靈活就業醫療保險和職工醫療保險的區別主要有：

1、繳費基數不同。

靈活就業人員參加醫療保險的繳費基數一般為當地上年度在崗職工年平均工資60%；職工參加醫保的繳費基數為職工月工資總額。

2、參保物件不同。

靈活就業人員的參保物件為未在用人單位參加職工基本醫療保險的非全日制從業人員及其他靈活就業人員；就業年齡範圍內無僱工的個體工商戶等；

職工醫療保險的參保物件為城鎮在職職工及單位退休職工。

3、繳費的方式不同。

靈活就業人員醫保由靈活就業人員自已按一定的基數和比例全額繳納，可以選擇按月繳納，也可以選擇按年繳納；

職工醫療保險由單位和職工共同繳納，一般情況下是按月繳納。

4、繳費比例不同。

靈活就業人員繳費比例，有兩種可供選擇。根據各地標準，比如按照瀋陽標準，可以選擇10%的比例，也可以選擇6.8%的比例。

職工醫療保險繳費比例是單位繳納6%左右，職工個人繳納2%左右（各省市的靈活就業人員醫療保險繳費比例政策有所差異）。

5、基金賬戶劃分方式不同。

靈活就業人員醫保，以瀋陽為例，選擇按10%比例繳納的，可以設立個人賬戶，每月有基金劃入個人賬戶；按6.8%繳納的，則不設個人賬戶，沒有基金劃入；

職工醫療保險有個人賬戶，職工個人繳納的基本醫療保險費，全部計入個人帳戶。用人單位繳納的基本醫療保險費分為兩部分，一部分用於建立統籌基金，一部分劃入個人帳戶。