1順產

順產時寶寶腸道里的微生物群主要來自母體的腸道，因此順產嬰兒前期的體內微生物環境與母體的產道微生物種類相似。而且大部分的菌類都是有益菌（如乳酸桿菌），最重要的是這些菌能很快地進入寶寶的腸道，成為原住民，從而讓其他有害菌進入腸道的機會降低很多。這有利於後期建立健康的腸道菌系統。

2.剖腹產

如果是剖腹產，其體內菌群主要來自母體的面板（如金黃色葡萄球菌），而且菌的數量不及順產的寶寶。雖然種類很多，但是不能讓有益菌成為寶寶腸道里優勢菌群，從而讓有害菌進入腸道的機會增高，不利於寶寶後期建立自己健康的腸道菌群系統，從而增加患各種疾病的風險。而相對不成熟的腸道菌群，也會導致寶寶免疫系統發展和成熟延遲，這和推遲打疫苗有點像，只不過疫苗是高度可控的一個過程，而腸道菌群的形成是一個相對來說不可控的過程。

總的來說，順產的寶寶能夠從媽媽身上得到更大的好處，其腸道菌群的含量和種類會比剖腹產的寶寶多，其免疫系統的發展也會更優秀。 現在很多媽媽，願意選擇剖腹產，不願意順產，其實是有很多弊端的。