過於依賴電訊號

使用電子擋杆的變速箱要執行擋位的變化，那就必須有電訊號，如果遇到故障或電路短路時，大部分電子式的換擋機構均無法對當前擋位進行釋放。

個別電子換擋機構是可以透過手動進行擋位釋放，比如 寶馬X6 (配置 | 詢價) 就會隨車配備一個緊急使用的擋位釋放工具，將工具插入原來設定好在前方左杯架下方的解鎖機構，就可以對變速箱釋放到N擋模式，以便拋錨時進行上拖車的動作。

換擋不會很清晰

一般目前我們所接觸到的一些車型上的電子排擋大都是這樣：擋位依舊分為P、R、N、D（M/S），但和傳統的機械式排擋的區別在於，電子排擋杆在每次掛擋完成後都會回位，而不是像機械式那樣會鎖止在某一個擋位上。這樣一來，就會形成偶發性的操作失誤，比如推拉擋杆後並未實際掛入到所需擋位。儘管在發生此類情況時，位於儀表上會有相應的擋位提示和警告音，但車輛的傳動部分並不會自動鎖止。而如果這類情況是出現在停車，甚至是駕駛人在掛行駛擋就直接走下車時，就會造成不可設想的後果。當然，這樣的情況不是普遍，但個別車型會有這樣誤操作的情況發生。不過目前大部分採用電子排檔桿的車型都會有自身保護，比如不是掛P擋的情況開門，車輛就會自動掛入P擋，以作出保護。