該去掉“本生”兩字，否則會讓後世認定朱厚熜為孝宗之子。不過，張璁、桂萼的提議，很快便遭遇了楊廷和一派“八十餘疏二百五十餘人”的牴觸（《汪俊傳》）。
嘉靖三年（1524年）五月，張璁、桂萼再度奉詔入京，結果卻立即遭到朝中大臣的彈劾，甚至一度面臨被捕殺的威脅。不過，隨著朱厚熜逐漸坐穩皇位，兩人不僅沒有遭遇危險，反而被晉升為翰林學士，專門負責處理禮儀問題。
同年七月，朱厚熜於左順門召見群臣，宣佈將為生母的尊號去掉“本生”二字，結果立即遭到群臣的強烈反對。事後，何孟春、楊慎等感覺事情有點不對勁，於是召集大臣231人（《明史》稱229人）全部跪於左順門外，以“仗節死義”的決心向朱厚熜示威，意圖迫使其取消此念頭。
然而，這次朱厚熜卻不願退讓，在多次令引禮監太監勸退無果，大臣們死諫不退的情況下，朱厚熜一怒之下將134人收監，並對五品以下的180餘人施以廷杖，當場打死17人，史稱“左順門慘案”。
同年九月，張璁、桂萼、方獻夫等奉詔召集大臣於闕右門辨議大禮，有了前車之鑑，這次朱厚熜終於大獲成功。歷經長達三年的博弈，朱厚熜最終得以尊明孝宗為皇伯考，昭聖皇太后為皇伯母，生父興獻王為皇考，生母章聖皇太后為聖母，明武宗朱厚照為皇兄，莊肅皇后為皇嫂。
明朝太廟始建於元朝至正二十六年（1366年）十二月，初建時採用的是“都宮別殿制”，即一帝一廟。後朱元璋感覺太廟所在地“地勢少偏”，遂於洪武八年（1375年）改建，改建後的太廟採用“同堂異室制”，即一廟多帝。朱棣遷都北京後，又於北京興建新的太廟，同樣採用“同堂異室制”，明朝開始變為南京、北京雙廟制。
早在嘉慶三年（1524年）三月，“大禮儀之爭”尚未塵埃落定之時，南京刑部主事桂萼便曾上書請為興獻帝立別廟，次月吏部員外郎方獻夫也同樣上書。雖然兩人的提議遭到絕大多數大臣反對，但朱厚熜卻藉此在奉先殿修建了一間西空室，定名觀德殿，追尊父親為本生皇考恭穆獻皇帝，並將其神位供奉其中。
嘉靖四年（1525年），升任光祿寺丞的何淵為表忠心，又上書請求立世室，崇祀皇考於太廟。意思是說可以為獻皇帝立世室，直接位列在始祖之下，百世不祧，此舉雖早在周朝便已出現，但那是因為周文王和周武王貢獻極大，人家屬於名正言順，你朱佑杬一天皇帝沒做過，哪來的這個資格？
於是，此提議立即遭到滿朝文武的反對，就連張璁、桂萼、席書等人也紛紛反對，嘉靖帝眼看沒人支援自己，只好委屈的表示願意退讓一步，君臣這才達成共識。嘉靖四年（1525年）五月，朱厚熜下令於太廟外的環碧殿舊址上興建獻帝廟，取名“世廟”，並修《獻皇帝實錄》。
嘉靖帝眼看父親短期內想要進入太廟有點難，於是便轉而求其次，想要先在太廟中騰出一個空位。要知道，明朝太廟雖然有九個位置，但在朱厚熜即位之時，其中已經供奉著德祖朱百六、太祖朱元璋、太宗朱棣、仁宗朱高熾、宣宗朱瞻基、英宗朱祁鎮、憲宗朱見深、孝宗朱佑樘、武宗朱厚照九位帝王神主，裡面根本沒有空位。
△朱厚熜即位時太廟神主已滿
嘉靖十年（1531年）正月，“（嘉靖）帝以廟祀更定，告於太廟、世廟並祧廟三主。遷德祖神主於祧廟，奉安太祖神主於寢殿正中，遂以序進遷七宗神位”。他以為太祖朱元璋正位為藉口，將德祖朱百六的神位遷入了祧廟，從而使得太廟空出了一個位置，此舉也算是名正言順，因此並未遭到太多人的反對，得以順利實施。
