鉅細胞病毒核酸定量檢測是確診人鉅細胞病毒感染最準確的方法，而且，因為病毒感染後病毒核酸比抗體出現更早，甚至在未出現症狀的潛伏期即可陽性，可以對鉅細胞病毒感染作出早期診斷。鉅細胞病毒核酸（CMV DNA）定量檢測不僅說明是現症感染，其定量也表明體內病毒的複製水平。但是，鉅細胞病毒核酸檢測陽性只能表明目前存在鉅細胞病毒感染，而不能區分感染者屬於有症狀的活動性感染，還是無症狀的潛伏性感染。如果孩子有肺炎、肝功能異常等症狀，而且鉅細胞病毒核酸檢測陽性，則屬於活動性感染，需要治療。如果只檢測出鉅細胞病毒核酸陽性，而寶寶並沒有生病的表現，一般屬於潛伏性感染，無須治療。不過，由於鉅細胞病毒核酸檢測比抗體檢測操作複雜，花費大，一般醫院只對有症狀且需要查明病因的人進行檢測，而且大多數會先檢測鉅細胞病毒抗體，對可疑為鉅細胞病毒感染者才會進行CMV DNA的檢測。有時，醫生也會利用CMV DNA定量檢測來判斷抗病毒藥物治療的效果，如果抗病毒治療後CMV DNA陰轉或明顯下降，說明抗病毒治療有效。