1206年成吉思汗統一漠北諸部，於斡難河（鄂嫩河）建立大蒙古國。當時蒙古的宗主國為金國，金國與西夏走向衰落，蒙古先後攻打西夏與金國，並分別於1227年和1234年攻滅西夏和金國，佔領中國華北。在西方，蒙古先後發動三次西征，使蒙古人稱霸歐亞大陸。1259年元憲宗蒙哥於徵伐宋戰爭去世後，領有漢地的四弟忽必烈與受漠北蒙古貴族擁護的七弟阿里不哥為了爭奪汗位而發生戰爭，最後於1264年由忽必烈獲勝。忽必烈於1271年改國號為大元，建立元朝，即元世祖。這場戰爭讓蒙古四大汗國先後脫離與大汗忽必烈的關係，直到元成宗時期才承認元帝為大汗。1276年元朝攻滅南宋征服全中國地區，使中國陷入異族的統治之下。元世祖到元武宗期間是元朝國力鼎盛時期，軍事上平定西北，但在征伐日本、東南亞諸國卻屢次失利，其中在元日戰爭戰敗。中期皇位頻繁更迭，政治始終沒有上軌道。元惠宗晚期，由於怠於政事、濫發紙幣導致通貨膨脹、為了治理氾濫的黃河又加重徭役，最後導致1351年爆發元末民變。1368年朱元璋建立明朝後，派徐達北伐攻陷元朝的首都大都（北京）。元廷退居漠北，史稱北元。1402年元臣鬼力赤篡位，停用大元國號，複稱大蒙古國。

蒙古國於1911年底建國。辛亥革命前夕，清朝政府的統治發生危機，俄國乘機加緊策動外蒙古獨立，俄國本來是要直接吞併，但受一戰前巴爾幹局勢的牽制，時機未到。外蒙古一些親俄的封建王公和活佛也提出了聯俄獨立的問題，遭到不少愛國王公的反對。辛亥革命爆發後，沙俄直接派軍隊進入庫倫，以武力壓制愛國王公的反對。1911年底，在俄國的武力支援下，外蒙古宣佈“獨立”，成立“大蒙古國”，立活佛(活佛在蒙古語中又稱博克多格根)哲布尊丹巴為“大皇帝”，年號“共戴”，驅除清朝駐庫倫辦事大臣。第二年即1912年11月3日，俄國與外蒙古當局簽訂《俄蒙協約》(即《庫倫條約》)及附屬《專條》，規定俄國扶植外蒙古“自治”，同時沙俄在外蒙古享有廣泛的權利。這樣外蒙古實際上就在俄國的控制之下了。