明朝的中央司法機關是刑部、大理寺、都察院，合稱三法司。三法司互相合作又互相制約，共同對皇帝負責。繼元朝之後，明朝的刑部已由唐宋時期的案件複核機關，變成了案件的審判機關。刑部設尚書為長官，設左、右侍郎為副官，設十三清吏司之郎中、員外郎、主事等為屬官。刑部尚書主管天下刑名，刑部侍郎輔佐之。刑部十三清吏司則各掌其分管之地區的刑名。

　　大理寺曾被元朝廢除，至明朝始被恢復。明朝重設的大理寺已由唐宋時期的案件審判機關，變成了案件複核機關，掌複核駁正，發現有情詞不明或失出入者，駁回刑部改判，並再行復核。如此三改不當者，奏請皇帝裁決。。大理寺設卿為長官，設左右少卿、左右寺丞為副官。大理寺掌天下案件的複核駁正，大理寺少卿和左右寺丞輔佐之。

　　明朝的都察院由原御史臺更名而成。其主掌監察，但亦參加對重大案件的審判，並對刑部、大理寺實行監督。

　　明代三法司的設定一定程度上體現出職權的分離和相互制約的特點。問題是大理寺對都察院審理的案件加以駁正，都察院反過來又對大理寺的複核進行監督，二者的職權有所衝突，可能影響審判效率。明代的會審制度可謂發揮到極至，三司推事、九卿會審、會官審錄、朝審、大審、熱審，體現出中央集權的空前加強和皇帝對司法機關審判的過分干預。