原先，生物學家們根據相似的細胞結構，把所有的細菌都歸人一個界。然而，雖然所有的細菌看上去都相似，但組成細菌體的化學成分間存在較大的差異。在分析了這些化學成分的差異後，科學家們重新將細菌分成兩個獨立的界一古細菌界和真細菌界。

細菌有廣義、狹義之分。廣義的細菌，是指一大類細胞核無核膜包裹，只存在稱作擬核區或擬核的裸露DNA的原始單細胞生物，包括真細菌和古生菌兩大類群。

狹義的細菌，也就是人門常提到印象中的細菌，是指原核微生物的一類，是一類形狀細短，結構簡單，多以二分裂方式進行繁殖的原核生物。

細菌的分類：

1、根據形狀分為三類，即：球菌、桿菌和螺旋菌（包括弧菌、螺菌、螺桿菌）。

2、根據細菌的生活方式，分為兩大類：自養菌和異養菌，其中異養菌包括腐生菌和寄生菌。

3、根據細菌對氧氣的需求，分為需氧（完全需氧和微需氧）和厭氧（不完全厭氧、有氧耐受和完全厭氧）細菌。

4、根據細菌生存溫度分類，可分為喜冷、常溫和喜高溫三類。

本人是個外行，所以在外行人眼中，細菌分為兩種：

1.有益細菌。比如青黴素這類的。

2.有害細菌。比如結核桿菌。