乾隆皇帝自詡“十大武功”乃眾所周知，平心而論這“十大”水分不少，但其中“兩平準噶爾”和“平定回部”之叛亂，確實是值得後人讚頌。這三次不遠萬里之戰爭，徹徹底底地將西北邊疆歸入大清版圖，維護了領土的統一。乾隆皇帝作為當時最高統治者，的確是功不可沒!

　　縱觀大清王朝歷史，“西北”一直是威脅王朝政權的一枚定時炸彈，尤其是在康雍乾三朝多次爆發叛亂。

　　康熙朝時期，康熙二十九年至康熙三十五年，厄魯特蒙古準噶爾部首領噶爾丹叛亂，康熙皇帝三次御駕親征，先後歷經烏蘭布通和昭莫多兩場大戰，終於平定了噶爾丹之叛亂。而噶爾丹本人也因兵敗而鬱鬱而終。然而，好景不長，康熙末年，噶爾丹的繼任者策妄阿拉布坦又在西北捲土重來，準噶爾再一次叛亂，對抗天朝。

　　康熙皇帝雖然此時年過六旬，儘管已經無力御駕親征，但是以武力打擊叛亂之決心絲毫未變。

　　康熙皇帝以自己愛子，皇十四子胤禵為“大將軍王”，代父親征。在胤禵征討叛亂時期，雖遇到一定困難，甚至一度陷入僵局，但是整體戰事還是對天朝較為有利。可惜就在平定大業即將告成的關鍵檔口，康熙皇帝突然病危駕崩，在異常激烈的皇位“爭奪戰”(九子奪嫡)中，雍正皇帝勝出成為了皇位繼承人。

　　作為雍正皇帝對立派的“大將軍王”胤禵，自然不能獲得新君之信任，因而被從西北調回北京，“大將軍”一職也被取而代之。總之，康熙朝時期，西北叛亂並未得到根除，甚至是留下了一個“長長的大尾巴”。

　　進入雍正朝，一度被胤禵壓制的策妄阿拉布坦，並沒有俯首稱臣，趁大清王朝皇權交接未穩之際他又支援同為厄魯特蒙古的和碩特部首領羅卜藏丹津捲土重來，妄圖與大清王朝對峙。

　　雍正皇帝以川陝總督為“大將軍”，持續對叛軍以嚴厲的武力打擊，年羹堯漢軍旗人出身，對顧忌相對不多，一頓強兵勁旅，打得叛軍落花流水，西北叛亂暫時被壓制。雍正七年，策妄阿拉布坦之子噶爾丹策零繼承乃父遺志，捲土重來，試圖繼續與大清王朝掰掰手腕。

　　這次清廷兵分兩路進軍準噶爾，其中北路軍以滿洲宿將傅爾丹為大將軍，西路軍以平定西北名將嶽鍾琪領兵，雍正皇帝似乎志在必得。

　　然而，戰爭進展並非如天朝預期，更是在和通泊之戰，北路軍陷入敵軍重圍而幾乎全軍覆沒，幸而滿洲官兵窮途末路冒死抵抗，主帥傅爾丹才撿回一條性命。

最後，還是素來與清廷要好的喀爾喀蒙古額駙策稜(博爾濟吉特氏)出手，才算挽回敗局。至於西路軍在嶽鍾琪出師不利之情況下，張廣泗取而代之，總算取得一定成果。最後，噶爾丹策零迫不得已俯首稱臣，清廷與準噶爾握手言和，雙方恢復雙邊關係，西北戰事告一段落，而雍正朝針對西北叛亂之作為也就止步於此。

　　透過上述我們可知，歷經康、雍兩朝，大清王朝在對抗西北叛亂，儘管佔據上風且取得一定成果，但是並沒有徹底抑制反叛勢頭，最主要由於反動勢力存在，西北地區一直沒有真正歸屬大清王朝版圖，“西北”儼然成為大清王朝君主們的一塊大心病。

