這些汗國或帝國都存在一些血緣、領地的傳承關係。

察合臺汗國（Chagatai Khanate）是一切的根源，它是成吉思汗分給兒子察合臺的領地。東察合臺汗國、西察合臺汗國的祖先源頭都是察合臺汗國。

由於汗權日益衰弱，察合臺汗國走向分裂。1346年，察合臺汗國的合贊汗被河中地區的巴魯剌思部貴族合扎罕所弒；合扎罕擁立察合臺的五世孫答失蠻察（Danishmendji）為汗，開創了西察合臺汗國。

與西察合臺汗國相對立的敵人，主要是以朵豁剌惕部為代表的貴族，他們選擇擁立察合臺的六世孫禿黑魯帖木兒（Tughlugh Timur）為汗，開創了東察合臺汗國。

西察合臺汗國很快就被巴魯剌思家族所徹底取代。帖木兒（Timur）來自巴魯剌思部，在1370年正式建立帖木兒帝國。帖木兒本人曾迎娶東察合臺汗國的黑的兒火者汗之女為妻，透過黃金家族女婿的身份獲得了政權的合法性 。

後來，帖木兒帝國在1507年被烏茲別克汗國的穆罕默德·昔班尼所滅，帖木兒的後裔巴布林於1526年南下入侵印度，並建立莫臥兒帝國。

最後說說葉爾羌汗國。葉爾羌汗國的王室都是東察合臺汗國的後裔。在禿黑魯帖木兒去世後，東察合臺汗國幾經分裂。等到汗位傳到羽奴思（Yunus Khan）的子孫時，汗國分為薩義德（Sultan Said Khan）的葉爾羌汗國，以及速檀滿速兒（Mansur Khan）的吐魯番汗國。後者最終衰落，整個西域被葉爾羌汗國的阿不都克里木（Abdul Karim）所統一。

察合臺汗國為母國，孿生出東、西察合臺汗國；東察合臺汗國演變為葉爾羌汗國，西察合臺汗國發展為帖木兒王朝；莫臥兒王朝非察合臺系列。

一、察合臺汗國

察合臺汗國為蒙古四大汗國之一，是成吉思汗次子察合臺的封地。汗國統治中亞地區，最初僅有西遼故地，1310年合併窩闊臺的封地；最盛時，疆域東至吐魯番、羅布泊，西及阿姆河，北到塔爾巴哈台山，南越興都庫什山，與蒙古高原和中原漢地緊密相連。東部地區居民主要為畏兀兒（維吾爾族在元代的稱呼）人，西部為突厥語系各族，居民大多數信仰伊斯蘭教，部分崇奉佛教與基督教。察合臺家屬及其所屬蒙古軍，主要居住在牧區；農耕區及城市由蒙古大汗直接委任官員治理。汗庭最初設於阿力麻裡（今新疆霍城縣水定鎮西北）。1268年，西北諸王在塔剌思舉行反忽必烈大會後，脫離蒙古大汗的直接控制。察合臺五世孫怯伯（別）在位時（1318—1326），居中亞河中之地，建都那黑沙不（今烏茲別克卡希爾），汗國中心暫時轉移至中亞農業區。怯伯之弟答兒麻失裡在位時（1331—1334），前可汗篤來帖木兒（1330—1331在位）之子不讚發動起義，擒殺答兒麻失裡，從而汗國的中心又轉移至伊犁河谷。此後不久，汗國走向分裂，各地貴族紛紛割據自雄，自選可汗。1347年，合贊算端汗在與大臣合扎罕的戰爭中被殺，此後繼立的察合臺汗成為諸侯的附庸，各部也競相選立傀儡可汗，使察合臺汗國分裂為東、西二部（察合臺汗國分裂，有1321年左右、1334年及1347年幾說）。

