恢復出廠設定，整個系統還原到出廠狀態。從技術上講，手機恢復出廠設定只能清空內部資料，不會讓系統回到最原始的系統，智慧手機系統有系統回退保護，所以就算你恢復出廠設定也不能回到最初的系統，因為安卓手機降級系統有BI鎖，IOS有降級系統保護，系統一旦升級新版本很難退回舊版本。

所以手機恢復出廠資料會清空你的內部資料，讓你的手機加速執行但不會讓你的手機回到最原始的系統。

第三方應用與手機系統一般是無直接聯絡的，目前的大多數應用都會讓你登入賬號執行，目的就是讓你將資料儲存在他們的伺服器中，這樣就是放置資料丟失，你可以在不同的裝置上，使用你的賬號資料（比如QQ，你換個手機，只要透過賬號密碼登入，資料就會從伺服器同步到你的新手機）。

就你所說的情況，如果是聯網應用，登入了賬號密碼的應用，一直是同步到伺服器的，就算你退掉了你這個手機，只要在新手機上再次下載該應用，登入賬號，資料一般不會丟失。如果是單機應用，你的新手機就算再次下載該應用，也不會再有資料備份（等於丟失，無法恢復）。