　　雍正十三年(公元1735年)，雍正皇帝駕崩，年輕的乾隆皇帝繼位。年輕人躊躇滿志，上位伊始他就在心裡暗下決心，定要在自己執政時期，完成祖、父兩代帝王未完成之宏願——徹底征服西北。

　　乾隆十八年，這征服西北的機會悄然而至，既模糊，又突然。

　　原來，噶爾丹策零死後，他的兒子們開始掙立汗位而相互廝殺，搞得準噶爾內部四分五裂，前幾代雄才大略汗王創造之輝煌也被揮霍一空，準噶爾汗國落寞了!

　　就在乾隆十八年，蒙古部落的三位車凌(首領)因為不堪內部戰亂之壓迫而選擇歸順清廷，而乾隆皇帝則敏銳地察覺征服西北的時機到來了。

　　在避暑山莊多次接見了三位車凌，積極瞭解蒙古內部情況之後，乾隆皇帝決定對西北用兵。乾隆皇帝將自己主張公佈朝堂之後，反對之聲不絕入耳。大部分朝臣認為，此時西北蒙古彪悍頑強，不來攻打中原就不錯了，難得當前太平盛世，皇帝的主動出擊豈不是自討苦吃?而且時間倉促，如此大規模之戰事，在毫無準備之前提下，如何做好後勤保障工作?應該說，大臣們的擔心並非毫無道理，但是乾隆皇帝清楚，時機轉瞬即逝，作為最高統治者，關鍵時刻必須要當機立斷。

　　在力排眾議之後，乾隆皇帝乾綱獨斷地決定征服西北，乾隆二十年，戰爭正式拉開序幕。

實際上，戰爭的過程並非如預期那般順利，甚至是十分艱苦，而且又出現反覆。清軍在先後擊敗了以達瓦齊為首的準噶爾蒙古軍隊之後，以阿睦爾撒納為首的一些蒙古貴族又出現反叛。這阿睦爾撒納身份比較特殊，此人乃策妄阿拉布坦之外孫，又是厄魯特蒙古輝特不臺吉。因為與達瓦齊之間的利益糾葛，開始依附清廷，也成了清廷平定準噶爾的嚮導加急先鋒。

　　清廷平準勝利後，阿睦爾撒納以“卓著功勳”被清廷封賞為雙親王爵位，食親王雙奉，應該說，這個封賞已經是超規格了。但是阿睦爾撒納並不滿足，在透過戰爭取得在蒙古地區利益之後，又舉旗反清。這種兩面三刀的行為，客觀上促使了清廷對厄魯特蒙古的毀滅性打擊。

　　阿睦爾撒納兵敗逃亡到哈薩克和俄羅斯，俄羅斯一直關注準噶爾戰事，其企圖不言而喻。最後他因染天花而病歿，年僅35歲。另外，戰爭最終的受害者永遠是普通百姓，清軍出兵比較倉促，糧草等後勤補給並不充分，因此給蒙古人民造成了沉重負擔，這也是平定大業會出現幾次反覆的客觀事實。

　　而之後的“回部叛亂”只是西北戰事的衍生，乾隆皇帝急命平定大將兆惠領兵平叛。兆惠臨危受命，在一度被敵軍層層圍困的不利情況下，竟然神奇地拖垮敵軍，待援兵到來之後而反敗為勝，並最終取得了勝利。為維護祖國之統一，兆惠將軍確實是功不可沒!

