便秘發生的根源在於結直腸的運動不規律。最常見的原因有身體機能退化（老年人比年輕人更易便秘）、體內激素水平變化（孕期或更年期婦女會比普通人更容易出現便秘）、濫用藥物（止痛藥、止咳藥、安眠藥、抗抑鬱藥、抗過敏藥、鈣劑和鐵劑）、疾病導致的便秘（腸息肉、腸梗阻、腸憩室、腸腫瘤、甲狀腺功能減退症、糖尿病、神經系統疾病如多發性硬化症或帕金森病）。

而肝炎最常見的是乙型肝炎，是一種透過血液傳播的傳染性疾病，長期的便秘不會導致肝炎的發生。

肝臟中肝細胞分泌的膽汁負責促進脂肪的消化分解和脂溶性纖維素的吸收，在消化期間，膽汁由肝臟和儲存膽汁的膽囊中進入十二指腸，乳化脂肪成小油珠，讓脂肪更容易被消化酶分解，讓腸道更易吸收。而且膽汁又是鹼性的，在十二指腸中還可中和一部分胃酸。

乙肝患者肝功能受到損傷，膽汁分泌少，脂肪將不會被分解成小分子狀，這些未被消化的脂肪分子，會和食物中的鈣、鐵結合，成為不溶性的皂化物，糞便也會變得堅硬，由此造成大便乾結，難以排出，形成便秘。