首先會造成結果的不可控，自己過程的不可控，因為你所用的猜想無法確定是不是正確，就完成了變數增加，未知性就增加了！

首先我覺得你這個問題的問法是有待改進的。從我的角度來講，把猜想當成定理來用其產生的結果必為兩面性的，不利或有利。因為我們所處的世界及現實的生活認知是現在這般，很大程度上是取決於我們自己的。我們的世界是我們自己所理解的基礎上，並從我們的自己的角度去構建的模型。

起源的公理是無法證明的，來源於我們對世界的直觀認識。就從題主所舉的黎曼猜想來說吧，想證否黎曼猜想很簡單，舉出一個反例就好，但科學家用計算機驗證zeta函式前十億個零點都是符合黎曼猜想的，要找出一個反例起碼要從十億個以後開始找，而這已經窮盡計算能力的極限了。從實際應用講，這個反例是否存在:都沒太大意義。所以將黎曼猜想作為定理來用沒有任何問題。但這裡我猜測題主是看了一些文章說如果黎曼猜想被證實，密碼學將受到巨大打擊。沒事，繼續該吃吃該喝喝，不說麼法證明的事，就算證明了也沒什麼卵用。

學識有限，本想講講人人知道的哥德巴赫猜想，無奈搜腸刮肚也沒什麼深刻理解。就此作罷。