　　乾隆皇帝透過一系列的戰爭，西北地區正式成為大清王朝版圖一部分，這是之前王朝僅對西北是名義上的管轄，絕非可以肩比之的。儘管在戰爭過程中，乾隆皇帝出現過很多失誤，甚至是一些殘忍的決策，但僅就維護國土的統一，乾隆皇帝作為時代的統治者，確實值得後人稱頌。

縱觀大清王朝歷史，“西北”一直是威脅王朝政權的一枚定時炸彈，尤其是在康雍乾三朝多次爆發叛亂。

歷經康、雍兩朝，大清王朝在對抗西北叛亂，儘管佔據上風且取得一定成果，但是並沒有徹底抑制反叛勢頭，最主要由於反動勢力存在，西北地區一直沒有真正歸屬大清王朝版圖，“西北”儼然成為大清王朝君主們的一塊大心病。

雍正十三年（公元1735年），雍正皇帝駕崩，年輕的乾隆皇帝繼位。年輕人躊躇滿志，上位伊始他就在心裡暗下決心，定要在自己執政時期，完成祖、父兩代帝王未完成之宏願——徹底征服西北。

乾隆十八年，這征服西北的機會悄然而至，既模糊，又突然。

原來，噶爾丹策零死後，他的兒子們開始掙立汗位而相互廝殺，搞得準噶爾內部四分五裂，前幾代雄才大略汗王創造之輝煌也被揮霍一空，準噶爾汗國落寞了！

就在乾隆十八年，蒙古部落的三位車凌（首領）因為不堪內部戰亂之壓迫而選擇歸順清廷，而乾隆皇帝則敏銳地察覺征服西北的時機到來了。

在避暑山莊多次接見了三位車凌，積極瞭解蒙古內部情況之後，乾隆皇帝決定對西北用兵。乾隆皇帝將自己主張公佈朝堂之後，反對之聲不絕入耳。大部分朝臣認為，此時西北蒙古彪悍頑強，不來攻打中原就不錯了，難得當前太平盛世，皇帝的主動出擊豈不是自討苦吃？而且時間倉促，如此大規模之戰事，在毫無準備之前提下，如何做好後勤保障工作？應該說，大臣們的擔心並非毫無道理，但是乾隆皇帝清楚，時機轉瞬即逝，作為最高統治者，關鍵時刻必須要當機立斷。

在力排眾議之後，乾隆皇帝乾綱獨斷地決定征服西北，乾隆二十年，戰爭正式拉開序幕。

實際上，戰爭的過程並非如預期那般順利，甚至是十分艱苦，而且又出現反覆。清軍在先後擊敗了以達瓦齊為首的準噶爾蒙古軍隊之後，以阿睦爾撒納為首的一些蒙古貴族又出現反叛。這阿睦爾撒納身份比較特殊，此人乃策妄阿拉布坦之外孫，又是厄魯特蒙古輝特不臺吉。因為與達瓦齊之間的利益糾葛，開始依附清廷，也成了清廷平定準噶爾的嚮導加急先鋒。

清廷平準勝利後，阿睦爾撒納以“卓著功勳”被清廷封賞為雙親王爵位，食親王雙奉，應該說，這個封賞已經是超規格了。但是阿睦爾撒納並不滿足，在透過戰爭取得在蒙古地區利益之後，又舉旗反清。這種兩面三刀的行為，客觀上促使了清廷對厄魯特蒙古的毀滅性打擊。

阿睦爾撒納兵敗逃亡到哈薩克和俄羅斯，俄羅斯一直關注準噶爾戰事，其企圖不言而喻。最後他因染天花而病歿，年僅35歲。另外，戰爭最終的受害者永遠是普通百姓，清軍出兵比較倉促，糧草等後勤補給並不充分，因此給蒙古人民造成了沉重負擔，這也是平定大業會出現幾次反覆的客觀事實。

而之後的“回部叛亂”只是西北戰事的衍生，乾隆皇帝急命平定大將兆惠領兵平叛。兆惠臨危受命，在一度被敵軍層層圍困的不利情況下，竟然神奇地拖垮敵軍，待援兵到來之後而反敗為勝，並最終取得了勝利。為維護祖國之統一，兆惠將軍確實是功不可沒！

