可能是肌肉長時間不活動以後，引起肌肉組織或者肌纖維體積縮小，肌纖維數目減少從而導致了肌肉萎縮。也可能是肌肉本身疾病，叫肌源性疾病，導致肌肉的肌細胞體積減少或者數目減少之後，表現出肌肉萎縮。

肌肉萎縮的病因主要分為神經源性肌肉萎縮和肌源性肌肉萎縮，神經源性肌肉萎縮常見的原因是廢用、營養障礙、缺血和中毒，前角病變、神經根、神經叢、周圍神經的病變等，均可以引起神經興奮衝動的傳導障礙，從而使部分肌纖維的廢用，產生廢用性肌肉萎縮。

另一方面，當下運動神經元，任何部位發生損害以後，它到末梢部位釋放的乙醯膽鹼會減少，交感神經營養作用的減弱，從而導致肌肉的萎縮。

另外是肌源性肌肉萎縮，肌源性肌肉萎縮是肌肉本身的疾病，可能還會包括一些其它的因素，比如肩帶或面肩肱型的肌肉營養不良的患者。

透過形態學檢查，證實為脊髓型肌肉萎縮，用微電極技術檢查，患者肌營養不良的動物，顯示機能性失神經肌纖維者約佔三分之一，兩大類主要因素可以引起肌肉萎縮，神經受損，稱神經源性肌肉萎縮。肌肉本身的疾病，稱為肌源性肌萎縮。

先天性的，遺傳性的、基因的變化造成的肌肉的萎縮，比如肌營養不良症、先天的肌肉萎縮病變，往往在兒科、青少年當中多見。