我想首先用人工訓化（進化）過程來說明一下五彩斑斕的各類番茄的由來，來說明彩色番茄的顏色所控制的基本要素是基因。

番茄最初由約重2克的醋粟番茄，經馴化（減少番茄鹼積累）獲得了櫻桃番茄（10克），改良選擇大果重的獲得大果栽培番茄，後獲得了粉果番茄，在這個過程中，果皮中的類黃酮減少。從而顯示類胡蘿蔔素的顏色。

當然影響番茄顏色的並不僅僅是果皮中的色素，還包括果肉中的番茄紅素、花青素、類黃酮等相應的因子。而這些色素的表達與含量的多少都與其基因有關。

當然基因很大程度上決定了色素的表達，然而能否完整的完達，還涉及到相應的環境因子等相應影響因素。這包括栽培、肥料、光照、溫度、成熟度、後熟等等因素。從最簡單的角度說，就是這五彩顏色的番茄是需要種出來的。

上述是從番茄果實的角度去看番茄的色彩。

在其它的回答中也涉及了外界獲得這種色彩的影響因子，這個原則上與番茄果實並沒有太多關係，而是從人類的角度去感受這種色彩，這裡最大的因素自然是光照。