一般情況下不是，兩者都是衛計局去的下屬單位。但目前有一種醫聯體，即由縣醫院託管衛生院。這種情況就成了上下級關係。

醫聯體其實是為各縣醫院提供更多的住院患者資源，這樣會病越看越多，費用會成倍，幾倍的增高，會掏空農民的錢袋子，會因病致貧的會越來越多，費用不可估計的增長，簡單的病讓甚層醫生自然完成，什麼簽約治療，分級診療，食堂醫療，超市醫療，會造成大醫院超市式排隊交款，擠破頭看病。

縣醫院和鎮醫院都是衛生局的兒子，縣醫院是嫡長子，鎮醫院是庶出，他們都是弟兄關係。關係搞的好可以互相幫忙，大兒子提攜一下小兒子。如果哪個小兒子受寵了，給的資產多，發展的好，也會超過長子。他們就是這麼個關係，不知道你是否滿意。

不是上下級關係，只是規模、人才、裝置不一樣，級別不一樣(一個二級甚至三乙，一個一級)而已，都由衛計委管轄，檔案統一政府部門管。

縣醫院與鎮醫院(嚴格意義應該叫鎮衛生院)目前只是業務上的指導與被指導的關係。縣醫院為縣直屬管轄，鎮衛生院屬於縣級衛生行政部門的下級業務機構。鎮衛生院接受縣醫院的業務指導但不屬於縣醫院的下設機構。