可以的，但是在擴增的過程中，需要考慮的問題很多，比如兩對引物的退火溫度，如果退火溫度差異太大會導致兩種產物擴增效率不一致，擴增效果不好，再者兩對引物的4條鏈之間任何兩天鏈都不能不能出現連續4個鹼基的配對，如果出現這種情況，最終得到的產物大多都是引物的非特異擴增結果，還有就是兩對引物的情況下，鹼基的消耗量會成倍增加，需要適當提高dNTP的濃度以保證顏料充足，最後一點就是兩對引物不能在同一染色體上非常接近的位置，如果離得非常近擴增出來的片段有可能是引物間自由組合後的產物。

早就出現的一種技術是多重PCR技術，就是兩對引物或多對引物在一個體系裡進行PCR反應。你的兩對引物究竟能不能放到同一個體系進行PCR，那要看你兩個引物的特徵，以及目的條帶的差異了。一般情況，兩對引物放到一起，形成二聚體的可能性加大，目的產物裡非特異性條帶會增加，這個在設計引物的時候要特別注意，並在庫裡進行比對。另外還需要儘量讓兩對引物的退火溫度比較接近，要不然你這個反應就比較難跑了。另外說句題外話，要實現更多重PCR需要考慮的因素會更多。