序章：
澤拉圖仍舊穿梭於星宇之中企圖獲取拯救整個星系的方法，在與狂熱的塔達林以及黑暗之神埃蒙的交戰中，澤拉圖洞悉了真相，於是經歷了幾位勇士的犧牲，澤拉圖逃了出來，準備前往艾爾上空，以阻止年輕的阿塔尼斯所帶領的對艾爾的戰鬥。
虛空之遺：
異蟲的注意力已將轉移，大主教阿塔尼斯正在對全體星靈同胞進行演講，號召戰士們光復艾爾，奪回自己的家園，澤拉圖及時趕到，對阿塔尼斯進行了警告：光復艾爾的戰鬥必須取消，共同的敵人是埃蒙，他已經復活。而後者則已經騎虎難下，同胞們正鬥志激昂，每一位聖堂武士無不渴望著收復艾爾，於是，戰鬥打響。
初期的戰鬥獲得成功，但是阿塔尼斯也發現了一個令人可怕的事實：艾爾的異蟲並非是野生異蟲，而是有組織的叢集部隊，而這一切幕後的黑手，便是黑暗之神埃蒙，邪惡的混合體在聖堂武士的炮火下化為灰燼，而阿塔尼斯的戰鬥，才剛剛開始。
阿塔尼斯同澤拉圖進行了深刻的交談，澤拉圖把他的見聞全部告訴了阿塔尼斯，並提到了鑰石（薩爾那加神器）才是拯救萬物的關鍵，而此時鑰石則存放在帝國的主星—克哈上，阿塔尼斯聽取了澤拉圖的意見，並派澤拉圖前去克哈要回薩爾那加神器。年輕的阿塔尼斯似乎有些動搖，擔心自己無法勝任大主教一職，而澤拉圖則作為他的朋友及導師耐心開導他，最後，一切按照制定好的計劃進行：阿塔尼斯整軍備戰，而澤拉圖前去要回鑰石，而等待著這位悲劇英雄的終章已然來臨。
澤拉圖發現他的載具—虛空尋覓者號被摧毀，他準備做出調查，並且他派遣了他的奈拉齊姆兄弟們去向聖堂武士彙報這一切，賽蘭蒂斯傳來訊息：有一些聖堂武士失去了聯絡，澤拉圖表示不妙，因為同奈拉齊姆一族不同，艾爾星靈的神經束可以確保他們連線到卡拉，絕不會出現失去聯絡的狀況，在集結了部隊並且不斷衝破異蟲的防線的同時，更加可怕的情況出現了！艾爾的一部分星靈不斷被腐化！他們轉身一變成為了墮落者埃蒙的爪牙，而此時賽蘭蒂斯再次傳來訊息：阿塔尼斯同樣無法在卡拉中被感應到，澤拉圖便帶著他的奈拉齊姆星靈一同開始找尋大主教，而一路上，他看到被腐化的星靈越來越多，而到了阿塔尼斯所在地，他看到了阿塔尼斯正在與黑暗力量進行對抗，埃蒙佔據了他的身體，而唯一的解救之法就是斬斷阿塔尼斯的神經束。
在經過了一場激烈的戰鬥後，澤拉圖，死在了埃蒙的光刃下。
阿塔尼斯對此事深感愧疚，一代傳奇人物，就此湮滅，留下的，只有他的綠色光刃。
現狀由不得阿塔尼斯沉溺於悲傷之中，他帶領著殘存的部隊，找到了相位技師凱拉克斯，他們準備啟動星靈在鼎盛時期所貯藏的救世方舟——亞頓之矛以先逃離艾爾，而在激活了五處電池後，這艘救世方舟帶領著最後的希望，離開了艾爾。
凱拉克斯正熱情洋溢地解釋這艘方舟上的古代科技：很古老，不過很先進，而船上處於休眠狀態的聖堂武士則正在被進行神經束的切割作業以免落入埃蒙的掌控。在船上的戰爭議會中，阿塔尼斯與凱拉克斯見到了甦醒過來的保護者—洛哈娜，她們被訓練得足夠強大以便能夠承載星靈們的萬世記憶，以保證星靈的歷史不被丟失，保護者分別休眠於不同的方舟中，而其它的保護者也隨著其他的方舟的毀滅而毀滅，由此看來，這位保護者所承載的萬世記憶則十分珍貴。阿塔尼斯和凱拉克斯十分驚奇為什麼保護者沒有斬斷神經束卻不被埃蒙腐化，對此，保護者洛哈娜宣稱，她能夠抵禦黑暗力量的侵襲。
在稍作調整之後，阿塔尼斯和他的軍隊來到了克哈上空，以獲得澤拉圖的一系列預言中的關鍵—鑰石。但剛剛到達克哈上空，卻不幸被人類的武器瞄準，透過規避折躍躲開了攻擊的他們收到了雷諾發來的訊息，而後者則表示很高興見到阿塔尼斯，不過最近實在是有些太忙：一幫自稱莫比斯軍團的人正無休止地對人類的各個星球發動了進攻，正是此時，帝國的天空防禦系統—天空之盾已然破損，一旦墜毀，幾百萬人將會喪生，情急之下，阿塔尼斯率隊擊退了防禦系統上的莫比斯軍團以給帝國工程師修理它們的機會，在化解了此次危機之後，更棘手的問題出現了：鑰石被莫比斯軍團搶走了。阿塔尼斯隨即展開了對莫比斯軍團的另一輪戰鬥以奪取鑰石，在人類受到鑰石所帶來的不斷眩暈的影響之下，聖堂武士們英勇地消滅了星球上的莫比斯軍團，小皇帝瓦倫裡安•蒙斯克則出於感謝歸還了一些帝國所佔有的屬於星靈的科技。
