《菜根譚》大約成書於明萬曆十九年（1591年），開印時間大約在1602至1613年之間。同時很快傳入日本。

《菜根譚》各種版本體例各異。日本現存的歷代版本就有13種，國內現存的歷代版本則有20餘種。這些版本逐漸形成了兩大系統，一種是將書分為上、下卷或前、後集兩個部分。一種是將書按專題分類為5——6個部分。前者多是明刻本，清刻本多為後者。《菜根譚》在流傳與刊刻過程中，極有可能為後人所加工，在其中注入了自己的主觀意識與情感。尤其清刻本的《菜根譚》很可能就是後人補輯合纂而成，不可避免地與原本產生懸殊差異。

就繁簡而言，《菜根譚》不同版本多者收有501則，少則只有360則。並且與同為清言體的《呻吟語》、《小窗幽記》、《圍爐夜話》等書多有重合。上海人民出版社1989年11月出版的張熙江先生選訂本，以比較完善的六餘居士秦光第1928年合編本為藍本，參照其它11種版本，拾遺補缺，共收575則，成為現今最完備的一種版本。

總之，竊以為民間流傳久遠、版本刊刻繁雜，加之清言體語錄，易於增刪，是造成《菜根譚》不同版本內容差異的主要原因。