首先，更正一下，吐蕃存在於公元7～9世紀。9世紀末，吐蕃最後一代贊普朗達瑪滅佛，被刺殺死亡後。吐蕃爆發奴隸起義，吐蕃政權消亡。

之後吐蕃逐漸分裂為大大小小許多政權的割據局面。重要的有王系：拉薩王系；阿里王系、亞澤王系，角斯邏政權等。這段時間，內地也正值大分裂時期，五代十國，宋遼金時代。

直到公元13世紀初，蒙古汗國西涼王闊端，西藏地方薩迦派高僧薩迦班智達與涼州會盟，西藏地方正式納入中央版圖。

元代在青藏高原設定烏思，藏，納裡速古魯孫等三路宣慰司，中央設宣政院管轄。

至明代，仍沿用烏斯藏或衛藏來稱呼西藏地區。

所以，明代是如何征服吐蕃的這個命題不準確。

至於，明代是如何經營西藏的，這個問題已有很多學者做了大量研究。

1368年明王朝接替元王朝,繼承了治理西藏的權力,分別設立“烏思藏行都指揮使司”與“朵甘行都指揮使司”,兼理民政.西藏西部阿里另設定“俄力思軍民元帥府”.這些機構的負責官員均由中央任命。

並採取多封多建藏區佛教各派勢力，貢市羈縻等政策，使藏區各地的政教首領和官員們臣服，從而把全國藏區置於朝廷的統一治理之下。