緊接著，朱厚熜為了不讓父親的獻帝廟看起來太過尷尬，又下令將廟制恢復到“都宮別殿制”，雖然此舉因大臣的反對一度擱置。但在嘉靖十三年（1534年）六月，南京太廟起火焚燬，朱厚熜藉機下令不再修建南京太廟，進而下令在北京營建新的太廟，大臣們這下無話可說，只好表示同意。於是，朱厚熜欽定廟制：太祖廟居中，太宗居左，立文祖世室，太宗之下另立三昭廟；太祖之右為三穆廟，並在太祖廟寢後建祧廟，以奉祧主。
△德祖朱百六遷祧後已空出一位
如此一來，每個皇帝都享有單獨一廟，朱厚熜他爹獻帝那個單獨的世廟就顯得不突兀了。之後，他又以避諱朱棣的“世室”為由，下詔改世廟為獻皇帝廟，又以避渠道為藉口，把獻皇帝廟遷居新址，使其距離太廟更近，看起來渾然一體。
完成以上操作後，朱厚熜倒是消停了幾年，但到了嘉靖十七年（1538年）四月，已經致仕的揚州府同知豐坊卻又上書，表示應該“復古禮，建明堂。加尊皇考獻皇帝廟號稱宗，以配上帝”，意思是應該為興獻帝上廟號，享受後人祭祀。
明堂和郊祀乃是古代極為重要的兩個祭祀活動，按理郊祀是祭老祖宗朱元璋的，而明堂祭祀按周禮則是祭祀太宗的，不過在漢、宋、唐時都有皇帝祭祀自己父親代替太宗的先例。然而，還不等朱厚熜高興，朝野上下聽說後便是一陣譁然，嘉靖帝無奈之下便去求助嚴嵩，誰知嚴嵩也是不置可否。
還沒等朱厚熜找到人支援自己，戶部侍郎唐胄卻直接跳出來明確反對，更是指責嘉靖帝放著周禮不學，偏偏跑去學漢唐宋亂七八糟的東西。朱厚熜一聽就火冒三丈，直接將唐胄下了大牢，還親自寫了一篇《明堂或問》，表示自己決心已定。
有了唐胄這個教訓，這下沒人敢反對了，於是朱厚熜於同年九月，追尊自己的父親為“睿宗”，不過此時的興獻帝還不能享受單間待遇，而只是和兄弟朱佑樘擠在一起。可是如此一來，明太宗朱棣豈不是享受不到祭祀了？朱厚熜自然不會虧待自己這一脈的祖宗，他在《明堂或問》中明確表示：朱棣功兼創守、再造社稷，應該也稱祖，不僅在太廟中“萬世不祧”，還應該和太祖朱元璋一起，二祖並列享受郊祀。這才是朱棣廟號從太宗變為成祖的原因，而並非網傳的太廟騰位置。
到了嘉靖二十年（1541年）四月，北京太廟竟然也被大火焚燬，大火從仁宗廟開始燒起，群廟全部燒燬，唯獨睿宗一室留存。藉此，朱厚熜又站出來表示，之所以會燃起大火，就是祖宗們不願分開，因此重修太廟時便又恢復了“同堂異室制”。
嘉靖二十四年（1545年）六月，新太廟建成，朱厚熜又下令廷議神主擺放次序，禮部尚書張璧便提出，應該按照之前的位次拜訪，睿宗和孝宗並立於三穆，待將來遷祧時，孝宗遷入祧廟，睿宗遷回自己的獻皇帝廟中便可。
△太廟神主最終擺放位次
朱厚熜一聽就火大了，好傢伙，我這辛辛苦苦二十四年，要照你這麼做，那豈不是白忙活了？他不但立即就否決了這個提議，而且大罵禮臣毫無竭忠任事之誠。眼看大臣們不配合，朱厚熜只好自己出面，在新太廟竣工之前，親自制定廟議，“既無昭穆，亦無世次，只序倫理。太祖居中，左四序成、宣、憲、睿，右四序仁、英、孝、武。”歷經二十四載，朱厚熜終於給父親在太廟中爭取到了一個位置。
