13世紀末吳哥是一個興盛的大城市，也是亞洲最宏偉的都城之一。然而，這時在闍耶跋摩七世王執政時達到頂點的建設狂熱顯然已經終止，一種以小乘佛教為代表的更有剋制性的新宗教傾向正在興起，而且在帝國西面建立的泰族王國的軍隊開始侵入高棉心臟地區。到16世紀，當另一份可查的直接記載寫成時，這些趨勢已使這座城市被廢棄了多年，只留下叢林覆蓋的古代廟宇遺蹟和一度壯觀的貯水池及水渠廢墟。

在古城滅亡和現代時期開始的4個多世紀中(即從15世紀初期至19世紀末期)，人們對吳哥的興趣主要集中在吳哥窟，這處由小乘佛教僧侶接管並大致儲存完好的古蹟成為東南亞最重要的朝聖地之一。在此期間許多來到高棉的早期歐洲旅遊者對這個「消失」的城市表現出強烈的好奇心，法國殖民地政權建立後(1863)，整個吳哥遺址成為熱心的學者們關注的焦點。他們最初是獨立研究，後來得到政府資助的遠東法國學校支援，一批有才能和獻身精神的法國考古學家及語言學家開始了一項全面研究計劃，逐漸積累並掌握的關於吳哥古城歷史，並揭露及引導它的生活的迷人宗教和政治制度方面的知識。考古學家們還堅持了一項艱鉅的重建計劃，使古代廟宇群、貯水池和運河在某種程度上恢復它們原來的宏偉規模。