二、東察合臺汗國

1348年，控制今南疆地區的禿忽剌氏貴族宣佈禿忽魯帖木兒是前可汗也先不花之子，遂擁立為汗，是為別失八里（蒙兀兒斯坦）第一任可汗。禿忽魯帖木兒致力於察合臺汗國的重新統一，經過多年努力，汗國基本恢復統一。1362年，禿忽魯帖木兒去世後，其後裔仍保有東察合臺汗國的汗位。明初，禿忽魯帖木兒孫居於別失八里，明成祖永樂十六年（1418），可汗歪思西遷亦力把裡（為蒙兀兒斯坦汗國後期都城，今新疆伊寧縣一帶），故明代亦稱其國號為亦力把裡。改稱亦力把裡的東察合臺汗國同明朝保持著密切關係。1428年歪思汗死，子也先不花繼位，此為也先不花第二；1445年，也先不花第二去世。也先不花第二之兄羽奴思在帖木兒王朝支援下，於1456年佔據亦力把裡西部地區，於是亦力把裡國分裂為東、西兩個部分。羽奴思汗在位後期，遊牧的蒙古貴族反對他轉向城市生活，擁立其次子速檀·阿黑麻為汗。這樣，羽奴思的西部汗國也一分為二：兒子速檀·阿黑麻在東，老爹羽奴思在西。1487年羽奴思死，其長子速檀·馬哈木汗繼位；十年後被布哈拉汗國的昔班尼汗殺死。也先不花第二死後，其子篤思忒·馬黑麻汗及其孫怯伯·速檀·烏黑闌的勢力越來越衰落。羽奴思汗的次子速檀·阿黑麻汗趁機崛起，統治了從阿克蘇以東直至吐魯番的東部地區，以吐魯番為首府。阿黑麻去世後，其長子速檀·滿速兒繼位，佔據了明朝的哈密衛（今新疆哈密市），控制了中西陸上交通的咽喉之地，壟斷貢市之利。速檀·阿黑麻三兒子速檀·賽德於1514年佔據喀什噶爾，接著又攻佔葉爾羌（今新疆莎車縣）、和田等地，統治了新疆天山南路的西部地區，與東部的哥哥滿速兒汗分庭抗禮。

三、西察合臺汗國

合贊算端死後，合扎罕控制了汗國西部。禿忽魯帖木兒逝世後，巴魯剌氏貴族帖木兒的勢力迅速發展起來，陸續兼併各部諸侯，自稱算端，不斷向外擴張。1370年，西察合臺汗國為帖木兒王朝所滅。

四、葉爾羌汗國

1514年六月，速檀·賽德登上汗位，建都葉爾羌，建立葉爾羌汗國。自此察合臺後裔在新疆地區的統治，由亦力把裡時期開始向葉爾羌汗國過渡。1516年，弟弟賽德汗主動同哥哥滿速兒和解，雙方會晤，弟弟向哥哥稱臣。1533年七月，賽德汗故去，子拉失德繼位；再傳至阿布都克里木汗時，他將吐魯番、哈密納入葉爾羌王朝統治之下，結束了東察合臺汗國東、西二部長期分裂的局面。

1644年，大明王朝滅亡後，葉爾羌汗國向清朝朝貢。葉爾羌汗國後期陷入嚴重的教派鬥爭中，伊斯蘭教黑山派、白山派矛盾日趨尖銳，甚至發生血腥廝殺。1670年，黑山派擁立伊思瑪業勒為葉爾羌汗。該可汗鎮壓白山派，白山派首領逃往西藏，後假借五世達賴介紹的名義，前往準噶爾勾結噶爾丹汗。康熙十七年（1678），噶爾丹入侵葉爾羌，俘獲伊思瑪業勒汗及其家族，另立阿帕克和卓為傀儡國王。葉爾羌汗國亡，察合臺後裔在新疆長達四個半世紀的統治宣告徹底結束。

五、帖木兒汗國

帖木兒為中亞帖木兒王朝的奠基人，1336年生於撒馬爾罕以南的謁石（今沙赫裡夏勃茲），其父為突厥化的蒙古巴魯拉思部首領。1360年，蒙兀兒斯坦的察合臺汗國禿忽魯帖木兒平定河中府（今烏茲別克撒馬爾罕），命其子也裡牙思火者為河中都督，同時任命帖木兒為兒子的參贊。不久，帖木兒逃走，會同親屬忽辛起兵反抗外來者。1362年右腿因傷致殘，故又稱瘸子帖木兒。1364年，帖木兒打敗並驅逐河中的蒙兀兒統治者。1370年，帖木兒殺其同盟者忽辛，滅西察合臺汗國，成為河中的最高統治者，自稱大埃米爾，建都撒馬爾罕。其後，帖木兒東攻察合臺汗國，征服花剌子模、伊兒汗王朝、阿富汗，而後北上進攻金帳汗國，復南侵印度，焚新德里，西征敘利亞、小亞細亞，大敗奧斯曼帝國，俘獲其蘇丹拜牙（即巴耶塞特一世），建立起一個僅次於蒙古的大帝國。1404年，帖木兒自撒馬爾罕出發東進，準備東侵大明王朝，途中，病故於訛答拉（奇姆肯特）軍中。