關於這個問題，個人認為盡孝或許是一方面原因，但應該並非全部原因，他應該還有一個更深層次的目的，那便是重新確立皇帝權威。
我們知道，明朝的文官有一個典型特點，那便是不怕打、不怕死，一向以死諫為榮，以挨廷杖為榮，以據死力爭為榮，似乎不這麼做，就無法體現出他們無比崇高的文人氣節。
如果說是在朝政大事上，這麼做倒也無可厚非，但這些大臣喜歡的偏偏就是揪住小事不放，尤其是對皇帝的衣食住行，干涉極多。皇帝上朝晚了不行，更換衣服勤了不行，吃飯鋪張不行，出宮不行，玩樂不行……如此一來，大臣們固然落了個好名聲，可皇帝卻是難以忍受。
明孝宗朱佑樘在位期間，極為善待大臣，也相對較為自律，因而對於大臣們的建議倒還能夠聽的進去，但到了明武宗朱厚照在位期間，這位皇帝本來就是我行我素，再加上重用武將的原因，導致與文臣之間的矛盾極深，而這也是明武宗朱厚照在歷史上聲名狼藉的一個重要原因。
其中一個典型事例，便是正德十二年（1517年）的“應州大捷”，朱厚照率領數萬軍隊與蒙古軍隊於應州大戰數日，取得應州大捷，朱厚照本人甚至親自手刃一人。然而，就因為朱厚照出兵時與大臣決裂，結果朝臣們根本不承認，《明史·明武宗本紀》中只有“甲辰，小王子犯陽和，掠應州。丁未，親督諸軍御之，戰五日。辛亥，寇引去，駐蹕大同”寥寥數語的記載。而在《武宗實錄》中，這場雙方投入近十萬軍隊，激戰五日的戰役，竟然只取得了“蒙古軍隊陣亡十六人，明軍陣亡五十二人”的戰果，這個數字不僅讓人難以相信，而且看上去明軍竟然更像是戰敗的一方。文臣們的態度讓武宗極為失望，心灰意冷之下，宣佈自己輟朝十日。
更為重要的是，明武宗朱厚照的死因，至今也是不明不白。因此，朱厚熜即位之後，為了擺脫傀儡的命運，就必須與朝臣進行抗爭。事實上，在長達三年的“大禮儀之爭”中，包括內閣首輔楊廷和在內的大量重臣被罷免，雖然一定程度激化了君臣矛盾，但皇帝的權威卻也一定程度得以確立。
事實上，在這場長達二十四年的君臣博弈中，朱厚熜不僅成功讓父親升祔太廟，而且也確立了自己的絕對權威，這點從他後來二十多年不上朝，卻仍然能夠將朝政掌握在手中，便能夠窺探一二。
正德十六年（1521年）三月，明武宗朱厚照駕崩，因其無子無兄弟，導致明孝宗朱佑樘一脈絕嗣，其母張太后與首輔楊廷和商議後，迎立明武宗堂弟、興獻王朱佑杬之子朱厚熜為帝，是為明世宗，也稱嘉靖帝。朱厚熜即位之後不久，便開始了為父親正名之路，為此他與大臣們相互博弈長達二十四年，最終於嘉靖二十四年（1545）六月將父親成功抬入了太廟。那麼，朱厚熜是如何將父親升祔太廟的呢？其目的僅僅是為了盡孝道嗎？
即位不久爆發“大禮儀之爭”，歷經三載朱厚熜認回父親正德十六年（1521年）五月七日，就在朱厚熜即位後不久，太子太傅、禮部尚書毛澄遵照內閣首輔楊廷和的意思，率領文武大臣上奏，認為朱厚熜乃是入嗣即位，因此應該遵照漢朝定陶王、宋朝濮王的先例，尊明孝宗朱佑樘為皇考（父親），以興獻王朱佑杬為皇叔考（叔父）。結果惹怒朱厚熜，“大禮儀之爭”就此爆發。
毛澄的建議可以說引起了朱厚熜母子的極大牴觸，其母蔣氏怒道，“安得以吾子為他人子！”朱厚熜更是要辭去天子之位，侍奉母親蔣氏返回安陸。