乾隆皇帝透過一系列的戰爭，西北地區正式成為大清王朝版圖一部分，這是之前王朝僅對西北是名義上的管轄，絕非可以肩比之的。儘管在戰爭過程中，乾隆皇帝出現過很多失誤，甚至是一些殘忍的決策，但僅就維護國土的統一，乾隆皇帝作為時代的統治者，確實值得後人稱頌。

西北叛亂就是這樣徹底解決的。

在康熙雍正乾隆三朝時期，清王朝對西北邊疆的態度是統一而堅決的。那就是一旦發生叛亂就會毫不猶豫要去評判。從來沒有考慮過什麼成本、值不值得的問題。到了清朝晚期，由於國力衰退，朝堂上就有了不同意見，有人認為千里迢迢去大西北那不毛之地平叛戍邊，而且花費巨大，能耗費當時國庫近三分之一的白銀，太不划算，也沒有什麼意義。

然而，不管意見統不統一，大清王朝最終還是沒有放棄大西北，尤其是整個新疆。有條件要去平叛，沒條件創造條件也要去收復。道光皇帝一生節儉，甚至可以說節約到了某種偏執的程度。但是為了恢復大西北的安寧，咬著牙地掏出來成百上千萬的銀兩，也要發兵新疆。

首先，大西北一代，包括陝甘寧以及青海和新疆，也不是清王朝一蹴而就征服的。直到乾隆朝，才被徹底征服，從而正真地成為了大清的版圖。也就是有了軍隊的駐紮，有了政府部門的機構。

當時西北最大的隱患就是強大的準格爾汗國。由於準格爾內部為了爭奪汗位，打的不可開交，拉幫結派搞得準格爾汗國內部四分五裂，國力就此受到嚴重影響。乾隆皇帝覺得機會來了，此時不徵，更待何時？

然而，當他做了一定的準備之後，在朝堂上表名自己的宏圖大志時，竟然遭到了相當部分的大臣們的堅決反對。有點像當年毛主席決定出兵北韓時一樣，那些開國將領們也是大部分不支援的。理由都差不多，覺得打不過人家，或者目前不合適之類的措辭。

當然，毛主席永遠是毛主席，乾隆呢也不愧是乾隆。他們對局勢的把握，對形勢的分析，對機會的拿捏，絕對不是蓋的。雖然乾隆好大喜功，但是在這一點上，他是理智的，清醒的。雖然征途沒有星辰大海，倒是歷盡艱辛，但最後他成功了。西北地區正式成為大清王朝版圖一部分，這是相當了不起的成就，是之前那種名義上的擁有不可同日而語的。此時，我們應該為乾隆點贊。

後來到了道光朝和同治時期，由於大清朝始終沒有對西北伊斯蘭教整明白，一味地想當然，以為謹言慎行，保持官場清明，對穆斯林們儘可能低的稅負，儘可能地減輕他們的負擔，儘量不貪汙腐敗，保境安民，他們就可以安居樂業了。特錯大錯。事實也證明，清廷對西北的懷柔政策是失敗的。他們不知道所有這些的前提是，你得是在一個強大而穩定的大環境下，才有可能表面上實現。

當時，晚清可以說是內憂外患，你說清朝國內亂成一團麻也不為過。而且周圍列強也是虎視眈眈，正想著哪裡最肥往哪裡咬上一口呢。尤其是沙皇俄國。其心可誅。英法吧，主要是想要錢，而沙俄不僅想要錢更想要地盤。

其實，當時在新疆的清兵戰鬥力還是很不錯的，甚至還一度在對老毛子的戰鬥中處於上風。那個時候老毛子絕對還距離戰鬥民族十萬八千里。要不是陝甘回亂，新教教徒在新疆作亂，對維吾爾族極端穆斯林煽風點火，然後與俄羅斯內外勾結，清軍腹背受敵，沙俄斷不會能與清廷作戰中取勝。斷不會有機會豪取強奪清朝西北44萬平方公里的國土。