帖木兒在世時，將領土分給了子孫，並指定其長子只罕傑兒之子皮兒·馬黑麻為王位接班人。帖木兒去世後，其後裔立即開始了王位爭奪戰。幾經骨肉相殘，帖木兒四兒子沙哈魯進軍河中，奪取了帖木兒王位；原帖木兒王朝的所有領土，除西波斯以外，皆由沙哈魯統一起來。不久，西波斯的帖木兒後裔為黑羊王朝所滅，而沙哈魯所建立的王朝則享國較久。沙哈魯去世後，帖木兒王朝大亂，又陷入爭位戰中。最後，河中的政權落入米蘭沙之孫卜撒因手中；呼羅珊地區則被帖木兒次子的後裔速檀·胡先·拜卡爾所佔據，沙哈魯的帖木兒王朝遂分裂為二。而最終的勝利者則是昔班尼汗。昔班尼汗率領烏茲別克人南下，1501年，滅河中帖木兒王朝；1507年，滅呼羅珊帖木兒王朝。河中地區形成了由烏茲別克人建立的中亞諸汗國。

六、莫臥兒王朝

莫臥兒王朝是1526年興起於印度半島北部的伊斯蘭教國家。建立者原名查希爾—烏德—丁·穆罕默德，綽號巴布林，一作巴卑爾，蒙古語“老虎”之意。莫臥兒一詞系蒙古的轉音，因王朝建立者巴布林自稱為蒙古人，故史稱其王朝為莫臥兒王朝。

1526年，中亞封建主蒙古—突厥後裔巴布林入侵印度。在第一次帕尼巴特戰役中戰勝洛迪蘇丹，巴布林自稱為印度斯坦皇帝，標誌著莫臥兒王朝統治印度的開始。其後，巴布林又經過1627年的坎努戰役和1529年的戈格拉戰役，統一了北印度。1530年，胡馬雍繼位。1540年，胡馬雍在曲女城戰役中被比哈爾阿富汗酋長舍爾沙擊敗，流亡波斯與阿富汗，莫臥兒王朝在印度的統治暫告中斷。1555年，胡馬雍東山再起，重徵印度平原，佔領了德里和阿格拉，恢復了莫臥兒王朝對印度的統治。到查罕傑（1605年—1627年在位）和沙·賈漢（1627年—1650年在位）時代，莫臥兒王朝國勢日盛。奧朗則布統治時期，向南印度進行軍事擴張，王朝版圖幾乎囊括將整個南亞次大陸。但他強制推行政教合一的政治體制，並恢復對印度教臣民迫害的政策，因而引起拉傑普特封建主、錫克教徒及馬拉特人的激烈反抗。奧朗則布死後，各省總督紛紛獨立割據，莫臥兒王朝陷入四分五裂中。1740——1761年期間，德里的莫臥兒皇帝先後成為入侵印度的波斯人、阿富汗人及馬拉特封建王公的傀儡，莫臥兒王朝名存實亡。1764年，莫臥兒皇帝阿拉姆沙在布克薩爾戰役中投降英國東印度公司，莫臥兒王朝淪為英國殖民者的附庸，名義上存在到1858年。1857年，印度民族大起義爆發，末代統治者巴哈杜爾·沙二世為英國所廢，莫臥兒王朝終結。

（察合臺汗國）

而在後來，察合臺汗都哇還與窩闊臺汗海都聯合，與元世祖忽必烈以及元成宗鐵穆耳打了30多年仗，一直到海都死後才作罷。而在此之後，察合臺汗國又幾次和元朝夾擊窩闊臺汗國，最終在公元1310年將其滅亡，並佔據了其大部分領土。但之後察合臺汗也先不花又和東面的元朝和西面的伊兒汗國同時開戰，但最終戰敗，汗國實力受到削弱。

