故事的主人公小尼爾斯是個調皮搗蛋，好吃懶做，不學無術，的小男孩。還經常虐待自己家院子裡的小動物的。可動物們也只能啞巴吃黃蓮一有苦說不出。

突然有一天他看到外婆留給她媽媽的禮物箱，上面坐著一個小精靈還打算捉弄他，還過分的欺騙了他。結果被變成了一個小人，還受到了家裡動物們的欺負和教訓。但這一切都是他咎由自取。後來的隨著大雄鵝開始了一場翻山過海的奇妙旅行。故事就此開始了。

突然有一天，命運多舛的尼爾斯又被一群烏鴉給抓住了，結果一隻經常被嘲笑的烏鴉鈍鈍奮不顧身的去救下了尼爾斯，於是鈍鈍就被討厭的烏鴉群抓起來了。尼爾斯也不顧一切地救下了鉗鈍。鈍鈍和尼爾斯道謝之後，尼爾斯又繼續開始了自己的旅程。

不久後尼爾斯他們一個老鷹巢穴，只見裡面躺著一隻可愛的小雛鷹，叫做高爾果。大家都很喜歡它。可是糟糕的是這隻小雛鷹竟然被可惡的動物園抓走了。尼爾斯和大雁群還有大雄鵝一起，想方設法地進入動物園。把小雛鷹解救了出來。

長期的旅途，讓他不禁有些想念父母，想念自己的家。他想回家了。正在他猶豫沮喪的時候，他無意間聽到了兩頭貓頭鷹的對話。得知，只要自己安全的把大雄鵝送回家之後一切就可以恢復原樣。

不知過了多久，經歷了多少冒險故事，這一天終於到來了。大雁首領阿卡帶著大雁群，尼爾斯，大雄鵝回到了家中。他開心極了。可他的父母卻不之情地把他的朋友們都抓了起來。可正當，尼爾斯打算救他們的時候突然發現自己聽不懂動物們的語言了。他把自己的經歷講給父母聽之後，父母便把大雁們給放了。尼爾斯意識到自己變成人了。

從此之後，尼爾斯變成了一個善良 ，勤勞，可愛的小男孩了。