1影響水域底質和水域生態環境

人工養殖是水產養殖的主要手段，為了節省人力物力，許多地方在飼料投放中常常超量投餵飼料，或未經篩選直接投放飼料。多餘的飼料會成為微生物活動的溫床，還會使養殖生物的排洩物增多，影響水域生態環境，使水域底層淤積嚴重，阻礙水體交換和物質迴圈。

2水質汙染

近年來，中國水產養殖中濫用、過度使用化學農藥和抗生素，為追求更高的經濟效益，都可能造成農藥化肥大量殘留水中。一旦化學農藥使用過量、飼料新增劑搭配不合理，引發食品安全問題，還會影響水域環境及水產品質量。

3氮、磷總量增加

高密度、大容量的水產養殖如網箱養殖的直接結果就是水域生物大量排放氮、磷廢棄物，致使水體總氮和總磷含量增加，直至水域生態環境改變和水體富營養化。氮、磷是水體富營養化的主要誘因。

4使溶解氧含量下降

在水產養殖密度過大的情況下，如水產養殖魚類要呼吸大量的溶解氧，水產生物、微生物的生化需氧量和化學需氧量升高，魚類殘餌及排洩物在分解時也需要消耗溶解氧。這些，都會降低水中的溶解氧含量，使水質惡化。