雷諾和阿塔尼斯望著化為焦土的城市與戰爭中犧牲計程車兵，心中無比悲傷，雷諾提及了最近不斷的戰鬥而阿塔尼斯則表示澤拉圖所預示終極之戰已經來臨，雷諾在得知了澤拉圖已經死亡後感到可惜，阿塔尼斯提出握手來遵從人類的習慣，雷諾在看到了阿塔尼斯右臂上曾屬於澤拉圖的光刃時，眼神突然變得堅定起來：讓我們並肩作戰。
奪取了鑰石之後，阿塔尼斯一行人準備到奈拉齊姆的藏身地—薩古拉斯落腳，而他們剛剛到達星球上空，卻發現薩古拉斯已經身處戰火之中，此時的族長—拉薩加爾之女，沃拉尊傳來了求救訊號，而阿塔尼斯做出了迴應，在幫助沃拉尊清理了航道護送走了平民之後，沃拉尊決定，炸燬薩古拉斯以抵禦異蟲，而阿塔尼斯則拒絕此提案，在經過了一番交談後，阿塔尼斯最終接受了這個方案，不過，他希望讓埃蒙也嚐嚐神之長子的怒火，在吸引了二十幾億的異蟲之後，阿塔尼斯孤軍奮戰，與湧入神廟的異蟲展開了戰鬥，這場戰鬥也成為了奈拉齊姆一族的暗影疾行儀式，在澤拉圖低沉卻充滿鬥志的旁白過後，阿塔尼斯折躍出了薩古拉斯，而神廟也已過載，薩古拉斯隨著二十幾億異蟲一齊毀滅了。
為了壯大抵禦埃蒙的力量，大主教力排眾議前往了格拉修斯以取得古代相位技師的科技。它們力量強大，卻十分危險，因此長期處於封存。可到了格拉修斯上空後，阿塔尼斯發現塔達林的艦隊已經率先抵達，在冒著塔達林母艦的毀滅光束的洗禮的同時，大主教再一次率領聖堂武士擊退了塔達林的軍隊，並取得了封存已久的科技，同時，有一位新角色隨之登場。
進化者的原型機甲，承載著阿塔尼斯當初的朋友—菲尼克斯的人格與記憶，他自認為是菲尼克斯，阿塔尼斯也一時難以區分他到底和菲尼克斯有何區別，但終歸還是有一點難以接受。凱拉克斯提出把菲尼克斯留在身邊以便做進一步的研究。
凱拉克斯對鑰石的研究有了突破性的進展，他發現鑰石承載著諸多資訊，其中一點就是薩爾那加的故鄉，烏爾納的空間座標。但鑰石卻投射出了一個星靈自古以來便認為不可能有生命存在的位置—奧塔裡安裂隙。凱拉克斯覺得是研究出錯，但大主教卻覺得這一切看似反常，但也合理，所以值得一試。經過了短暫的折躍後，他們來到了奧塔裡安裂隙，驚詫於自己竟然未被撕碎，隨後他們便看到了烏爾納的真身，找到了薩爾那加的神殿。在於埃蒙的軍隊搶奪了五處天鎖後，神殿大門開啟，阿塔尼斯進入了神殿。在神殿中，他舉起光刃當做光源，慢慢看著周邊的雕刻碑文，突然，凱瑞甘破頂而出，阿塔尼斯看著昔日的敵人身處面前，正要展開戰鬥，而凱瑞甘則阻止了他：等等，我不是你的敵人。隨後混合體從天而降，凱瑞甘與混合體展開了戰鬥，但她明顯不敵，被混合體摔在了牆上，阿塔尼斯無法坐視這一切的發生，與混合體展開了戰鬥，而一旁的女王則在不斷回覆，在阿塔尼斯陷入危險之際，徹底消滅了這個異形怪物。隨後，他們走入了神殿。
在擊退了看守大門的薩爾那加構造體以及之後的莫比斯軍團之後，阿塔尼斯與凱瑞甘依次瀏覽了三處薩爾那加的預言石刻，從中瞭解到了薩爾那加的無盡輪迴的過程，再走入最終的神殿之後，他們發現所有的薩爾那加都已經被殺，所剩的只不過是一具具龐大的屍體。一道黑暗大門開啟，從中開始湧出了黑暗的虛空能量。
亞頓之矛上，塔達林的高階領主—阿拉納克突然造訪，這引起了正在看守方舟的沃拉尊的警覺，阿拉納克告知沃拉尊阿塔尼斯現在處於危險之中，我這是來次提供幫助，在經過了一番爭執過後，沃拉尊相信了阿拉納克，隨即組織部隊，展開了營救行動。
神殿內，阿塔尼斯與凱瑞甘正與混合體與虛空大軍交戰，援軍到來，為了組織虛空能量繼續溢位，阿塔尼斯帶領聖堂武士摧毀了幾處神殿內用作供能的水晶，而凱瑞甘的蟲巢則在抵禦著虛空能量的侵蝕。戰鬥結束後阿塔尼斯回到亞頓之矛上，在此等候多時的阿拉納克表明了來意，並憤恨著埃蒙欺騙了塔達林的事實，他提出了一項交易：阿塔尼斯幫助阿拉納克消滅現任高階領主馬拉什，而在此之後塔達林將不再與阿塔尼斯的軍隊為敵。