雖然內閣首輔楊廷和明確表示，誰持有不同意見便將被視為“奸邪”，應該“當斬”或黜為外官。但偏偏有人不信邪，剛剛考中進士的張璁當即表示反對，認為漢哀帝、宋英宗雖為定陶王、濮王之子，但卻因漢成帝和宋仁宗無子而早早被養在宮中、立為皇嗣，而明孝宗不僅有朱厚照這個兒子，且朱厚照此前也曾在位，因此並不符合舊制。
不過，由於朱厚熜剛剛即位不久，而張璁也才剛剛踏入仕途，兩人很快便敗下陣來，此次交鋒最終以張璁貶至南京告終。嘉靖二年（1523年）十一月，南京刑部主事上疏，重提大禮儀之事，明世宗於是決定於次年正月再度廷議，並召張璁、桂萼入京，但行至鳳陽便又接到了“不必來京”旨意。
糊里糊塗返回南京的張璁、桂萼，得知嘉靖帝已經下詔稱明孝宗為皇考，興獻帝為本生皇考恭穆獻皇帝后，立即再度上書，認為應該去掉“本生”兩字，否則會讓後世認定朱厚熜為孝宗之子。不過，張璁、桂萼的提議，很快便遭遇了楊廷和一派“八十餘疏二百五十餘人”的牴觸（《汪俊傳》）。
嘉靖三年（1524年）五月，張璁、桂萼再度奉詔入京，結果卻立即遭到朝中大臣的彈劾，甚至一度面臨被捕殺的威脅。不過，隨著朱厚熜逐漸坐穩皇位，兩人不僅沒有遭遇危險，反而被晉升為翰林學士，專門負責處理禮儀問題。
同年七月，朱厚熜於左順門召見群臣，宣佈將為生母的尊號去掉“本生”二字，結果立即遭到群臣的強烈反對。事後，何孟春、楊慎等感覺事情有點不對勁，於是召集大臣231人（《明史》稱229人）全部跪於左順門外，以“仗節死義”的決心向朱厚熜示威，意圖迫使其取消此念頭。
然而，這次朱厚熜卻不願退讓，在多次令引禮監太監勸退無果，大臣們死諫不退的情況下，朱厚熜一怒之下將134人收監，並對五品以下的180餘人施以廷杖，當場打死17人，史稱“左順門慘案”。
同年九月，張璁、桂萼、方獻夫等奉詔召集大臣於闕右門辨議大禮，有了前車之鑑，這次朱厚熜終於大獲成功。歷經長達三年的博弈，朱厚熜最終得以尊明孝宗為皇伯考，昭聖皇太后為皇伯母，生父興獻王為皇考，生母章聖皇太后為聖母，明武宗朱厚照為皇兄，莊肅皇后為皇嫂。
借南京太廟火災推動廟制改革，歷經十年於太廟騰出空位明朝太廟始建於元朝至正二十六年（1366年）十二月，初建時採用的是“都宮別殿制”，即一帝一廟。後朱元璋感覺太廟所在地“地勢少偏”，遂於洪武八年（1375年）改建，改建後的太廟採用“同堂異室制”，即一廟多帝。朱棣遷都北京後，又於北京興建新的太廟，同樣採用“同堂異室制”，明朝開始變為南京、北京雙廟制。
早在嘉慶三年（1524年）三月，“大禮儀之爭”尚未塵埃落定之時，南京刑部主事桂萼便曾上書請為興獻帝立別廟，次月吏部員外郎方獻夫也同樣上書。雖然兩人的提議遭到絕大多數大臣反對，但朱厚熜卻藉此在奉先殿修建了一間西空室，定名觀德殿，追尊父親為本生皇考恭穆獻皇帝，並將其神位供奉其中。
嘉靖四年（1525年），升任光祿寺丞的何淵為表忠心，又上書請求立世室，崇祀皇考於太廟。意思是說可以為獻皇帝立世室，直接位列在始祖之下，百世不祧，此舉雖早在周朝便已出現，但那是因為周文王和周武王貢獻極大，人家屬於名正言順，你朱佑杬一天皇帝沒做過，哪來的這個資格？
