日本目前的國鳥是綠雉，但歷史上，朱䴉也一度被認為是日本的代表性鳥類。這種鳥在日本有自然分佈，自古以來知名度就很高，朱䴉的肉在日本古代曾被作為治療傷寒症的藥物使用。

在日本的奈良時代（公元710—794年），文獻中已經有了關於朱䴉記載。古籍《日本書紀》中將朱䴉用漢字寫成“桃花鳥”。到了平安時代（約公元794—1192年），朱䴉被用漢字記述成“鵇”。在江戶時代（公元1603年—1867年），日本曾經頒佈過保護鳥獸的規定，但由於朱䴉會在水田等地尋找食物（主要吃魚蝦螺蟹、昆蟲和稻穀之類），被農民們認為是害鳥，依舊會遭遇驅趕。日本明治維新（公元1868年）以後，隨著經濟貿易的快速發展，特別是軍工產業的發展，日本對朱䴉的肉和羽毛的需求激增，民間開始大肆捕殺這種鳥。與此用時，寄生蟲的侵害，農藥的使用和工業重金屬汙染等因素也在威脅朱䴉的生存。

1920年代，日本的朱䴉已經變成了珍稀鳥類。1927年政府懸賞尋找朱䴉。1930年代朱䴉野生種群再度被發現，並於1934年被列為“天然紀念物”。二戰後，日本設定禁獵區，採取了一系列諸如人工繁育的保護措施，卻最終沒能挽救日本本土的朱䴉野生種群。1981年，為了保護朱䴉的最後火種，五隻野生朱䴉被捕捉並人工飼養——日本的野生朱䴉種群從此滅絕。2000年代，最後一隻日本本土的朱䴉死亡。

其實從基因上說，日本本土的朱䴉與中國大陸的朱䴉屬於同一物種，它們的線粒體DNA差異僅有0.06%左右。後期由中國引入的朱䴉在日本成功人工繁殖，並完成了野外放飛。但是，日本許多環保人士還是對本土朱䴉的消失十分懊悔和惋惜。

日本人崇拜朱䴉的歷史可以追溯到奈良時代，在皇室某些重要儀式裡，朱䴉羽毛是必不可少的供奉。時至今日，朱䴉色仍然是日本人民十分喜愛的顏色，甚至作為皇宮的主色調，也經常用在皇妃的和服上。日本傳統歌曲中，更是不乏對朱䴉的讚頌。

有人說朱䴉是日本的國鳥，其實是謬誤，日本的國鳥是綠雉，屬日本特有種。

Nipponia nippon，朱䴉的學名象徵著日本。這種美麗的鳥，曾經遍佈日本全境。到1930年代，只有新潟縣的佐渡觀測到了它們的蹤跡。儘管當地愛鳥人士為保護最後的朱䴉不遺餘力，但2003年日本產朱䴉仍然迎來了徹底的滅絕。