這幅創作於1503年左右的畫作據說是佛羅倫薩布商弗朗西斯科·德爾·焦孔多（Francesco del Giocondo）的妻子麗莎·格拉爾迪尼（Lisa Gherardini）的肖像。它可能是為了紀念兩件事中的一件——焦孔多和他的妻子在1503年買了房子；他們的第二個兒子安德里亞在女兒夭折後，於1502年12月出生。
這幅畫的主題是天使加百列向聖母瑪利亞告知她將受聖靈感孕而即將生下耶穌的故事。1867年，這幅畫被從佛羅倫薩聖羅撒堂外的聖巴爾託羅教堂帶到了烏菲齊美術館。目前還不清楚它最初是被放置在哪裡，也不知道是誰委託創作的。它被普遍認為是達·芬奇年輕時的作品之一，當時他還在安德烈·德爾·韋羅基奧（Andrea del Verrocchio）的畫室裡工作。他在畫中模仿了韋羅基奧的一項發明：講壇的形狀，其靈感來自佛羅倫薩聖洛倫佐教堂的“痛風者”皮耶羅·迪·科西莫·德·美第奇的墳墓。
達·芬奇留存下來的畫作（壁畫、油畫和獨立素描）相比其他大師而言，數量非常少。目前全球普遍認同是他真跡的作品不足20件。除了如今下落不明、仍存爭議的《救世主》外，有共計15件油畫被世界各地的博物館所收藏；此外，倫敦國家美術館、法國盧浮宮博物館以及義大利帕爾馬國家美術館還分別藏有三張素描肖像：《聖母子與聖安妮、施洗者聖約翰》《伊莎貝拉·德·埃斯特肖像》以及《女子頭像》。
巖間聖母（盧浮宮版）
法國巴黎盧浮宮博物館
《蒙娜麗莎》（Mona Lisa）
這幅創作於1503年左右的畫作據說是佛羅倫薩布商弗朗西斯科·德爾·焦孔多（Francesco del Giocondo）的妻子麗莎·格拉爾迪尼（Lisa Gherardini）的肖像。它可能是為了紀念兩件事中的一件——焦孔多和他的妻子在1503年買了房子；他們的第二個兒子安德里亞在女兒夭折後，於1502年12月出生。
覆蓋在蒙娜麗莎頭髮上的黑色面紗曾經被認為是一種哀悼面紗。事實上在那個時期的佛羅倫薩，這樣的面紗通常被作為美德的標誌。她的衣著也很普通，並沒有作為貴族身份的象徵。然而達·芬奇沒有將這幅肖像交給委託人，而是帶到了法國。在他死後，這幅畫成為了法國國王弗朗索瓦一世的收藏。
《巖間聖母》（The Virgin of the Rocks，盧浮宮版）
達·芬奇的《巖間聖母》有兩個版本，一幅收藏於盧浮宮，另一幅則存於倫敦國立美術館。盧浮宮這一幅屬於相對早期的版本，作於1483至1486年。有人認為因為委託人並不十分滿意這幅畫作，所以在1500至1503年左右被路易十二獲得。
《巖間聖母》（盧浮宮版）是達·芬奇已知的第一幅在米蘭創作的畫作，在風格上與他在佛羅倫薩逗留末期創作的作品有相似之處，比如《三博士來朝》和《荒野中的聖傑羅姆》，但其美學概念得到了發展。嚴格有序的金字塔形狀構圖並不妨礙人物的運動，而人物精心編排的手勢在漫射光下呈現出一種新的強度，這種強度在不削弱人物造型的前提下，使輪廓變得更加柔和。
《施洗者聖約翰》（St.John the Baptist）
《施洗者聖約翰》創作於1513至1516年間，當時正值文藝復興的鼎盛時期，通常被認為是達·芬奇的最後一幅繪畫作品。許多人對這部作品持批評態度，認為達·芬奇令人不安地將一個憔悴而暴躁的人物形象，描繪得似乎雌雄同體。他手臂彎曲在胸前，手指伸向天空，臉上掛著神秘的微笑，這個微笑正如蒙娜麗莎的微笑一樣，常見於達·芬奇其他許多畫作中。指向天堂的手指也經常出現在達·芬奇的作品中，象徵著基督的降臨。
聖母子與聖安妮
《聖母子與聖安妮》（The Virgin and Child with Saint Anne）
這幅畫很可能是為了慶祝法王路易十二女兒的出生而委託聖安妮教堂創作的，但達·芬奇在這幅畫上花了太長時間，直到1519年他去世的時候，他仍舊在繼續繪製這幅創作了20年的畫像。實際上，自1517年這幅畫出現在達·芬奇的工作室後，就再也沒有人把它交給路易十二。這幅畫很有可能是弗朗索瓦一世從達·芬奇的助手那裡以相當一大筆錢購得的。
