這個問題要從當時的社會環境來看，明朝中後期商業稅的無法改革某程度上促進了工商業的發展，但是這種代價卻是日益腐敗的官僚體系，明朝科舉制度下商人子女是可以從政科舉的，外加朱元璋痛恨官僚腐敗貪汙，所以終明一朝，官僚俸祿為歷史最低，傳說中讀書人最清貧的朝代莫過於此，完善的科舉制度和嚴苛的官僚體系，不免造成了普遍的官商利益階層，在明中期和明後期，特別是萬曆其間，因為萬曆本人對朝政的管控能力下降（原因是因為萬曆進行商業稅改革觸動了官僚及其背後的龐大工商業龍頭的利益，導致萬曆無法改革和左右朝政，最終放棄與群臣商議，開始了漫長的內鬥與抵抗，也就是人們所常說的幾十年不上朝）官僚體系對下放任的自由式發展，促使工商業資本主義萌芽進一步發展，縱觀世界史，處在資本主義萌芽其間的國家管控力度和集權力度普遍下降，國家無法排程大批的物資和人力，直接結果就是軍隊整體戰力的下降，嘉靖倭患，以及之後的滿清，普遍都具有排程上的差距，一個是國家管控力下降的明朝中央政府，一個是散兵遊擊類似的倭寇，處於被動挨打局面是正常情況。但是不代表國家的總體實力衰退。應該說是社會發展的影響。而明朝中後期，恰恰不存在能抵禦這種影響的辦法和客觀條件。