李自成隨從逃回李過營中“大呼稱“李萬歲爺被殺”，眾軍人前去尋找，但發現屍體已經成為肉泥無法辨認，十分憤慨，諸將大哭。因此有死於九宮山鄉兵，死於民軍，或者未死隱居等說法。

明末戰爭頻發，豪紳鉅富一方家族或者村子湊錢修建堡壘，組織民兵守衛家鄉，見到可疑小部隊就主動出擊打退，有的還亦民亦匪，因此見到北方口音的李自成等人無法交流，就動刀槍，李自成身邊人少，不能抵擋，因此被殺。

李自成死後田見秀將印璽交給李過想讓他繼承大順皇帝，李過怕引起內鬥，讓位給李自成的三弟李自敬為第二任大順皇帝，但大順軍依然尊李過為主，李過把握實際大權。

本來是李自成義子的李雙喜是第一繼承人，但諸將怨恨他沒能保護好李自成，就不願推戴他，李雙喜也改回姓張。

李自成的女兒李翠微，受陝西才女鄧太妙教育，有詩歌流傳於世，有人認為她在南方亂軍之中被殺，也有人認為她與一名大順的貢生隱姓埋名終老。

康熙三年李來亨突圍不成後糧食，弓箭，兵器等都沒多少了，在茅麓山舉行宴會，諸將大哭，李來亨全家自焚而死，其餘人或是自殺，或是戰死，或是逃入深山終老，三萬人被俘虜的只有150人左右。