《火影忍者手遊》特權商店需要V7開啟，可購買稀有忍者和稀有材料。（其中特權商店有部分S、A忍者碎片，以及一些材料）

A忍有9個：鷹佐助、仙人鳴人、小楠、神威卡卡西、宇智波止水、曉鼬、桃地再不斬、奇拉比、迪達拉S忍有8個：二代扉間、神秘面具男、佩恩『天道』、艾『四代雷影』、波風水門、大蛇丸、宇智波鼬『須佐能乎』、自來也材料：精煉石、勾玉、魂玉、忍玉、祝福福Lv.3 、秘術之塵後續還會繼續上架別的高招忍者以及材料V10及以上半價重新整理商店道具V等級越高可重新整理的次數越多購買超影服務可享受8.5折優惠（如果有其他大折活動，兩者不疊加，雙方取最低值）自選配置特權商店之前新推出的“自選配置”功能，說真的這個功能還是非常不錯的;自選配置有4個視窗，可配置4種忍者。配置自選忍者（消耗『忍界招集卷』）配置一的首選是免費的，其次才會消耗招集卷（消耗招集卷數目分別是：1、2、4、6）

（已配置完成的忍者可免費重置成隨機忍者）; （配置後，自選忍者會一直出售，直到切換配置方案）;