“聖母子與聖安妮”一直是畫家們喜歡的主題，但通常他們的表現方式都非常靜態，而在這幅畫中，三個角色都充滿韻律和情感。這是達·芬奇對人物構圖進行實驗的一個很好的例子，極大地啟發了下一代藝術家，被認為是西方藝術最珍貴的傑作之一。
美麗的費隆妮葉夫人
《美麗的費隆妮葉夫人》（La Belle Ferronnière）
這幅畫是在1495年左右完成的。一個普遍的觀點認為這幅畫中的人物是米蘭公爵盧多維科·斯福爾扎（Ludovico Sforza）的第二任情婦魯克雷齊婭·克里韋利（Lucrezia Crivelli）。他的第一任情婦則是達·芬奇另一幅畫作《抱銀貂的女子》中的主人公。
關於這幅畫作是不是達·芬奇的真跡仍有爭議。畫中人物的姿勢比較僵硬，這對達·芬奇來說並不尋常，而且這個女人的五官比他肖像畫中通常看到的更厚更重。但那些贊成這幅畫是達·芬奇真跡的人指出，她肩膀上打結的絲帶和脖子上的繩子確實很像他的風格。盧浮宮方面認為這幅畫是達·芬奇在米蘭求學時所作。它的繪畫技巧和《抱銀貂的女子》幾乎一致。
義大利米蘭聖瑪利亞修道院
《最後的晚餐》（Last Supper）
這幅高4.6米、寬8.8米的大型壁畫被繪製在聖瑪利亞修道院餐廳北面牆壁上。達·芬奇於1495年或1496年開始著手這幅壁畫的繪製工作，並於1498年完成。
達·芬奇在創作這幅作品時，放棄了傳統的溼壁畫繪製法，採用新的溶劑調和方法，用油彩和蛋彩在乾燥的牆面上直接作畫。這是一種創新的嘗試，但並不利於壁畫長久儲存，成為導致壁畫最終惡化的主要原因。這幅壁畫經過了多次修復，最近的一次修復是在1999年完成的，當時使用了幾種科學方法儘可能地還原原始顏色，並消除了之前修複壁畫時使用的顏料痕跡。
義大利米蘭安波羅修美術館
《音樂家肖像》（Portrait of a Musician）
直到1904年，人們才在畫作下面發現手和樂譜，正是這些賦予了這幅畫現在的名字。自這一發現以來，人們也在努力辨認畫作中所描繪的人物是誰。在那個時期，米蘭有兩位重要的宮廷音樂家：法朗基諾·加甫里奧（1451～1522）和喬斯坎·德·普雷斯（約1450～1521）。但沒有明確的跡象能讓人們辨認出這幅畫中究竟是誰。
義大利佛羅倫薩烏菲齊美術館
《受胎告知》（The Annunciation）
這幅畫的主題是天使加百列向聖母瑪利亞告知她將受聖靈感孕而即將生下耶穌的故事。1867年，這幅畫被從佛羅倫薩聖羅撒堂外的聖巴爾託羅教堂帶到了烏菲齊美術館。目前還不清楚它最初是被放置在哪裡，也不知道是誰委託創作的。它被普遍認為是達·芬奇年輕時的作品之一，當時他還在安德烈·德爾·韋羅基奧（Andrea del Verrocchio）的畫室裡工作。他在畫中模仿了韋羅基奧的一項發明：講壇的形狀，其靈感來自佛羅倫薩聖洛倫佐教堂的“痛風者”皮耶羅·迪·科西莫·德·美第奇的墳墓。
《三博士來朝》（Adorazione dei Magi）
1481年7月的一份檔案顯示，達·芬奇接受了奧古斯都僧侶的委託，為佛羅倫薩城外聖多納託教堂的高祭壇繪製一幅畫。達·芬奇承諾在30個月內完成，主題是《聖經》中東方三博士朝拜耶穌基督的故事。根據這一主題，達·芬奇研究了極其複雜的構圖和豐富的人物，以聖母和耶穌為中心，呈半圓形排列。前景中，跪著的東方三博士向耶穌獻上黃金、乳香和沒藥等禮物。
然而，1482年達·芬奇動身前往米蘭，使得這幅畫作被暫停在粗略草圖的初始階段。自1670年起，該畫便收藏於烏菲齊美術館。
義大利羅馬梵蒂岡博物館
《荒野中的聖傑羅姆》（St.Jerome）
《荒野中的聖傑羅姆》是達·芬奇一幅未完成的畫作，仍處於素描階段。目前還沒有關於這幅畫是由誰委託、為哪裡創作的資訊。關於這幅畫最早的提及可以追溯到19世紀初，當時瑞士畫家安吉莉卡·考夫曼（Angelica Kauffmann）在遺囑中提到這幅畫作是達·芬奇的。考夫曼死後，它又一次消失了，直到被偶然發現，並被拿破崙的叔叔、紅衣主教約瑟夫·費什（Joseph Fesch）買走。
