安室透的身份與其他人不同，他是公安，柯南這種不知道從哪裡冒出來的人，對安室透而言，很有可能對他的“戀人”造成破壞，所以安室透一定會調查柯南。連本堂瑛佑都能查出柯南胡新一的聯絡，就不用說安室透這個情報和腦力都在瑛佑之上的角色了；柯南與新一的相似點太多，想查到真相毫無難點。

在零之執行人中，安室透之所以把毛利小五郎抓了起來，就是為了借用柯南的全部力量。而且他知道，比起毛利小五郎本人，柯南更在意的是毛利小五郎的女兒小蘭。安室透曾經笑著對柯南說：“愛情的力量還真是偉大啊。”安室透作為毛利小五郎的弟子，對毛利家瞭解得很清楚，也知道小蘭和工藤新一的關係。所以他這麼說，就是證明了自己知道柯南新一

在劇中，安室透曾經對風間說：我認識兩個可怕的男人，其中有一個還只是個孩子。這個孩子自然是指的柯南。哪怕安室透知道柯南不是小學生，而是高中生；但是對於年紀接近30的安室透來說，17歲也還是個孩子而已。所以這並不能證明安室透真的以為柯南只是個小學生。

綜上所述，安室透應該早就知道了柯南的真實身份，只是從來沒有說出口而已。