阿塔尼斯應允了這一交易，他們來到了塔達林的地盤—斯雷恩，以消滅馬拉什的守護者削馬拉什的力量。在擊潰了全部的守護者之後，阿拉納克發起了拉克希爾儀式的挑戰，而馬拉什則表示接受，而拉克希爾儀式允許雙方的部隊提供靈能補給以幫助決鬥中的人取得優勢，在聖堂武士幫助之下，阿拉納克將馬拉什推進了獻祭深淵，並同塔達林的民眾宣佈：埃蒙的升格允諾都是謊言，我們將不再侍奉這位神。
隨著力量的不斷壯大，敵人似乎也變得越來越難對付，為此，聖堂武士們不得不試圖重啟早已被禁止的淨化者專案。而大主教則覺得，當初的淨化者對於最高議會的反抗是出於最高議會對他們的壓迫，大主教認為，只要我們能夠講他們也看做聖堂武士來看待，淨化者們就絕對不會成為威脅，相反，可以成為抵禦埃蒙的一支強大的力量。菲尼克斯同意了這一說法，在關閉了淨化者的艦船—賽普羅斯號位於科研星球艾迪昂星的靜置鎖之後，大主教率領軍隊來到了賽普羅斯號的表面，對已經開始入侵的異蟲展開了戰鬥。隨著進化者的不斷甦醒，戰鬥很快結束，回到了亞頓之矛的阿塔尼斯透過菲尼克斯與淨化者展開了交談，並取得了信任。淨化者願意加入聖堂武士的佇列，要求不過是菲尼克斯作為淨化者團隊的帶領人，阿塔尼斯則允諾了這一請求，現在，聖堂武士已經十分強大了。
在得到了黑暗聖堂武士的線報之後，阿塔尼斯決意帶領部隊摧毀埃蒙位於復仇之痕的小行星帶中的混合體工廠，可是剛剛折躍到達，便發現中了埋伏，此時敵人甚至登陸了亞頓之矛，危急時刻，阿塔尼斯只能帶隊防禦亞頓之矛，而進攻混合體工廠能量核心的任務則落在了相位技師凱拉克斯的身上。緊張的戰鬥結束後，凱拉克斯回到了亞頓之矛上，而所有人都在等待著他的到來。阿塔尼斯對凱拉克斯出色地完成了任務表示讚許，並且認為，古老的星靈社會體系已經過時，每一個星靈都可以透過自己的努力成為聖堂武士，在光芒閃耀的戰爭議會當中，阿塔尼斯賦予了凱拉克斯一個新的身份，聖堂武士。
眼下，所有的星靈力量已經集結完畢，艾爾星靈，奈拉齊姆星靈，淨化者星靈，塔達林星靈已經徹底聯合，以抵禦黑暗之神對於整個宇宙的罪惡企圖。在艾爾的上空，阿塔尼斯再一次為同胞們做出戰前動員，而此時，他已經不再是那個年輕的阿塔尼斯，他真正的成為了能夠一統星靈的大主教，各個信仰，各個階層通通成為了新一代的聖堂武士，他成功的讓星靈同胞們放下了自萬世之戰以來星靈一族所種下的根深蒂固的成見分歧，此刻，艾爾之戰即將再次打響。
試圖拯救埃蒙掌控下的黃金艦隊，就勢必要摧毀星靈一直堅守的卡拉，它曾經的榮光，如今只剩下謊言，在擊碎了星球表面的幾塊靈能水晶之後，卡拉的束縛得到的有效的衰減。回到亞頓之矛，星圖陣列出現故障，埃蒙透過靈能與阿塔尼斯展開對話，而阿塔尼斯則以神之長子的名義正式向埃蒙宣戰。
在曾經的主宰殘軀上，埃蒙創造了一個屬於他自己的軀體，一個邪惡可憎的面龐，一旦他甦醒，將無人可以反抗埃蒙的意志，而當下任務，則是摧毀五處提供防護的虛空水晶，在輪番的戰鬥之後，塔達林，淨化者，奈拉齊姆加入戰場，扭轉了戰局，在艾爾上空，賽普羅斯號，塔達林死亡艦隊與亞頓之矛一齊開火，埃蒙的軀體也就此隕滅。
鑰石的研究終於有了成果，它現在可以用作容器，以隔離被掌控的星靈體內的邪惡的埃蒙之魂，塔達林，奈拉齊姆，淨化者分別守住鑰石陣地的三個路口，而阿塔尼斯則坐鎮中央，等候著鑰石的充能，戰鬥十分激烈，而空中也有艦隊不斷攻擊著亞頓之矛。救世方舟的各個系統隨著時間的推移不斷損壞，而四方集結而來的腐化的黃金艦隊則被不斷摧毀，阿塔尼斯曾迷惑於此：當我們與被腐化的星靈戰鬥時，他們本身的意志在哪？是否是無奈地看著同為星靈的我們講他們斬殺？可是這場戰鬥犧牲總是在所難免。終於，鑰石充能完畢，在逃離埃蒙掌控的短暫時間內，阿塔尼斯說服了賽蘭迪斯斬斷神經束，拋棄卡拉，迎接自由，而後者則帶頭斬斷了自己的神經束，黃金艦隊至此得救，埃蒙的意志被封存在了鑰石當中，隨之毀滅無存。
“失去了卡拉我們還剩下什麼？”
“自由。”
“En Taro Artanis!”