再後來，新疆在持續的動亂中，又被阿古柏鑽了空子，阿古柏是塔吉克族人，原為浩罕汗國將領。這個中亞屠夫非常善於鑽營，投機取巧，再加上他狗屎運爆棚，在沙俄和大英帝國的幕後支援下一度霸佔了整個新疆，建立了哲德沙爾汗國。

這個事情說多了全身眼淚。我只能說清朝真是國運不濟。不過，還好，還好，大清還是有些有勇有謀有遠見的人才的，比如楊芳、兆惠、楊遇春、左宗棠等等。雖然歷盡千辛萬苦，風雨過後終於見到了彩虹，新疆還是被收復回來了。

新疆的收復，以及收復後長達百年的安定，離不開一個人。他就是左宗棠。此處可以有經久不息的掌聲響起來。是他是他就是他，最終平定陝甘同治回亂，收復新疆，推動新疆建省。

左宗棠，相信大部分喜歡歷史的人都不陌生。他是湘軍著名將領，洋務派代表人物之一。與曾國藩、李鴻章、張之洞並稱“晚清中興四大名臣”。

左宗棠在平定西北的戰鬥中，已經看透了，西北的穆斯林之所以會叛亂，這一切問題的根本，在於西北的宗教伊斯蘭教門宦制度。

一個伊斯蘭教派的教主，他對教眾的控制力，超乎想象。它遠遠高於清廷的控制，也就是常說的教眾們認教不認國。實際上就是一個隱形的政府，而且代代相傳，影響深遠危害極大，如果這個問題得不到徹底解決，下一次叛亂，只是時間的問題。

怎麼辦？左宗棠陷入了沉思，這個問題糾結的他好幾晚上睡不好覺。“以穆制穆”乾隆皇帝這個思路，一下子躍入左大人的腦海。還得是這個大的方針，只是需要換一個角度，換一種更有效的方法才好。左宗棠想到了馬佔鰲……

……終於野心勃勃的馬佔鰲，成功配合左宗棠擒拿住了世襲的教主馬桂源，並立刻獻給了左大人。左宗棠下令，把馬桂源一行押往西寧，凌遲處死，他家裡所有的成年男子，一律斬殺殆盡，未成年男子，一律閹割為奴，斷了老教創始人馬來遲的血脈，斬斷這個西北最大的宗教門宦勢力。

同時左宗棠還公開表彰，馬佔鰲他們幾個的傑出貢獻，給他們加官進爵，同時讓所有的穆斯林都知道，是他們幾個把馬桂源出賣的，有賬將來找他們去算。

左宗棠是有遠見的，他預計的一點都不錯，馬佔鰲在他活著的時候，就一直在努力消弱傳統教派門宦的力量，全力鎮壓各種反叛力量，幹掉了很多宗教上層權貴，在他死後，他的兒子又接過了這個擔子。

馬佔鰲兒子馬安良又羅織罪名，無中生有的把西北各個老教門宦的主要首領，逼得家破人亡，趁機霸佔了他們的財產，聚集了多達四十五萬兩白銀的財富，徹底掃清了所有擋在他們前面的宗教貴族。

由於在這個過程中，他和那些傳統的宗教貴族結下了血仇，所以他只能全力的依附朝廷，忠心耿耿，利用中央政權給予的力量，而不是宗教的力量，來實現他們控制西北的野心，最終形成了近代的馬家軍閥。

所以在此後的歲月裡，西北終於安定了下來，再也沒有爆發大規模的穆斯林叛亂。正如羅馬主義所說：“即使在抗日戰爭爆發之前和抗日戰爭進行之中，中國看起來搖搖欲墜，但是馬佔鰲，馬千齡和馬海晏的後代所組成的西北軍閥，不論日本人怎麼樣拉攏利誘，許願為他們建立伊斯蘭國，他們始終也沒有背棄祖國。其中一個最重要的原因，就是他們的統治的合法性，來源於中央政權的認可，而不是傳統的教權。”

