觀眾對於《昨日青空》最大的質疑不是它的屢次改檔，也不是它與新海誠太過相似的畫風，而是它令人疑惑的感情線走向。

影片的主題是暗戀，但感情線卻有兩條，一條是男主屠小意和女主姚哲恬間的明線。屠小意暗戀姚哲恬，偷偷畫她的人物畫像寄到了她家信箱裡，想方設法為她蒐集不同大學的資訊，但姚哲恬卻暗戀著不羈漠然的男二奇景軒。

一條則是屠小意和奇景軒間的暗線。按照套路，導演應該展開敘述姚哲恬對奇景軒的暗戀戲，但卻選擇將更多的鏡頭給到奇景軒對屠小意的在意上，他理解他，為他解圍，甚至暗中替他找到有關漫畫的雜誌轉而以姚哲恬的名義送給他，對他的一切付出都默默進行，直到多年後透過旁白給出了真相。

這種過分細膩的情感處理方式，也難免觀眾質疑《昨日青空》是裹著BG外衣的BL電影，是動漫版的《盛夏光年》。

無論電影的真實感情線如何，我都被感動到了，這個世界上每個人的情感傾向都各有不同，但是喜歡一個人的權利和感覺都是一樣的，每個人都有過年少純真的美好時光，可惜那樣好的時光總是短暫的，電影讓長大的我們重溫青春真好！如果可以，好想回到過去，大膽地對曾經那個心動過的男孩說一句“喜歡你”！