紅衣主教發現這幅畫被分成了兩部分：下半部分在羅馬的一個二手商店裡，被做成了一個箱子的蓋子；另一部分則在他鞋匠的商店裡，聖徒的頭部部分被用作長椅的楔子。人們可以看到，這幅畫曾被切成五個部分。紅衣主教死後，這幅畫被拍賣和出售了多次，直到它被教皇庇護九世（1846至1878年在位）購買。
英國倫敦國家美術館
《巖間聖母》（The Virgin of the Rocks，英國版）
英國國家美術館的《巖間聖母》是盧浮宮所藏的同名作品的姊妹篇。當年，完成的作品被送往盧浮宮後，達·芬奇為米蘭聖方濟各聖殿畫了一幅替代品，可能是1508年在他的工作室的幫助下完成的。
《抱銀貂的女子》
波蘭克拉科夫國家博物館
《抱銀貂的女子》（Lady With an Ermine）
這幅畫是達·芬奇於1489至1490年完成，描繪的是米蘭公爵盧多維科·斯福爾扎的情婦切奇莉婭·加萊拉尼（Cecilia Gallerani），是迄今已知的達·芬奇四幅有關女性的作品中的一幅。大約在1800年的時候，波蘭伊莎貝拉·恰爾託雷斯卡公主的兒子亞當·耶日在訪問義大利時買下了這幅畫作，將它送給了位於普瓦維的家族博物館，並於1809至1830年期間在“哥特房間”裡展出。這個博物館是由這位公主於1796年建立的，用來儲存波蘭遺產。在普瓦維的時候，畫中人物曾被錯誤地認為是法國國王弗朗西斯一世的情婦“蓓兒·菲羅奈瑞”。
現在的研究者指出，米蘭公爵委託創作的這幅畫像中，貂暗指的是他自己，因為他也被稱為白貂。此畫體現了文藝復興時期的一種觀念，即形象是一種自然活力的幻覺。達·芬奇能夠做到這一點，要感謝他的解剖學知識和他的用光技巧，這使他能夠在影象平面上創造一個三維的人體形象。最初的背景在19世紀被塗上了黑色，也像人物一樣用光來建模，這給人一種模特從陰影中走出來的印象。
為了永久地將這幅傳世名作留在波蘭境內，2016年波蘭文化部和克拉科夫國家博物館從恰爾託雷斯卡基金會手中購回了這幅作品，並於2017年開始在博物館的主樓展出。
俄羅斯聖彼得堡國立埃爾米塔什博物館
《哺乳聖母》（Madonna Litta）
這幅作品表現的是耶穌在吮吸聖母瑪利亞的乳汁。儘管該幅畫作一直被認為是達·芬奇1482年搬到米蘭後創作的，但這一說法一直存在爭議。有些專家認為此畫並不是達·芬奇單獨完成的，因為兩個主體人物輪廓比較堅硬，背景相對平淡無奇，這和達·芬奇的風格不相符。但聖母頭部傾斜的姿勢是達·芬奇的典型特徵。因此，達·芬奇很可能是為這件作品設計了構圖，並完成了聖母的頭部，其餘部分則由他的學生——可能是馬爾科·德奧焦諾（Marco d"Oggiono）或喬瓦尼·博爾特拉菲奧（Giovanni Boltraffio）——在他的監督下於1480至1490年前後完成的。值得注意的是這幅畫中缺少光暈，達·芬奇所創作的其他幾位聖母也表現出同樣的特點。
《哺乳聖母》自完成後，一直儲存在米蘭。它從維康提斯家族流傳到了米蘭的利塔家族，並以利塔為其命名。1865年，俄羅斯皇帝亞歷山大二世從利塔家族手中買下此畫，並將它放置在國立埃爾米塔什博物館。自第二次世界大戰以來，博物館曾數次將它出借到其他地方展出，包括巴黎（1962年）、莫斯科（1962年）、馬德里和米蘭（1990年）、羅馬和威尼斯（2003～2004年）、倫敦（2011年）。
《柏諾瓦的聖母》（Madonna Benois）
