依個人之見是朱元璋對商人沒有好感，想懲治商人，而沈萬三正好是商人代表。傳說一次朱元璋帶著沈萬三去檢閱軍隊，想讓沈萬三看看他的軍隊是如何的精銳，士兵是多麼的威風凜凜。閱完兵後朱元璋說要犒賞士兵，沈三萬說願意給每個士兵賞一兩黃金，朱元璋雖沒說不同意但是當時就面露不悅，也許就是這件事讓朱元璋的虛榮心作怪了，感覺作為堂堂一國君，被人搶了風頭很沒面子，後來沈萬三就因為犯事被朱元璋抄家了。

上面的故事可能不是主要的原因，我看根源還是在於朱元璋時期對商人的抑制這一政策

首先明確一點，朱元璋並沒有殺沈萬山，但也沒有放過他，將他發配去了雲南。事情起因並不復雜，朱元璋要定都南京，需擴建整修城牆，橋樑，道路等設施，但國庫缺錢，沈萬山答應出資修聚寶門至水西門一段及附屬建築約佔全部工程一半以上。沈萬山親自監工，保質保量的按期完工了，還比官府提前了三天。這就極大的駁了朱元璋的面子。沈萬山又不知深淺向皇帝提出要自出百萬兩黃金代皇家犒賞修城官軍，引發朱元璋龍顏大怒，“匹夫犒天下之軍，亂民也，宜誅之”。在馬皇后苦苦相勸下，朱元璋才饒了沈萬山一命，發配雲南，終客死他鄉。但是朱元璋並沒有放過沈萬山家族，直到其家敗人亡為止。