因此，梁啟超才說左公為五百年來第一偉人。至於馬家軍後來的問題則另當別論了！

1.平定準噶爾

清代康熙 、雍正 、乾隆三朝為統一西北地區與準噶爾貴族進行的多次戰爭，在清代文獻中通稱為平定準噶爾。這次戰爭，起於1690年（清康熙二十九年），迄於1757年（清乾隆二十二年），迭經三朝，歷時70年，最終弭叛息亂，取得了完全勝利。

背景

噶爾丹執政時，在吞併了新疆境內的杜爾伯特和原隸屬於土爾扈特的輝特部後，進佔青海的和碩特部，又攻佔了南疆維吾爾族聚居的諸城。隨著準噶爾勢力範圍的不斷擴大，噶爾丹分裂割據的野心愈益膨脹。此時，正是沙皇俄國瘋狂向外擴張的時期，為達到侵略中國西北邊疆的罪惡目的，對噶爾丹進行拉攏利誘。康熙二十六年（1687年）底，沙俄參加中俄邊界談判的全權代表戈洛文，在伊爾庫茨克專門接見了噶爾丹的代表，陰謀策動噶爾丹叛亂，支援他進攻喀爾喀蒙古。在沙皇俄國的唆使下，噶爾丹終於率兵進攻喀爾喀蒙古，發動了一場旨在分裂祖國的叛亂

。

康熙時期

康熙二十七年（1688年），噶爾丹親率騎兵3萬自伊犁東進，越過杭愛山，進攻喀爾喀，佔領整個喀爾喀地區。喀爾喀三部首領倉皇率眾數十萬分路東奔，逃往漠南烏珠穆沁（今內蒙古烏珠穆沁旗）一帶，向清廷告急，請求保護。康熙一面把他們安置在科爾沁（今內蒙古科爾沁旗）放牧，一面責令噶爾丹罷兵西歸。但噶爾丹氣焰囂張，置之不理，反而率兵乘勢南下，深入烏珠穆沁境內。對於噶爾丹的猖狂南犯，康熙一面下令就地徵集兵馬，嚴行防堵，一面調兵遣將，準備北上迎擊。歷經烏蘭布通之戰和昭莫多之戰等重大戰役後，康熙三十六年（1697年）二月，康熙鑑於噶爾丹拒不投降，再次下詔親征。最終噶爾丹在眾叛親離的情況下，服毒自殺而死，至此康熙時期平定噶爾丹叛亂之戰始告結束，喀爾喀地區重新統一於清朝。

雍正時期

康熙逝世後，雍正繼續堅持平定準噶爾貴族割據勢力的鬥爭。雍正五年（1727年）冬，策妄阿拉布坦死，其子噶爾丹策零繼位後，在沙俄支援下，繼續進行叛亂活動。從雍正六年（1728年）以後，清朝多次出兵平定噶爾丹策零叛軍。

乾隆時期

乾隆初年，清廷和噶爾丹策零議和告成，雙方劃定牧場，息兵罷戰

。乾隆十年（1745年）噶爾丹策零死後，準噶爾部上層為爭奪汗位發生內

訌，策妄阿拉布坦謀臣大策凌敦多布之孫達瓦齊在輝特部臺吉，策妄阿拉布坦外孫阿睦爾撒納幫助下奪得汗位。得到汗位後達瓦齊和阿睦爾撒納不和，互相攻伐，阿

睦爾撒納戰敗降清。達瓦齊為人荒淫無度，不理政事，結果眾叛親離，厄魯特蒙古多個部落先後歸附清朝

。乾隆二十二年（1757年）春，清軍平定準噶爾貴族分裂叛亂的戰爭取得了勝利。

2.平定大小和卓叛亂

大小和卓之亂是清乾隆二十二年（1757年）新疆回部白山派首領霍集佔兄弟發動的叛亂。大、小和卓是中國西北地區歷史上兩位著名的伊斯蘭教領袖。大和卓是指波羅尼都，新疆喀什噶爾人，伊斯蘭教白山派和卓瑪罕木特的長子。小和卓指霍集佔，伊斯蘭教白山派和卓瑪罕木特的幼子。和卓是波斯語的漢語音譯，意思是“聖裔”，就是專指伊斯蘭教創始者穆罕默德的子孫，後用來稱呼伊斯蘭教學者和大阿訇。