在遠處眺望著重建當中的城市的大主教不僅回憶起了他的老朋友，澤拉圖，他拿著澤拉圖的護腕，講述著發生的一切，以及即將到來的未來。至此，虛空之遺，結束。
終章：
刀鋒女王收到了來自虛空當中的靈能資訊，並著急了阿塔尼斯的部隊與雷諾的部隊來到烏爾納的入口處，企圖一探究竟，凱瑞甘十分確信的是，埃蒙並沒有死，而發出靈能資訊的人，也不是埃蒙，而是一個善意的存在。為了以絕後患，三個種族的領袖決議將戰爭停止在他們的年代，消滅埃蒙，永絕後患。最終的一戰，也隨之到來。
虛空裂隙不斷湧出虛空部隊，而虛空碎片所釋放的虛空能量則在不斷消耗著戰士們的生命，大門入口，本以為已死的納魯德卻以一副醜陋的面貌坐鎮中央—薩爾那加可以在虛空中擁有無限的壽命，而你們則沒那麼幸運了，納魯德如是說。
斯托科夫或許恨透了這位將他變為不人不蟲的怪物的納魯德了，不，當時他的化身是“薩米爾•杜蘭”，杜蘭成功地離間了傑拉德與斯托科夫的關係，讓後者被誤認為在位異蟲做事，導致了斯托科夫被殺，也為地球UED的遠征軍的慘敗埋下了伏筆，而現在，消滅了一切敵人的三族部隊站在納魯德面前，斯托科夫站了出來對納魯德做出了最後的告別。
“你是來嘲笑我的嗎？”
“不，我只是來和你道別。晚安，狗孃養的。”
（星際爭霸1母巢之戰中，納魯德的化身薩米爾•杜蘭在狙擊斯托科夫時的話，就是晚安。）
如今，大門已經開啟，雷諾，阿塔尼斯和凱瑞甘來到了靈能資訊的源頭，阿塔尼斯則看到了自己曾經的導師—塔薩達爾的身影，而這身影則在瞬間恢復了本來的面貌，一位薩爾那加。交談中得知他叫奧魯斯，是年長的薩爾那加，埃蒙打敗了他卻無法殺死他，只得將他囚禁於虛空當中，他幻化成為了塔薩達爾引導了澤拉圖找尋救世的方法，如今，他又引導了三位領袖來到此地，以消滅埃蒙，而辦法只有一個：由凱瑞甘接受奧魯斯的精華晉升為新的薩爾那加。雷諾對他昔日的愛人十分不捨，他對凱瑞甘說讓我們別去管這一切了，你的身體無法再接受一次變異了，而凱瑞甘則覺得，自己已經沾染了太多無辜的鮮血，她必須洗刷這一切，以贖清她的罪孽。
於是，守護精華傳遞過程的任務，落在了雷諾，阿塔尼斯和蟲母扎加拉的身上，在抵禦了虛空軍團的進攻後，凱瑞甘得到了升格 成為了新的薩爾那加，在一面光芒中，雷諾在內心世界彷彿看到了薩拉•凱瑞甘以人類面貌走了過來，他們彼此擁抱，親吻，凱瑞甘對雷諾說：我不會忘記我們所經歷過的一切，而現在，我必須該走了。
薩爾那加凱瑞甘騰躍到空中，準備與虛空中的埃蒙決戰，她建立了蟲巢，在兩翼，雷諾與阿塔尼斯的軍隊也集結完畢，他們來幫助凱瑞甘來打響這最終的一戰，在激烈的戰鬥之後，守護埃蒙的虛空水晶被逐一擊破，凱瑞甘則徹底消滅了埃蒙。
。
兩年後，雷諾在馬薩拉的小酒館裡獨自喝酒，電視中瓦來裡安在帝國首都舉行新帝國成立三週年慶祝儀式，而霍納成為了帝國的上將。
雷諾看著照片，耳邊響起了許多過往，霍納、泰凱斯、澤拉圖，還有薩拉。
這時，酒館的門打開了，還散發出了一陣金光。雷諾回頭一看，一位紅髮幽靈女特工站在門口，問到：”準備好離開這兒了嗎?牛仔?“雷諾歡心一笑，放下了手中的警長臂章，說道：”來吧，好戲開場了!“如同兩人初次相見時的臺詞。
酒館中只剩下兩人一同離去的背影。
人類帝國與星靈建立起了和平的盟約，人類擴張了自己的領土，
星靈在艾爾上重建家園，阿拉納克則拒絕融入統一的星靈社會，不過，他還是一反常態，給了所有反對這一決定的塔達林一次選擇的機會：加入聖堂武士。
而異蟲在扎加拉的領導下，也佔領了查爾星周邊的眾多星球。
再也沒有人看見吉姆•雷諾，人們都不知道他去哪了，只在他常去的酒館中找到了他留下的警徽。
人們也發現在宇宙中眾多荒蕪的星球上，產生了生機，這些奇蹟是如何發生的，至今也無法解釋。
花了一個晚自習打字。很多東西其實我也沒有說明白，例如守護者洛哈娜逐漸放下了萬世的記憶，親手斬斷了神經束，以及阿拉納克與阿塔尼斯對於星靈未來的不同看法，這些深刻的內容其實還有很多，但是能力有限，希望有興趣的各位能夠去玩這款遊戲的戰役部分，也希望有興趣的各位也能夠去玩一玩自由之翼以及蟲群之心的內容。
