只要拿出研究過程中碰到的困難以及解決的辦法，閱讀過的文獻資料、特別是拿出自己收集的第一手資料過程中的原始資料就足以證明論文是自己寫的

這個是有2方面需要弄清楚和解決:

第一，是誰認為你的論文是別人代寫的，如果是個人或電話告訴你的話，你可以不理不睬，因為有很多疑似敲詐的。如果是單位工作人員或衛生廳下通知核實的話，你要重視，如果確實不是代寫的就需要他們拿出相關的證據，有時候會有人給相關單位舉報，單位會核實情況，如果你有相應的參考文獻記錄或資料，你可以提交給單位，讓單位核實。

第二，你的文章如果確定不是代寫的，而相關部門也拿出了有力的證據證明你的文章是抄的，比如別人比你早幾年發表，這個在資料庫都是可以查到的，這就可能是你寫的相關主題和當年某人寫的極為相似，這樣的機率一般是很低的，因為現在雜誌社都會對發表的文章進行學術不端檢測，就是查重的意思，看你文章的查重率是否達標，一般普刊的標準是查重百分之二十以內，當時這只是第一步，還會有外審和終審，這是人工稽核，對文章的內容要求就相對較高。