乾隆二十年（1755年）清軍平定準噶爾後，將被囚禁的大小和卓釋放，並派波羅尼都招撫天山南路各城。不久阿睦爾撒納發動叛亂，和卓兄弟乘機控制了喀什噶爾、葉爾羌（今新疆莎車）等地。

乾隆二十二年（1757年），霍集佔殺死清軍副都統阿敏道，舉兵自立。

次年（1758年），乾隆皇帝發兵征討大小和卓，在庫車、葉爾羌、和闐等地與大小和卓交戰。

乾隆二十四年（1759年），大小和卓兵敗西逃，經蔥嶺進入巴達克山（在今阿富汗東北部），被巴達克山首領素勒坦沙擒殺，叛亂遂平。

大小和卓之亂的平定標誌著清代中國統一戰爭的完成，也是乾隆皇帝的十全武功之一。此役之後，天山南路重新納入中國版圖，清代中國疆域臻於極盛。回部平定後，清廷設伊犁將軍統轄新疆各部，設總理回疆事務參贊大臣管理回部。此後的六十多年中新疆沒有發生大的動亂。

明朝從來就沒有實際控制過新疆地區。並且清朝建立後的一百多年，都沒有將新疆納入領土範圍。

明朝滅亡時，新疆大部分地區由葉爾羌汗國控制。葉爾羌汗國是1514年建立，是由察合臺汗國演變而來。後新疆北部的準噶爾汗國勢力逐漸壯大，1680年噶爾丹率兵滅亡葉爾羌汗國，因此新疆地區全部被被準噶爾汗國控制。

後噶爾丹在沙俄的慫恿下，入侵內蒙，與清軍發生軍事衝突。1690年，康熙皇帝發兵10萬親征噶爾丹，噶爾丹兵敗潰逃。1695年，噶爾丹捲土重來，康熙皇帝再次親征，殲滅準噶爾軍，噶爾丹狼狽逃跑。1697年，康熙再次親征，噶爾丹服毒自殺。然後他侄子繼位，準噶爾汗國再次發展壯大，1716年，入侵西藏，滅亡統治西藏的碩特汗國，當時是清朝的藩屬。清軍兩次由青海出兵，才趕走準噶爾軍。清朝從此開始實際控制西藏地區，後雖然出現叛亂，都被清朝蕩平。

此後準噶爾汗國發展到鼎盛時期，多次擊敗清軍，因此清軍一直都沒有佔領新疆地區。直到1755年，準噶爾汗國內部混亂，清軍趁此機會出兵，兩年後，終於把準噶爾汗國徹底滅亡。乾隆皇帝將這片土地起名叫“新疆”。1759年，兆惠將軍率兵征服天山南路的喀什地區，平定大小和卓叛亂，到此整個新疆地區正式納入中國版圖。此時距離清朝入關已經過了115年。

隨後清朝在新疆地區穩定統治了一百餘年。鴉片戰爭時期，清軍忙於東南，無暇顧及西部，1865年，阿古柏在沙俄和英國的支援下，入侵新疆。新疆開始處於戰亂之中。1871年沙俄入侵併佔領伊犁。1876年左宗棠率軍進入新疆，數場大戰後，收復新疆大部分地區，但是並沒有收復伊犁地區。伊犁是1882年透過伊犁條約收回來的。1884年，清朝在此設立新疆省。

到此清朝的西北叛亂全部解決。