秦嶺-淮河以南的河流受氣候的影響，河流徑流量大，水量豐富，汛期較長，由於地表植被覆蓋率高，導致河流含沙量小，南方地區冬季氣溫在0℃以上，河流普遍不結冰．

秦嶺的隆起地形還表現在對降水的影響上，往往使得溼潤氣團的水分在山地的迎風坡大量成為降水，背風坡卻變得異常乾燥，由於受夏季風的影響，秦嶺有阻擋南來水汽的作用，溼潤的海洋氣團不能深入西北腹地，造成其南北降水量顯著不同，全區降水量在700～1 000 mm，一般是南多北少，山地多，谷、盆地少。在秦嶺西部甘肅境內和甘陝毗鄰地區，年降水量最少，

秦嶺山脈位於中國大陸版圖的中心地帶，區域內植被茂密、河流眾多，是中國多條重要河流的發源地。秦嶺不僅是長江與黃河的分水嶺，還為這兩條中國大地上最重要的江河提供了源源不斷的水源。

秦嶺的水資源究竟有多豐富？從大的方面說，有渭河、嘉陵江和漢江，這些水域都是被人所熟知的。渭河，古稱渭水，是黃河的最大支流，發源於西秦嶺北支甘肅省的鳥鼠山，全長810公里。渭河滋潤的關中平原一直是中國最富饒的農耕地區之一。

不僅如此，秦嶺山區裡大大小小的河流交織流淌，成為黃河最大支流渭河和長江最大支流漢江的發源地。就在秦嶺北麓的河流澆灌著富饒的秦川時，在秦嶺南麓，漢江水則與丹江交匯攜手，沿著數千裡南水北調的中線一路北上，作為國家戰略性工程，雖然南水北調丹江口水庫在湖北，但總庫容量的70%正是來自秦嶺之水。水引到華北平原以後，滋潤了河南、河北、北京和天津四個省市，有效解決這些地區水資源的短缺問題。