於是，此提議立即遭到滿朝文武的反對，就連張璁、桂萼、席書等人也紛紛反對，嘉靖帝眼看沒人支援自己，只好委屈的表示願意退讓一步，君臣這才達成共識。嘉靖四年（1525年）五月，朱厚熜下令於太廟外的環碧殿舊址上興建獻帝廟，取名“世廟”，並修《獻皇帝實錄》。
嘉靖帝眼看父親短期內想要進入太廟有點難，於是便轉而求其次，想要先在太廟中騰出一個空位。要知道，明朝太廟雖然有九個位置，但在朱厚熜即位之時，其中已經供奉著德祖朱百六、太祖朱元璋、太宗朱棣、仁宗朱高熾、宣宗朱瞻基、英宗朱祁鎮、憲宗朱見深、孝宗朱佑樘、武宗朱厚照九位帝王神主，裡面根本沒有空位。
△朱厚熜即位時太廟神主已滿
嘉靖十年（1531年）正月，“（嘉靖）帝以廟祀更定，告於太廟、世廟並祧廟三主。遷德祖神主於祧廟，奉安太祖神主於寢殿正中，遂以序進遷七宗神位”。他以為太祖朱元璋正位為藉口，將德祖朱百六的神位遷入了祧廟，從而使得太廟空出了一個位置，此舉也算是名正言順，因此並未遭到太多人的反對，得以順利實施。
緊接著，朱厚熜為了不讓父親的獻帝廟看起來太過尷尬，又下令將廟制恢復到“都宮別殿制”，雖然此舉因大臣的反對一度擱置。但在嘉靖十三年（1534年）六月，南京太廟起火焚燬，朱厚熜藉機下令不再修建南京太廟，進而下令在北京營建新的太廟，大臣們這下無話可說，只好表示同意。於是，朱厚熜欽定廟制：太祖廟居中，太宗居左，立文祖世室，太宗之下另立三昭廟；太祖之右為三穆廟，並在太祖廟寢後建祧廟，以奉祧主。
△德祖朱百六遷祧後已空出一位
如此一來，每個皇帝都享有單獨一廟，朱厚熜他爹獻帝那個單獨的世廟就顯得不突兀了。之後，他又以避諱朱棣的“世室”為由，下詔改世廟為獻皇帝廟，又以避渠道為藉口，把獻皇帝廟遷居新址，使其距離太廟更近，看起來渾然一體。
又借北京太廟火災恢復廟制，歷經二十四年終於大功告成完成以上操作後，朱厚熜倒是消停了幾年，但到了嘉靖十七年（1538年）四月，已經致仕的揚州府同知豐坊卻又上書，表示應該“復古禮，建明堂。加尊皇考獻皇帝廟號稱宗，以配上帝”，意思是應該為興獻帝上廟號，享受後人祭祀。
明堂和郊祀乃是古代極為重要的兩個祭祀活動，按理郊祀是祭老祖宗朱元璋的，而明堂祭祀按周禮則是祭祀太宗的，不過在漢、宋、唐時都有皇帝祭祀自己父親代替太宗的先例。然而，還不等朱厚熜高興，朝野上下聽說後便是一陣譁然，嘉靖帝無奈之下便去求助嚴嵩，誰知嚴嵩也是不置可否。
還沒等朱厚熜找到人支援自己，戶部侍郎唐胄卻直接跳出來明確反對，更是指責嘉靖帝放著周禮不學，偏偏跑去學漢唐宋亂七八糟的東西。朱厚熜一聽就火冒三丈，直接將唐胄下了大牢，還親自寫了一篇《明堂或問》，表示自己決心已定。
有了唐胄這個教訓，這下沒人敢反對了，於是朱厚熜於同年九月，追尊自己的父親為“睿宗”，不過此時的興獻帝還不能享受單間待遇，而只是和兄弟朱佑樘擠在一起。可是如此一來，明太宗朱棣豈不是享受不到祭祀了？朱厚熜自然不會虧待自己這一脈的祖宗，他在《明堂或問》中明確表示：朱棣功兼創守、再造社稷，應該也稱祖，不僅在太廟中“萬世不祧”，還應該和太祖朱元璋一起，二祖並列享受郊祀。這才是朱棣廟號從太宗變為成祖的原因，而並非網傳的太廟騰位置。
