原因就是古代人講究正統，諸葛亮是正統，司馬懿是亂臣賊子。

諸葛亮輔佐劉備，劉備自稱皇叔，是中山靖王之後，司馬懿輔佐曹操，曹操是挾天子以令諸侯的奸雄，大白臉，後來他的兒子篡漢自立，司馬懿的孫子司馬炎又篡魏自立，讓這樣的人進武廟，不是鼓勵造反嗎，鼓勵篡位嗎？

武廟指的是唐朝開元十九年，玄宗皇帝為表彰並祭祀歷代名將所設定的廟宇，它以周朝開國太師、軍師呂尚（即姜子牙）為主祭，以漢朝留侯張良為配享，並以歷代名將十人從之。分別是，白起，韓信，諸葛亮，李靖，李勣，張良，田穰苴，孫武，吳起，樂毅，到宋代時增加到72人，到元代時又剔除了很多人，回到了原來的十哲。到清朝時，康熙封關羽為武聖人，武廟專指關公廟。

我們從武廟供奉的這些人可以看出，凡是進武廟的都是忠心耿耿的人，為主子立下過汗馬功勞的大將，司馬懿這樣的造反派沒有哪個皇帝會喜歡的

題主提此問題根本就不懂諸葛亮與司馬懿他們二人的身份與地位，諸葛亮再利害他也是臣，而司馬懿是君，司馬懿的身份是晉高祖，地位之高，是配入太廟第一位的，而武廟是輔助帝王建功立業之功臣武將，地位是天淵之差也。有的人認為為什麼曹操，司馬懿不能進武廟，那是不懂之人的認為。