間接證據不能直接證明案件的主要事實，必須與其他證據相結合才能發揮應有的作用;且運用間接證據定案的過程比較複雜，因此必須遵循《刑事訴訟法》第四十六條規定沒有被告人供述只要證據確實充分的，可以認定被告人有罪和處以刑罰的原則。

運用間接證據定案具體有以下幾點原則：

(一)間接證據必須查證屬實。根據《刑事訴訟法》第43條規定，偵查人員必須依照法定程式收集各種證據。自偵案件的所有間接證據亦不例外，也必須依照法律規定的程式和方法收集，達到本身確實的程度。如果採取刑訊逼供、威脅、利誘、欺騙以及其他非法方法收集導致間接證據本身不確實，據此得出的關於案件事實的結論就不可能符合案件的客觀真實。因此，對每一個自偵案件所涉及的諸如證人證言、物證書證、鑑定結論和現場勘查筆錄等間接證據，都應該查證屬實，並分清真偽。

(二)間接證據必須與案件事實存在客觀聯絡。間接證據與案件事實之間的聯絡形式是多種多樣的，有些間接證據的事實反映了案件主要事實發生的原因或者是它的結果，有些間接證據的事實則是案件事實的條件;其他如證明某個證據的真偽或者排除其他可能性的證據等，也都與案件事實存在客觀聯絡。究竟哪些事實與案件事實存在聯絡，偵查人員應根據每個案件的具體情況進行具體分析，加以確定。由於單個間接證據往往不能清晰地表明它與案件事實有無聯絡，必須將它與其他間接證據相結合才能判斷出這種聯絡。

(三)間接證據必須形成一個完整的證明體系，構成鎖鏈。客觀地說，一個間接證據只能證明案件事實的某個片段，只有將所有能夠證明每個片段的間接證據收集起來，從中找出它們之間的相互聯絡，形成一個完整的證明體系，構成一條鎖鏈，使每個間接證據都成為其中的一個環節，環環相扣，使每個環節都不脫落，才能據以查明全部案件事實。如果間接證據只是一堆相互不能結合的事實，或者只是與案件事實有聯絡但不能證明案件的每個環節，即使間接證據再多仍然不能定案。

(四)間接證據之間以及它們與案件事實之間必須協調一致，沒有矛盾。在辦案過程中，偵查人員必須做到間接證據相互之間沒有矛盾，間接證據與案件事實之間也沒有矛盾。如果發現矛盾，必須繼續收集證據，深入調查研究，合理排除矛盾。否則，就不能勉強定案。

(五)間接證據所形成的證明體系足以排除其他可能性，得出的結論必須是唯一的。間接證據的證明體系不僅要表明這一結論是有根據的，而且要表明其他任何結論都是不可能的。只有這樣，它才能具有不可動搖的證明力，從而雄辯地證明案件事實。