（東西察合臺汗國形勢）

到公元1320年前後，察合臺汗怯別在汗國西部定都，開始明顯突厥化，並不再定期巡視汗國東部，察合臺汗國開始分化。之後的察合臺汗很快皈依伊斯蘭教，在東部仍然保持蒙古傳統的部落區引發叛亂。到1346年之後，西察合臺汗國被突厥貴族所控制，察合臺汗成為傀儡。而東察合臺汗國不願接受突厥人統治，又從蒙古本部找來了一個察合臺後裔禿忽魯帖木兒立為大汗，兩個汗國正式形成。當然汗國分化初期似乎是因為是否接受伊斯蘭教的分歧，但在東察合臺汗國成立之後，也迅速伊斯蘭化，所以後期的分歧其實主要是蒙古化突厥人和突厥化蒙古人之間的分歧了。

（東察合臺的衰落與葉爾羌的崛起）

而之後這兩個汗國就分別發展，東察合臺汗國末期大量察合臺後裔在不同地區自立，建立了好幾個小汗國，察合臺汗的權威完全消失，後來只是統治吐魯番周圍地區，他的汗國被被改稱為吐魯番汗國。其中一個東察合臺汗的後裔賽德在公元1514年在今天的喀什附近建立了葉爾羌汗國，之後葉爾羌汗國先後滅亡了周邊幾個更小的汗國。並在公元1570年俘虜了最後一位吐魯番汗馬速，東察合臺汗國正式滅亡，葉爾羌汗國收攏了相當部分的東察合臺故地，直到公元1700年前後被準噶爾部滅亡。

（葉爾羌汗國）

葉爾羌汗國的滅亡宣告了東察合臺汗國的滅亡，而在西察合臺汗國，則事實上存在著兩個滅亡時間。因為在公元1370年，西察合臺汗國境內的軍閥帖木兒就將西察合臺汗合不勒沙處死，自立為蘇丹，所以其實當時西察合臺汗國就已經被帖木兒汗國取代了。

但因為之前西察合臺汗就已經長期是突厥人的傀儡，所以帖木兒在後來還是按照這個傳統，繼續立了兩個察合臺汗。直到公元1402年，在最後一個西察合臺汗麻哈沒的死後，帖木兒汗國不再立察合臺汗，西察合臺汗國算是正式滅亡了。

（帖木兒汗國鼎盛期）

而帖木兒這個人的身份其實到現在也不確定。因為他自己宣稱是蒙古巴魯刺思部落的後裔，但外界始終對他的這個身份很懷疑。而後來在蘇聯時期，當時位於蘇聯境內的帖木兒墓曾經被蘇聯考古學者進行考察，對其遺骨進行DNA鑑定後認為他的父系基本都是突厥人，只是母親有一些蒙古血統。但不管怎麼樣，帖木兒確實是世界歷史上最後一位曾經震動歐亞的草原征服者了。他在西方曾經多次擊敗奧斯曼帝國和金帳汗國，幾乎統一了除了元朝故地之外的蒙古帝國故地。而在這之後，他又以完全統一蒙古帝國故地為理由，發兵征討明朝。只是在出征途中病死。因為他的征服行動曾經震動歐亞非許多國家，因此他在西方也曾被稱為“世界征服者”。

不過帖木兒汗國在帖木兒本人死後也很快爆發內戰，並迅速衰落。在差不多一百年之後的公元16世紀初，帖木兒汗國被烏茲別克人滅亡，他的後裔巴布林成為了在中亞地區四處遊蕩的流亡軍閥。但在公元1504年，巴布林趁阿富汗地區內亂，在今天阿富汗首都喀布林附近建立了一個小王朝，得到了暫時的喘息。

（莫臥兒帝國鼎盛期）

差不多20年之後，巴布林看到了當時統治印度的另一個突厥人王朝德里蘇丹國的虛弱，遂率領1.2萬人的軍隊南征印度，結果大敗德里蘇丹國的10萬大軍，滅亡了德里蘇丹國。在印度地區建立了莫臥兒王朝。他給自己的新王朝取這個名字一是因為帖木兒自稱蒙古人，而莫臥兒的意思就是蒙古；二是因為在帖木兒之後，帖木兒家族幾乎世代與察合臺貴族聯姻，所以其實巴布林的蒙古血統是比帖木兒更多的。