因高溫高溼環境條件下，為小腸球蟲的發生創造了條件，這樣對小腸造成有破壞力小腸前段的哈氏艾美耳球蟲，小腸中段的毒害艾美耳球蟲、巨型艾美耳球蟲。

其中傷害最大的是小腸中段的毒害艾美爾球蟲，它會造成腸管變粗，增厚，在腸粘膜繁殖部位可見有白色斑點和針尖狀的小出血點，腸內容物呈西紅柿樣。

如果與腸毒綜合症混感使小腸球蟲在腸黏膜上快速增殖，消耗雞體細胞內的氧氣，導致小腸粘膜產生乳酸，使腸內pH值下降，造成有益菌減少有害菌如梭菌大量增質，使消化酶消化能力下降，腸蠕動加快。

消化液增多，導致飼料在腸道里停留時間短，飼料消化不完全，形成與腸粘膜一塊排出體外，臨床上常見的西紅柿樣，魚腸樣糞便，出現過料現象。

由於球蟲和細菌的雙重作用，造成電解質流失，導致腸道吸收障礙，大量的上皮細胞被破壞，發生分解腐敗，加上蟲體不斷繁殖，大量梭菌產生有毒物質被自體吸收，進而中毒死亡。

所以單一的小腸球蟲呈隱性感染，造成小雞採食量低，體重輕，生長髮育遲緩，若形成混感為腸毒後死亡率會急劇上升的原因所在。