序章：
澤拉圖仍舊穿梭於星宇之中企圖獲取拯救整個星系的方法，在與狂熱的塔達林以及黑暗之神埃蒙的交戰中，澤拉圖洞悉了真相，於是經歷了幾位勇士的犧牲，澤拉圖逃了出來，準備前往艾爾上空，以阻止年輕的阿塔尼斯所帶領的對艾爾的戰鬥。
虛空之遺：
異蟲的注意力已將轉移，大主教阿塔尼斯正在對全體星靈同胞進行演講，號召戰士們光復艾爾，奪回自己的家園，澤拉圖及時趕到，對阿塔尼斯進行了警告：光復艾爾的戰鬥必須取消，共同的敵人是埃蒙，他已經復活。而後者則已經騎虎難下，同胞們正鬥志激昂，每一位聖堂武士無不渴望著收復艾爾，於是，戰鬥打響。
初期的戰鬥獲得成功，但是阿塔尼斯也發現了一個令人可怕的事實：艾爾的異蟲並非是野生異蟲，而是有組織的叢集部隊，而這一切幕後的黑手，便是黑暗之神埃蒙，邪惡的混合體在聖堂武士的炮火下化為灰燼，而阿塔尼斯的戰鬥，才剛剛開始。
阿塔尼斯同澤拉圖進行了深刻的交談，澤拉圖把他的見聞全部告訴了阿塔尼斯，並提到了鑰石（薩爾那加神器）才是拯救萬物的關鍵，而此時鑰石則存放在帝國的主星—克哈上，阿塔尼斯聽取了澤拉圖的意見，並派澤拉圖前去克哈要回薩爾那加神器。年輕的阿塔尼斯似乎有些動搖，擔心自己無法勝任大主教一職，而澤拉圖則作為他的朋友及導師耐心開導他，最後，一切按照制定好的計劃進行：阿塔尼斯整軍備戰，而澤拉圖前去要回鑰石，而等待著這位悲劇英雄的終章已然來臨。
澤拉圖發現他的載具—虛空尋覓者號被摧毀，他準備做出調查，並且他派遣了他的奈拉齊姆兄弟們去向聖堂武士彙報這一切，賽蘭蒂斯傳來訊息：有一些聖堂武士失去了聯絡，澤拉圖表示不妙，因為同奈拉齊姆一族不同，艾爾星靈的神經束可以確保他們連線到卡拉，絕不會出現失去聯絡的狀況，在集結了部隊並且不斷衝破異蟲的防線的同時，更加可怕的情況出現了！艾爾的一部分星靈不斷被腐化！他們轉身一變成為了墮落者埃蒙的爪牙，而此時賽蘭蒂斯再次傳來訊息：阿塔尼斯同樣無法在卡拉中被感應到，澤拉圖便帶著他的奈拉齊姆星靈一同開始找尋大主教，而一路上，他看到被腐化的星靈越來越多，而到了阿塔尼斯所在地，他看到了阿塔尼斯正在與黑暗力量進行對抗，埃蒙佔據了他的身體，而唯一的解救之法就是斬斷阿塔尼斯的神經束。
在經過了一場激烈的戰鬥後，澤拉圖，死在了埃蒙的光刃下。
阿塔尼斯對此事深感愧疚，一代傳奇人物，就此湮滅，留下的，只有他的綠色光刃。
現狀由不得阿塔尼斯沉溺於悲傷之中，他帶領著殘存的部隊，找到了相位技師凱拉克斯，他們準備啟動星靈在鼎盛時期所貯藏的救世方舟——亞頓之矛以先逃離艾爾，而在激活了五處電池後，這艘救世方舟帶領著最後的希望，離開了艾爾。
凱拉克斯正熱情洋溢地解釋這艘方舟上的古代科技：很古老，不過很先進，而船上處於休眠狀態的聖堂武士則正在被進行神經束的切割作業以免落入埃蒙的掌控。在船上的戰爭議會中，阿塔尼斯與凱拉克斯見到了甦醒過來的保護者—洛哈娜，她們被訓練得足夠強大以便能夠承載星靈們的萬世記憶，以保證星靈的歷史不被丟失，保護者分別休眠於不同的方舟中，而其它的保護者也隨著其他的方舟的毀滅而毀滅，由此看來，這位保護者所承載的萬世記憶則十分珍貴。阿塔尼斯和凱拉克斯十分驚奇為什麼保護者沒有斬斷神經束卻不被埃蒙腐化，對此，保護者洛哈娜宣稱，她能夠抵禦黑暗力量的侵襲。
在稍作調整之後，阿塔尼斯和他的軍隊來到了克哈上空，以獲得澤拉圖的一系列預言中的關鍵—鑰石。但剛剛到達克哈上空，卻不幸被人類的武器瞄準，透過規避折躍躲開了攻擊的他們收到了雷諾發來的訊息，而後者則表示很高興見到阿塔尼斯，不過最近實在是有些太忙：一幫自稱莫比斯軍團的人正無休止地對人類的各個星球發動了進攻，正是此時，帝國的天空防禦系統—天空之盾已然破損，一旦墜毀，幾百萬人將會喪生，情急之下，阿塔尼斯率隊擊退了防禦系統上的莫比斯軍團以給帝國工程師修理它們的機會，在化解了此次危機之後，更棘手的問題出現了：鑰石被莫比斯軍團搶走了。阿塔尼斯隨即展開了對莫比斯軍團的另一輪戰鬥以奪取鑰石，在人類受到鑰石所帶來的不斷眩暈的影響之下，聖堂武士們英勇地消滅了星球上的莫比斯軍團，小皇帝瓦倫裡安•蒙斯克則出於感謝歸還了一些帝國所佔有的屬於星靈的科技。
