孔雀石綠就是鹼性硫酸銅，主要是利用其中的銅離子治療病毒感染的。普通樹幹上塗抹的，以及葡萄架上噴灑的也就是它和石灰水的混合液（波爾多液）。用於魚池消毒，應該是放置一段時間等銅離子被流水稀釋很少了後再放入魚苗。銅離子屬於重金屬，對魚有一定毒害，即使魚不死，魚體內的銅離子轉入人吃了也對人造成危害。

孔雀石綠針對魚體水黴病和魚卵的水黴病有特效。

現市面上還暫無針對水黴病能夠短時間解決水黴病的特效藥物，這也是為什麼這個產品在水產業禁止這麼多年還禁而不止，水產業養殖戶挺而走險繼續違規使用孔雀石綠的根本原因。

其他方面，也可以很好的用於鰓黴病、小瓜蟲病、車輪蟲病、指環蟲病、斜管蟲病、三代蟲病，和其他一些細菌性疾病都有很好的效果。農業部以將孔雀石綠列為水產上的禁藥，非食用魚的觀賞魚還可以使用。

孔雀石綠可用作治理魚類或魚卵的寄生蟲、真菌或細菌感染，對付真菌Saprolegnia特別有效，漁場的魚卵會感染這種真菌。孔雀石綠也常用作處理受寄生蟲影響的淡水水產。用作抑菌劑或殺阿米巴原蟲劑；對脂鯉和鯰魚等海產動物來說，有高度毒性、高殘留等副作用，故使用時，通常只下一半份量。