據說，《柏諾瓦的聖母》是達·芬奇在佛羅倫薩創作的，並由一群流浪的義大利音樂家帶到了俄羅斯。不過，這幅畫是在18世紀90年代的一場拍賣中售出可能更合理。1908年，它出現在聖彼得堡著名的建築師李昂提·貝諾阿（Leonty Benois）的家族收藏中。在《斯塔耶·戈迪》（Starye Gody）雜誌組織的一場展覽中，埃爾米塔什博物館的策展人恩斯特·利法特（Ernst Liphart）認定這件作品是達·芬奇的早期畫作。據記載，這幅畫是李昂提·貝諾阿的妻子從其父親亞歷山大·薩波日尼科夫（Alexander Sapozhnikov）那裡繼承下來的。薩波日尼科夫的一份畫作目錄現在被儲存在阿斯特拉罕地區的國家檔案館中，這幅作品在那裡首次被記錄。
1912年，瑪利亞·貝諾阿（Maria Benois）決定賣掉這幅畫，把它送到了國外。倫敦古董商杜維恩（Duveen）願意出價50萬法郎買下它，但俄羅斯公眾發起了一場運動，為國立埃爾米塔什博物館籌集資金購買它。瑪利亞·貝諾阿最終同意以15萬盧布的價格將畫賣給俄羅斯政府，以示友好。1914年，《柏諾瓦的聖母》成為了國立埃爾米塔什博物館的收藏。這幅達·芬奇的早期畫作自被埃爾米塔什博物館收藏以來，只被借出過三次：巴黎（1935年），華盛頓、紐約和洛杉磯（1979年），以及佛羅倫薩（1984年）。
美國華盛頓國家美術館
《吉內薇拉·班琪》（Ginevra de"Benci）
《吉內薇拉·班琪》是美洲所收藏的唯一一幅達·芬奇的真跡。該畫創作於1474年，當時達·芬奇年僅21歲。吉內薇拉·班琪是佛羅倫薩一位富有銀行家的女兒，她因為擁有眾多仰慕者而聞名，不僅是因為她的聰明才智，還因為她與威尼斯駐佛羅倫薩大使貝爾納多·本博（Bernardo Bembo）有一段“柏拉圖式的戀情”。這幅肖像畫很可能是在她16歲結婚時委託創作的。
這幅肖像也是達·芬奇最早使用油畫這種新媒介進行的實驗之一。畫面表面的一些褶皺表明他仍在學習控制這種技法。而對自然的細緻觀察，吉內薇拉麵部微妙的三維結構，都指向了達·芬奇文藝復興時期繪畫的新自然主義風格。吉內薇拉被逐漸加深的陰影所籠罩，既不是靠線條，也不是靠顏色或光線的突變。同時，達·芬奇開創性地把吉內薇拉放置在一個開放的環境中，而當時婦女們仍然普遍被小心地隱藏在家裡，只有透過開著的窗戶才能看到外面的風景。
在過去的某個時候，可能是由於損壞，畫板底部被切掉了幾英寸，吉內薇拉的手不見了。不過，根據達·芬奇一幅被儲存下來的草稿，這幅畫的全貌可能是：她的雙手輕輕地抱在腰間，手裡拿著一小枝花朵，也許是粉色的，這是文藝復興時期肖像畫中常用的作為忠誠和美德的象徵。
在這幅畫的背面是一個由三種植物組成的花環：杜松，以吉內薇拉的名字命名；棕櫚，美德的象徵；還有月桂，象徵著她具有藝術的天賦。花環周圍有一幅卷軸，上面寫著一句格言：“美德以美裝飾。”大多數佛羅倫薩女性在室內穿著奢華，而吉內薇拉的服裝卻很簡單，她沒有佩戴任何珠寶。
1967年，這幅畫的原主人、列支敦斯登公國的公爵弗朗茨·約瑟夫二世為了給兒子精心籌劃一場婚禮，決定賣掉家族收藏的這幅15世紀的肖像畫。經過多次失敗的嘗試，最終是美國國家美術館在合適的時間以合適的價格買下了它——在該博物館的網站上，這幅畫顯示的購買價格是500萬美元，在當時，這是他們有史以來為一幅畫支付的最高價格。
《持康乃馨的聖母》
德國慕尼黑老繪畫陳列館
《持康乃馨的聖母》（The Madonna of the Carnation）
達·芬奇創作這幅作品時，還在他的師父維羅基奧的工作室學習。畫中的聖母帶有維羅基奧工作室的特點——蒼白的、北歐人式的臉，金黃色的捲髮，雙眼望著下方。而最能體現達·芬奇個人風格的地方是聖母身後涼廊外的風景，那是一排崎嶇不平、犬牙交錯的山峰。
畫中兩位人物充滿活力的動作和服裝細節的描繪都符合年輕達·芬奇的特點。聖母將聖嬰抱在懷裡，一手扶著他，一手拿著一朵康乃馨。聖嬰正伸出手想要抓住康乃馨。據傳說，粉紅色康乃馨是聖母瑪利亞看到耶穌受難時留下的傷心淚水，眼淚掉下的地方就長出康乃馨，因此粉紅康乃馨成為了不朽母愛的象徵。此畫前景中擺著一瓶花，聖母的肘部幾乎就要碰到花瓶。達·芬奇認為畫作需要讓人物保持絕對的肢體活力，母親和孩子做出這些動作，使他們的情感異常深沉。