雷諾和阿塔尼斯望著化為焦土的城市與戰爭中犧牲計程車兵，心中無比悲傷，雷諾提及了最近不斷的戰鬥而阿塔尼斯則表示澤拉圖所預示終極之戰已經來臨，雷諾在得知了澤拉圖已經死亡後感到可惜，阿塔尼斯提出握手來遵從人類的習慣，雷諾在看到了阿塔尼斯右臂上曾屬於澤拉圖的光刃時，眼神突然變得堅定起來：讓我們並肩作戰。
奪取了鑰石之後，阿塔尼斯一行人準備到奈拉齊姆的藏身地—薩古拉斯落腳，而他們剛剛到達星球上空，卻發現薩古拉斯已經身處戰火之中，此時的族長—拉薩加爾之女，沃拉尊傳來了求救訊號，而阿塔尼斯做出了迴應，在幫助沃拉尊清理了航道護送走了平民之後，沃拉尊決定，炸燬薩古拉斯以抵禦異蟲，而阿塔尼斯則拒絕此提案，在經過了一番交談後，阿塔尼斯最終接受了這個方案，不過，他希望讓埃蒙也嚐嚐神之長子的怒火，在吸引了二十幾億的異蟲之後，阿塔尼斯孤軍奮戰，與湧入神廟的異蟲展開了戰鬥，這場戰鬥也成為了奈拉齊姆一族的暗影疾行儀式，在澤拉圖低沉卻充滿鬥志的旁白過後，阿塔尼斯折躍出了薩古拉斯，而神廟也已過載，薩古拉斯隨著二十幾億異蟲一齊毀滅了。
為了壯大抵禦埃蒙的力量，大主教力排眾議前往了格拉修斯以取得古代相位技師的科技。它們力量強大，卻十分危險，因此長期處於封存。可到了格拉修斯上空後，阿塔尼斯發現塔達林的艦隊已經率先抵達，在冒著塔達林母艦的毀滅光束的洗禮的同時，大主教再一次率領聖堂武士擊退了塔達林的軍隊，並取得了封存已久的科技，同時，有一位新角色隨之登場。
進化者的原型機甲，承載著阿塔尼斯當初的朋友—菲尼克斯的人格與記憶，他自認為是菲尼克斯，阿塔尼斯也一時難以區分他到底和菲尼克斯有何區別，但終歸還是有一點難以接受。凱拉克斯提出把菲尼克斯留在身邊以便做進一步的研究。
凱拉克斯對鑰石的研究有了突破性的進展，他發現鑰石承載著諸多資訊，其中一點就是薩爾那加的故鄉，烏爾納的空間座標。但鑰石卻投射出了一個星靈自古以來便認為不可能有生命存在的位置—奧塔裡安裂隙。凱拉克斯覺得是研究出錯，但大主教卻覺得這一切看似反常，但也合理，所以值得一試。經過了短暫的折躍後，他們來到了奧塔裡安裂隙，驚詫於自己竟然未被撕碎，隨後他們便看到了烏爾納的真身，找到了薩爾那加的神殿。在於埃蒙的軍隊搶奪了五處天鎖後，神殿大門開啟，阿塔尼斯進入了神殿。在神殿中，他舉起光刃當做光源，慢慢看著周邊的雕刻碑文，突然，凱瑞甘破頂而出，阿塔尼斯看著昔日的敵人身處面前，正要展開戰鬥，而凱瑞甘則阻止了他：等等，我不是你的敵人。隨後混合體從天而降，凱瑞甘與混合體展開了戰鬥，但她明顯不敵，被混合體摔在了牆上，阿塔尼斯無法坐視這一切的發生，與混合體展開了戰鬥，而一旁的女王則在不斷回覆，在阿塔尼斯陷入危險之際，徹底消滅了這個異形怪物。隨後，他們走入了神殿。
在擊退了看守大門的薩爾那加構造體以及之後的莫比斯軍團之後，阿塔尼斯與凱瑞甘依次瀏覽了三處薩爾那加的預言石刻，從中瞭解到了薩爾那加的無盡輪迴的過程，再走入最終的神殿之後，他們發現所有的薩爾那加都已經被殺，所剩的只不過是一具具龐大的屍體。一道黑暗大門開啟，從中開始湧出了黑暗的虛空能量。
亞頓之矛上，塔達林的高階領主—阿拉納克突然造訪，這引起了正在看守方舟的沃拉尊的警覺，阿拉納克告知沃拉尊阿塔尼斯現在處於危險之中，我這是來次提供幫助，在經過了一番爭執過後，沃拉尊相信了阿拉納克，隨即組織部隊，展開了營救行動。
神殿內，阿塔尼斯與凱瑞甘正與混合體與虛空大軍交戰，援軍到來，為了組織虛空能量繼續溢位，阿塔尼斯帶領聖堂武士摧毀了幾處神殿內用作供能的水晶，而凱瑞甘的蟲巢則在抵禦著虛空能量的侵蝕。戰鬥結束後阿塔尼斯回到亞頓之矛上，在此等候多時的阿拉納克表明了來意，並憤恨著埃蒙欺騙了塔達林的事實，他提出了一項交易：阿塔尼斯幫助阿拉納克消滅現任高階領主馬拉什，而在此之後塔達林將不再與阿塔尼斯的軍隊為敵。
