《京四郎和永遠的天空》描繪了人類最大危機“大崩壞”10年後的世界。舞臺位於復興後的標誌性巨型學院都市“阿加德米亞”。正享受著學生生活的女高中生“白鳥空”漸漸地感到了一種莫名的空虛。對於自己一成不變的生活，產生了迷惘，而且時常會做同樣的夢——夢見前來迎接自己的白馬王子。然而就在一次校園活動中，在她的面前竟出現了那個不止一次出現在夢裡的“白馬王子”――綾小路京四郎。更不可思議的是，京四郎竟對著空說出了和夢中同樣的話“讓我們……一起走吧！”，絕壯的愛情故事就此轟轟烈烈的展開……

那是一所位於瑞士、全世界人都向往的貴族高中學校!沒有惡劣的學生,教學裝置先進,教師一流,想要進去的,就必須透過全國最難的考試,即使你有錢,過不了考試,都不能進去讀書。然而,一萬人考試,能進去的,只有三千人。可以考到的,都是精英中的精英。 這間學校之所以千年以來都一直完好無損,全是因為學校的某一個地方隱藏著一塊水晶石,它是一塊聚集千年靈氣的聖石,傳說中只要有了它,就可以許三個願望。千年前,Sky學院的創始人得到水晶石,許下了要永遠保護Sky學院的願望,所以,現在的水晶石,只剩下兩個願望。但沒有人知道水晶石隱藏在Sky學院的哪一處。 然而,千年之後的今天,水晶石——終於要有危險了。而傳說中的Love社團,神秘莫測。沒有知道社團裡的人是怎麼樣的,到底是什麼身份。唯一知道的,就是不管多大的事情,她們都可以擺平……