到了嘉靖二十年（1541年）四月，北京太廟竟然也被大火焚燬，大火從仁宗廟開始燒起，群廟全部燒燬，唯獨睿宗一室留存。藉此，朱厚熜又站出來表示，之所以會燃起大火，就是祖宗們不願分開，因此重修太廟時便又恢復了“同堂異室制”。
嘉靖二十四年（1545年）六月，新太廟建成，朱厚熜又下令廷議神主擺放次序，禮部尚書張璧便提出，應該按照之前的位次拜訪，睿宗和孝宗並立於三穆，待將來遷祧時，孝宗遷入祧廟，睿宗遷回自己的獻皇帝廟中便可。
△太廟神主最終擺放位次
朱厚熜一聽就火大了，好傢伙，我這辛辛苦苦二十四年，要照你這麼做，那豈不是白忙活了？他不但立即就否決了這個提議，而且大罵禮臣毫無竭忠任事之誠。眼看大臣們不配合，朱厚熜只好自己出面，在新太廟竣工之前，親自制定廟議，“既無昭穆，亦無世次，只序倫理。太祖居中，左四序成、宣、憲、睿，右四序仁、英、孝、武。”歷經二十四載，朱厚熜終於給父親在太廟中爭取到了一個位置。
朱厚熜將父親升祔太廟，真的只是為了盡孝嗎？關於這個問題，個人認為盡孝或許是一方面原因，但應該並非全部原因，他應該還有一個更深層次的目的，那便是重新確立皇帝權威。
我們知道，明朝的文官有一個典型特點，那便是不怕打、不怕死，一向以死諫為榮，以挨廷杖為榮，以據死力爭為榮，似乎不這麼做，就無法體現出他們無比崇高的文人氣節。
如果說是在朝政大事上，這麼做倒也無可厚非，但這些大臣喜歡的偏偏就是揪住小事不放，尤其是對皇帝的衣食住行，干涉極多。皇帝上朝晚了不行，更換衣服勤了不行，吃飯鋪張不行，出宮不行，玩樂不行……如此一來，大臣們固然落了個好名聲，可皇帝卻是難以忍受。
明孝宗朱佑樘在位期間，極為善待大臣，也相對較為自律，因而對於大臣們的建議倒還能夠聽的進去，但到了明武宗朱厚照在位期間，這位皇帝本來就是我行我素，再加上重用武將的原因，導致與文臣之間的矛盾極深，而這也是明武宗朱厚照在歷史上聲名狼藉的一個重要原因。
其中一個典型事例，便是正德十二年（1517年）的“應州大捷”，朱厚照率領數萬軍隊與蒙古軍隊於應州大戰數日，取得應州大捷，朱厚照本人甚至親自手刃一人。然而，就因為朱厚照出兵時與大臣決裂，結果朝臣們根本不承認，《明史·明武宗本紀》中只有“甲辰，小王子犯陽和，掠應州。丁未，親督諸軍御之，戰五日。辛亥，寇引去，駐蹕大同”寥寥數語的記載。而在《武宗實錄》中，這場雙方投入近十萬軍隊，激戰五日的戰役，竟然只取得了“蒙古軍隊陣亡十六人，明軍陣亡五十二人”的戰果，這個數字不僅讓人難以相信，而且看上去明軍竟然更像是戰敗的一方。文臣們的態度讓武宗極為失望，心灰意冷之下，宣佈自己輟朝十日。
更為重要的是，明武宗朱厚照的死因，至今也是不明不白。因此，朱厚熜即位之後，為了擺脫傀儡的命運，就必須與朝臣進行抗爭。事實上，在長達三年的“大禮儀之爭”中，包括內閣首輔楊廷和在內的大量重臣被罷免，雖然一定程度激化了君臣矛盾，但皇帝的權威卻也一定程度得以確立。
事實上，在這場長達二十四年的君臣博弈中，朱厚熜不僅成功讓父親升祔太廟，而且也確立了自己的絕對權威，這點從他後來二十多年不上朝，卻仍然能夠將朝政掌握在手中，便能夠窺探一二。