阿塔尼斯應允了這一交易，他們來到了塔達林的地盤—斯雷恩，以消滅馬拉什的守護者削馬拉什的力量。在擊潰了全部的守護者之後，阿拉納克發起了拉克希爾儀式的挑戰，而馬拉什則表示接受，而拉克希爾儀式允許雙方的部隊提供靈能補給以幫助決鬥中的人取得優勢，在聖堂武士幫助之下，阿拉納克將馬拉什推進了獻祭深淵，並同塔達林的民眾宣佈：埃蒙的升格允諾都是謊言，我們將不再侍奉這位神。
隨著力量的不斷壯大，敵人似乎也變得越來越難對付，為此，聖堂武士們不得不試圖重啟早已被禁止的淨化者專案。而大主教則覺得，當初的淨化者對於最高議會的反抗是出於最高議會對他們的壓迫，大主教認為，只要我們能夠講他們也看做聖堂武士來看待，淨化者們就絕對不會成為威脅，相反，可以成為抵禦埃蒙的一支強大的力量。菲尼克斯同意了這一說法，在關閉了淨化者的艦船—賽普羅斯號位於科研星球艾迪昂星的靜置鎖之後，大主教率領軍隊來到了賽普羅斯號的表面，對已經開始入侵的異蟲展開了戰鬥。隨著進化者的不斷甦醒，戰鬥很快結束，回到了亞頓之矛的阿塔尼斯透過菲尼克斯與淨化者展開了交談，並取得了信任。淨化者願意加入聖堂武士的佇列，要求不過是菲尼克斯作為淨化者團隊的帶領人，阿塔尼斯則允諾了這一請求，現在，聖堂武士已經十分強大了。
在得到了黑暗聖堂武士的線報之後，阿塔尼斯決意帶領部隊摧毀埃蒙位於復仇之痕的小行星帶中的混合體工廠，可是剛剛折躍到達，便發現中了埋伏，此時敵人甚至登陸了亞頓之矛，危急時刻，阿塔尼斯只能帶隊防禦亞頓之矛，而進攻混合體工廠能量核心的任務則落在了相位技師凱拉克斯的身上。緊張的戰鬥結束後，凱拉克斯回到了亞頓之矛上，而所有人都在等待著他的到來。阿塔尼斯對凱拉克斯出色地完成了任務表示讚許，並且認為，古老的星靈社會體系已經過時，每一個星靈都可以透過自己的努力成為聖堂武士，在光芒閃耀的戰爭議會當中，阿塔尼斯賦予了凱拉克斯一個新的身份，聖堂武士。
眼下，所有的星靈力量已經集結完畢，艾爾星靈，奈拉齊姆星靈，淨化者星靈，塔達林星靈已經徹底聯合，以抵禦黑暗之神對於整個宇宙的罪惡企圖。在艾爾的上空，阿塔尼斯再一次為同胞們做出戰前動員，而此時，他已經不再是那個年輕的阿塔尼斯，他真正的成為了能夠一統星靈的大主教，各個信仰，各個階層通通成為了新一代的聖堂武士，他成功的讓星靈同胞們放下了自萬世之戰以來星靈一族所種下的根深蒂固的成見分歧，此刻，艾爾之戰即將再次打響。
試圖拯救埃蒙掌控下的黃金艦隊，就勢必要摧毀星靈一直堅守的卡拉，它曾經的榮光，如今只剩下謊言，在擊碎了星球表面的幾塊靈能水晶之後，卡拉的束縛得到的有效的衰減。回到亞頓之矛，星圖陣列出現故障，埃蒙透過靈能與阿塔尼斯展開對話，而阿塔尼斯則以神之長子的名義正式向埃蒙宣戰。
在曾經的主宰殘軀上，埃蒙創造了一個屬於他自己的軀體，一個邪惡可憎的面龐，一旦他甦醒，將無人可以反抗埃蒙的意志，而當下任務，則是摧毀五處提供防護的虛空水晶，在輪番的戰鬥之後，塔達林，淨化者，奈拉齊姆加入戰場，扭轉了戰局，在艾爾上空，賽普羅斯號，塔達林死亡艦隊與亞頓之矛一齊開火，埃蒙的軀體也就此隕滅。
鑰石的研究終於有了成果，它現在可以用作容器，以隔離被掌控的星靈體內的邪惡的埃蒙之魂，塔達林，奈拉齊姆，淨化者分別守住鑰石陣地的三個路口，而阿塔尼斯則坐鎮中央，等候著鑰石的充能，戰鬥十分激烈，而空中也有艦隊不斷攻擊著亞頓之矛。救世方舟的各個系統隨著時間的推移不斷損壞，而四方集結而來的腐化的黃金艦隊則被不斷摧毀，阿塔尼斯曾迷惑於此：當我們與被腐化的星靈戰鬥時，他們本身的意志在哪？是否是無奈地看著同為星靈的我們講他們斬殺？可是這場戰鬥犧牲總是在所難免。終於，鑰石充能完畢，在逃離埃蒙掌控的短暫時間內，阿塔尼斯說服了賽蘭迪斯斬斷神經束，拋棄卡拉，迎接自由，而後者則帶頭斬斷了自己的神經束，黃金艦隊至此得救，埃蒙的意志被封存在了鑰石當中，隨之毀滅無存。
“失去了卡拉我們還剩下什麼？”
“自由。”
“En Taro Artanis!”
