檢疫處理的程式：檢疫處理的方法大體上有四種，即退回、銷燬、除害和隔離檢疫。執法部門根據進出境或貨物調運的具體要求和疫情不同，採取適當的方法處理。檢疫處理所需費用及後果均由貨主承擔。

在執行植物檢疫時，遇到下列疫情時應退回或銷燬：①事先未辦理進境審批手續，現場又被查出有禁止或限制進境的有害生物的；②雖然已辦理了審批手續，現場檢出有禁止進境的有害生物，但沒有有效或徹底的殺滅方法；③或者危害已很嚴重，貨物已失去使用價值。

當植物種苗或植物產品上發現了有害生物，有條件可以殺死或除害時，或者帶有一般性害蟲或病害時，採取除害處理，常用的方法有燻蒸、高溫處理或冰凍處理等。有時可採用異地卸貨、異地加工或改變用途等方法使之無害化。

隔離檢疫是將植物種苗移放在隔離場圃中培養，經過一個生長週期的觀察，再決定進一步處理方法。

在檢疫檢驗中，一旦發現疫情需作檢疫處理的要立即發出貨物不合格通知，讓貨主知道，同時簽發處理通知單，再行處理。

在退貨、銷燬、隔離和除害處理這四種方法中，除害處理是主體，常用的是物理除害和化學處理兩類。機械處理、溫熱處理、微波或射線處理等，屬物理學方法；藥物燻蒸、浸泡等屬化學方法。

在出境物檢疫時，同樣也應嚴格把關，凡經檢疫後發現不符合進口國要求的貨物，實行退貨或經除害處理後才能簽證。