在遠處眺望著重建當中的城市的大主教不僅回憶起了他的老朋友，澤拉圖，他拿著澤拉圖的護腕，講述著發生的一切，以及即將到來的未來。至此，虛空之遺，結束。
終章：
刀鋒女王收到了來自虛空當中的靈能資訊，並著急了阿塔尼斯的部隊與雷諾的部隊來到烏爾納的入口處，企圖一探究竟，凱瑞甘十分確信的是，埃蒙並沒有死，而發出靈能資訊的人，也不是埃蒙，而是一個善意的存在。為了以絕後患，三個種族的領袖決議將戰爭停止在他們的年代，消滅埃蒙，永絕後患。最終的一戰，也隨之到來。
虛空裂隙不斷湧出虛空部隊，而虛空碎片所釋放的虛空能量則在不斷消耗著戰士們的生命，大門入口，本以為已死的納魯德卻以一副醜陋的面貌坐鎮中央—薩爾那加可以在虛空中擁有無限的壽命，而你們則沒那麼幸運了，納魯德如是說。
斯托科夫或許恨透了這位將他變為不人不蟲的怪物的納魯德了，不，當時他的化身是“薩米爾•杜蘭”，杜蘭成功地離間了傑拉德與斯托科夫的關係，讓後者被誤認為在位異蟲做事，導致了斯托科夫被殺，也為地球UED的遠征軍的慘敗埋下了伏筆，而現在，消滅了一切敵人的三族部隊站在納魯德面前，斯托科夫站了出來對納魯德做出了最後的告別。
“你是來嘲笑我的嗎？”
“不，我只是來和你道別。晚安，狗孃養的。”
（星際爭霸1母巢之戰中，納魯德的化身薩米爾•杜蘭在狙擊斯托科夫時的話，就是晚安。）
如今，大門已經開啟，雷諾，阿塔尼斯和凱瑞甘來到了靈能資訊的源頭，阿塔尼斯則看到了自己曾經的導師—塔薩達爾的身影，而這身影則在瞬間恢復了本來的面貌，一位薩爾那加。交談中得知他叫奧魯斯，是年長的薩爾那加，埃蒙打敗了他卻無法殺死他，只得將他囚禁於虛空當中，他幻化成為了塔薩達爾引導了澤拉圖找尋救世的方法，如今，他又引導了三位領袖來到此地，以消滅埃蒙，而辦法只有一個：由凱瑞甘接受奧魯斯的精華晉升為新的薩爾那加。雷諾對他昔日的愛人十分不捨，他對凱瑞甘說讓我們別去管這一切了，你的身體無法再接受一次變異了，而凱瑞甘則覺得，自己已經沾染了太多無辜的鮮血，她必須洗刷這一切，以贖清她的罪孽。
於是，守護精華傳遞過程的任務，落在了雷諾，阿塔尼斯和蟲母扎加拉的身上，在抵禦了虛空軍團的進攻後，凱瑞甘得到了升格 成為了新的薩爾那加，在一面光芒中，雷諾在內心世界彷彿看到了薩拉•凱瑞甘以人類面貌走了過來，他們彼此擁抱，親吻，凱瑞甘對雷諾說：我不會忘記我們所經歷過的一切，而現在，我必須該走了。
薩爾那加凱瑞甘騰躍到空中，準備與虛空中的埃蒙決戰，她建立了蟲巢，在兩翼，雷諾與阿塔尼斯的軍隊也集結完畢，他們來幫助凱瑞甘來打響這最終的一戰，在激烈的戰鬥之後，守護埃蒙的虛空水晶被逐一擊破，凱瑞甘則徹底消滅了埃蒙。
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兩年後，雷諾在馬薩拉的小酒館裡獨自喝酒，電視中瓦來裡安在帝國首都舉行新帝國成立三週年慶祝儀式，而霍納成為了帝國的上將。
雷諾看著照片，耳邊響起了許多過往，霍納、泰凱斯、澤拉圖，還有薩拉。
這時，酒館的門打開了，還散發出了一陣金光。雷諾回頭一看，一位紅髮幽靈女特工站在門口，問到：”準備好離開這兒了嗎?牛仔?“雷諾歡心一笑，放下了手中的警長臂章，說道：”來吧，好戲開場了!“如同兩人初次相見時的臺詞。
酒館中只剩下兩人一同離去的背影。
人類帝國與星靈建立起了和平的盟約，人類擴張了自己的領土，
星靈在艾爾上重建家園，阿拉納克則拒絕融入統一的星靈社會，不過，他還是一反常態，給了所有反對這一決定的塔達林一次選擇的機會：加入聖堂武士。
而異蟲在扎加拉的領導下，也佔領了查爾星周邊的眾多星球。
再也沒有人看見吉姆•雷諾，人們都不知道他去哪了，只在他常去的酒館中找到了他留下的警徽。
人們也發現在宇宙中眾多荒蕪的星球上，產生了生機，這些奇蹟是如何發生的，至今也無法解釋。
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花了一個晚自習打字。很多東西其實我也沒有說明白，例如守護者洛哈娜逐漸放下了萬世的記憶，親手斬斷了神經束，以及阿拉納克與阿塔尼斯對於星靈未來的不同看法，這些深刻的內容其實還有很多，但是能力有限，希望有興趣的各位能夠去玩這款遊戲的戰役部分，也希望有興趣的各位也能夠去玩一玩自由之翼以及蟲群之心的內容。